Przepisy art. 13 ust. 1 pkt 3 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ od opłaty skarbowej nie przewidują zwrotu nienależnie uiszczonej lub w wysokości wyższej od należnej opłaty skarbowej pobieranej od czynności cywilnoprawnych, a taką czynnością jest umowa spółki cywilnej.
Gdy opłata skarbowa została pobrana w nadmiernej wysokości lub nienależnie od czynności cywilnoprawnej, to konieczne jest rozliczenie powstałej nadpłaty w trybie przepisów art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. nr 27 poz. 111 ze zm./ po uprzednim wydaniu decyzji wzruszającej uprzednią decyzję wymiarową.
Wnioskiem z dnia 29 czerwca 1992 r. M. W. i A. Ż. wystąpili do Urzędu Skarbowego w G. o zwrot nadmiernie pobranej opłaty skarbowej od umowy spółki cywilnej oraz odsetek od nadpłaconej kwoty opłaty. Z załączonej do akt sprawy kserokopii umowy wynika, że na podstawie Rejestru Wymiarów Doraźnych Nr 2541/91 /RWD/ pobrana została opłata skarbowa w wysokości 197.739.400 zł w dniu 16 sierpnia 1991 r. W aktach znajduje się też "Decyzja" z dopiskiem "Wewnętrzna" z dnia 29 czerwca 1992 r., z treści której wynika, że mylnie wyliczono opłatę skarbową RWD 2541/91 i dlatego słuszny jest zwrot opłaty w wysokości 185.602.700 zł następnie, pismem z dnia 1 lutego 1994 r. powiadomiono M. W. i A. Ż. o przelaniu nadpłaconej opłaty skarbowej w dwóch ratach, tj.: 30 czerwca 1992 r. i 2 lipca 1992 r. Wyjaśniono też, że w świetle przepisów art. 29 ust. 2 ustawy o zobowiązaniach podatkowych nie przysługują odsetki, albowiem zwrot mylnie pobranej w zawyżonej wysokości opłaty skarbowej nie nastąpił w wyniku uchybienia lub zmiany decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego.
Decyzją nr 1/94 z dnia 9 lutego 1994 r., powołując się na przepisy art. 145 par. 1 i art. 149 par. 3 Kpa, Urząd Skarbowy w G. odmówił wznowienia postępowania na żądanie M. W. w sprawie uchylenia prawomocnej decyzji RWD 2541/91 tego organu z dnia 16 sierpnia 1991 r. W uzasadnieniu wskazał, że nie zachodzą przyczyny podane w art. 145 par. 1 pkt 1-8 oraz par. 2 Kpa.
Odwołując się od powyższej decyzji M. W. wskazywał, że organ podatkowy winien wznowić postępowanie stosownie do przepisów art. 149 par. 1 Kpa.
Izba Skarbowa w S. decyzją z dnia 28 kwietnia 1994 r. uchyliła zaskarżoną decyzję w całości i umorzyła postępowanie I instancji. W uzasadnieniu wskazano, że załatwienie wniosku M. W. z dnia 9 lutego 1994 r. o zmianę wadliwej ostatecznej decyzji RWD 2541/91 z dnia 16 sierpnia 1991 r. uznano żądanie za uzasadnione i Izba Skarbowa w S. decyzją z dnia 15 marca 1994 r. (...) zmieniła ostateczną decyzję ustalając prawidłowo wymiar opłaty skarbowej od umowy spółki. Decyzja ta stała się ostateczna wskutek jej nie zaskarżenia przez strony.
W aktach podatkowych znajduje się decyzja Izby Skarbowej w S. z dnia 15 marca 1994 r. (...) adresowana do M. W. i A. Ż. W decyzji jako podstawę prawna, wskazano art. 155 Kpa i orzeczono zmianę decyzji Urzędu Skarbowego w G. z dnia 16 sierpnia 1991 r. (...) ustalającą kwotę wymiaru opłaty skarbowej w kwocie 11.663.000 zł oraz stwierdzono, że kwota różnicy pomiędzy należną kwotą opłaty od zawartej umowy 11.663.300 zł a zapłaconą przez strony 197.266.000 zł została zwrócona stronom przez Urząd Skarbowy w G. w dniu 30 czerwca 1992 r. - 61.554.600 zł i w dniu 2 lipca 1992 r. - 124.048.100 zł.
Pismem z dnia 19 maja 1994 r. M. W. wezwał do zapłaty kwoty 101.473.000 zł z tytułu odsetek ustawowych od nieterminowej zapłaty należności. W uzasadnieniu wskazywał, że nadmiernie pobraną kwotę opłaty skarbowej Urząd Skarbowy w G. zwrócił w dniach 30 czerwca 1992 r. i 2 lipca 1992 r., ale bez odsetek. Dopiero w dniu 20 marca 1994 r. organ podatkowy dokonał zapłaty odsetek, ale naliczonych tylko do dnia 30 czerwca 1992 r. i 2 lipca 1992 r.