W świetle przepisu par. 50 ust. 4 pkt 5 lit. "b" rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 109 poz. 1245 ze zm./ faktura wykazująca wartość wykonanych usług w kwocie niezgodnej ze stanem faktycznym nie stanowi podstawy do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony.
"M." S.A. z siedzibą w T. prowadząca działalność gospodarczą w zakresie produkcji i sprzedaży stolarki budowlanej z PCV i aluminiowej oraz usług budowlanych, która od 1 grudnia 1997 r. posiada status zakładu pracy chronionej, w deklaracji VAT-7 za miesiąc luty 2001 r. wykazała kwotę podatku naliczonego do odliczenia w wysokości 1.765.711 zł, nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 1.754.689 zł, kwotę do zwrotu na rachunek bankowy podatnika w wysokości 1.718.435 zł i do przeniesienia na następny miesiąc w wysokości 36.254 zł.
W toku kontroli prawidłowości rozliczenia przez "M." S.A. podatku od towarów i usług za wskazany miesiąc, przeprowadzonej przez pracowników Pierwszego Urzędu Skarbowego w T. w miesiącu marcu 2001 r. ustalono, że Spółka dokonała obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w fakturach: nr 452/VAT/2000 z dnia 8 stycznia 2001 r. na kwotę 6.500.000 zł + VAT 1.430.000 zł i z dnia 28 lutego 2001 r. na kwotę 450.000 zł + VAT 99.000 zł, wystawionych przez "M.G." S.A.
W obydwu fakturach odwołano się do umowy z dnia 15 listopada 2000 r., wyszczególniono, iż należność, płatna przelewem w ciągu 45 dni od daty otrzymania faktury, dotyczy "wykonania robót budowlanych, montażowych, instalacyjnych w hali magazynowej".
Do pierwszej faktury załączono protokół odbioru częściowego, spisany w dniu 29.12.2000 r., w którym Prezes "M." S.A. Andrzej D. potwierdził odbiór od przedstawiciela wykonawcy Tadeusza K. - kierownika budowy - robót budowlano-montażowo-instalacyjnych, objętych umową z 15.11.2000 r. wykonanych w okresie od 08.12.2000 r., wycenionych na kwotę 6.500.000 zł netto. Do drugiej faktury został załączony analogiczny protokół z 27.02.2001 r.
W związku z budzącymi wątpliwości faktami związanymi z możliwością wykonania - w terminie do 29 grudnia 2000 r. robót o wartości wyszczególnionej w pierwszej z faktur w oparciu o pozwolenie na budowę z dnia 5 grudnia 2000 r., przeprowadzone zostały kontrole krzyżowe: w "M.G." - tj. u wystawcy faktur i zarazem generalnego wykonawcy oraz w MG "W." S.A. w T. - bezpośredniego wykonawcy robót.
Spółka MG "W." zafakturowała na rzecz "M.G." SA roboty budowlane i montażowe: w miesiącu grudniu 2000 r. na kwotę netto 1.037.400 zł + VAT 228.228 zł /faktura z 30.12.2000 r., poprzedzona protokołem odbioru częściowego z 30.12.2000 r./, w miesiącu styczniu 2001 r. na kwotę netto 100.000 zł + VAT 22.000 zł /faktura i protokół odbioru częściowego z dnia 31.01.2001 r./ oraz w miesiącu lutym 2001 r. na kwotę 100.000 zł + VAT 22.000 zł /faktura i protokół odbioru częściowego z 28.02.2001 r./
Łącznie - roboty budowlane wykonane w okresie od grudnia 2000 r. do maja 2001 r. MG "W." zafakturowała na kwotę netto 1.409.430 zł. Zysk uzyskany przez tę Spółkę z tytułu tych robót wyniósł 305.044,35 zł.
Wobec znacznej rozbieżności w wycenie robót przez bezpośredniego i generalnego wykonawcę /którego udział ograniczył się do oddelegowania do T. Tadeusza K. w okresie od 7 grudnia 2000 r. do 15 lutego 2001 r. w charakterze kierownika budowy/ Pierwszy Urząd Skarbowy w T. postanowieniem z 28.05.2001 r. powołał biegłego w celu ustalenia wartości odtworzeniowej przedmiotowej hali.