1. Przepis art. 27 ust. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ uzasadnia zastosowanie przy wymiarze podatku stawki podwyższonej lub zwielokrotnionej tylko w wypadku, gdy zaniedbanie przez podatnika obowiązków w zakresie prowadzenia ewidencji, o których mowa w ustępie czwartym nie stwarza dostatecznie wiarygodnej podstawy do określenia należnego podatku bądź też spowodowało zawyżenie podatku naliczonego.
Uchybienia podatnika w prowadzeniu ewidencji, o której mowa w art. 27 ust. 1 ustawy, nie mogą same przez się uzasadniać wymiaru podatku podwyższonego lub zwielokrotnionego, jeżeli nie zachodzi potrzeba określenia wartości zaewidencjonowanej sprzedaży w drodze szacunku bądź też nie ma podstaw do przyjęcia, że nastąpiło zawyżenie podatku naliczonego.
2. Par. 31 ust. 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 12 maja 1993 r. w sprawie podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 39 poz. 176 ze zm./ nie może stwarzać samoistnej podstawy do odmowy zwrotu podatku naliczonego w fakturze, wystawionej niezgodnie z przepisami rozporządzenia, jeżeli organ podatkowy nie wykaże, że stwierdzone uchybienia miały wpływ na zawyżenie podatku naliczonego.
Skarżąca prowadzi działalność handlową - sklep sprzedaży detalicznej branży mięsno-wędliniarskiej i korzysta z przewidzianego art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów. W związku z tym uprawnieniem prowadzi ewidencję zakupu i sprzedaży dla celów rozliczenia VAT.
W wyniku rozliczenia podatku od towarów i usług za styczeń 1994 r. Urząd Skarbowy ustalił, że skarżąca w tym okresie naruszyła zasady prowadzenia tej ewidencji, wpisując do niej faktury, które jako wystawione sprzecznie z przepisami rozporządzenia Ministra Finansów z 12 maja 1993 r. w sprawie podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 39 poz. 176 ze zm./ nie stanowią podstawy do zwrotu podatku naliczonego.
Urząd Skarbowy zakwestionował wpis do ewidencji pięciu faktur zakupu przez skarżącą towarów od spółki cywilnej w C.
Jak ustalono, wadliwość tych faktur polegała na braku określenia w nich treści symbolu SWW towaru.
Naczelny Sąd Administracyjny oceniając te faktury stwierdził, że obejmują one łącznie 156 pozycji różnych artykułów spożywczych mięsno-wędliniarskich. Artykuły spożywcze wpisane w 151 pozycjach oznaczone zostały symbolem SWW, a tylko jedna pozycja w każdym rachunku dotycząca sprzedaży kurczaka wędzonego i kiełbasy liońskiej nie zostały oznaczone symbolem SWW.
Ogólna kwota VAT we wszystkich fakturach wynosi 4.630.504 zł, natomiast kwota VAT od pięciu pozycji nie oznaczonych symbolem SWW - 88.560 zł.
Organy podatkowe przyjęły jednak, że kwota nienależnej różnicy w podatku VAT na skutek powyższego braku faktur obejmuje całą wielkość VAT-u wykazanego w fakturach i wynosi 4.630.504 zł.
Ponadto Urząd Skarbowy stwierdził, że skarżąca wpisała nienależnie do ewidencji fakturę Rejonu Energetycznego za pobór prądu elektrycznego dla potrzeb domu i sklepu skarżącej. Podatek VAT naliczony w tej fakturze wyniósł 1.105.278 zł. Zważywszy, że powierzchnia sklepu i magazynów obejmuje tylko 47 procent budynku, a reszta stanowi część mieszkalną, skarżąca bezzasadnie zawyżyła kwotę podatku, podlegającego zwrotowi o 585.787 zł. Obniżenie podatku obejmowało bowiem tylko 519.481 zł.
Decyzją z 23 maja 1994 r. Urząd Skarbowy na podstawie art. 5 ust. 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /t.j. Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ ustalił wysokość zobowiązania podatkowego skarżącej w okresie od 1 do 31 stycznia 1994 r. w kwocie 23.622.000 zł.
Urząd Skarbowy przyjął, że w okresie tym skarżąca zawyżyła kwotę podatku, podlegającą obniżeniu o 5.216.301 zł i na zasadzie art. 27 ust. 5 ustawy o podatku od towarów i usług (...) - zwiększył z tego tytułu wysokość podatku naliczonego o kwotę trzykrotności tego zawyżenia, tj. 15.649.000 zł. Pozostała część ustalonego podatku obejmuje kwotę 7.756.000 zł podatku deklarowaną przez podatnika wraz z odsetkami.