Wykładnia gramatyczna i celowościowa art. 68 ust. 5 ustawy z dnia 31 stycznia 1980 r. o ochronie i kształtowaniu środowiska /Dz.U. nr 3 poz. 6 ze zm. - w brzmieniu art. 1 pkt 9 ustawy z dnia 27 kwietnia 1989 r. o zmianie ustawy o ochronie i kształtowaniu środowiska - Dz.U. nr 26 poz. 139/ prowadzi do wniosku, że dyspozycji tego przepisu nie można stosować w oderwaniu od podstawowych uregulowań odnoszących się do procesu inwestycji budowlanych, to jest do prawa budowlanego oraz ustawy o planowaniu przestrzennym.
W myśl bowiem art. 3 ustawy z dnia 24 października 1974 r. - Prawo Budowlane /Dz.U. nr 38 poz. 229 ze zm./ obiekty budowlane mogą być budowane wyłącznie na terenach przeznaczonych na ten cel zgodnie z przepisami o planowaniu przestrzennym.
Minister Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa decyzją opartą na przepisach art. 68 ust. 5 ustawy o ochronie i kształtowaniu środowiska oraz par. 3 rozporządzenia Ministra Ochrony i Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 12 lutego 1990 r. w sprawie ochrony powietrza przed zanieczyszczeniem /Dz.U. nr 15 poz. 92/ i art. 138 par. 1 pkt 1 Kpa, utrzymał w mocy decyzje Wojewody opiniującą pozytywnie rozwiązanie projektowe w zakresie ochrony powietrza Farbiarni. W uzasadnieniu tej decyzji zostało stwierdzone, że podstawą do takiego rozstrzygnięcia sprawy było prawidłowo opracowane "Stadium ochrony atmosfery" wykonane przez rzeczoznawcę Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa w zakresie ochrony atmosfery. Z opracowania tego wynika, że emisja zanieczyszczeń technologicznych i energetycznych /przy ograniczeniu spalania paliwa koksowo-węglowego o 40 procent/ odpowiada normie czystości powietrza. W trakcie postępowania odwoławczego zlikwidowano piec koksowo-węglowy i wprowadzono ogrzewanie gazowe, co już wyeliminowało uciążliwości wynikające ze spalania mieszanki weglowo-koksowej. Przedmiotowa Farbiarnia znajduje się 40 m od lasu /obszar krajobrazu chronionego/ i zobowiązana jest do dotrzymywania normy czystości powietrza dla tego obszaru. Z przedstawionego studium wynika, że obecnie spełnia ona nie tylko normy czystości powietrza przewidziane dla obszarów, ale również dla obszarów specjalnie chronionych, które są ostrzejsze. Poza tym kontrola przeprowadzona przez Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w przedmiotowej Farbiarni nie potwierdziła zarzutów o zanieczyszczeniu środowiska ściekami. Natomiast sprawa odległości pomiędzy studnią, a szambem wynika z przepisów prawa budowlanego i nie należy do kompetencji służb ochrony środowiska. Z załączonego do akt aparatu ochrony akustycznej dla przedmiotowej Farbiarni wynika, że po wykonaniu zaleceń w nim zawartych farbiarnia nie będzie źródłem ponadnormatywnego akustycznego oddziaływania na środowisko. Inne kwestie, lub nowe okoliczności, mogą być przedmiotem rozstrzygnięcia organów właściwych w sprawie lokalizacji inwestycji lub zmiany przeznaczenia obiektu.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego na tę decyzję I. P. zarzuciła, że wyrażone w decyzjach organu ochrony środowiska obu instancji stanowisko co do zgodności spornej inwestycji z miejscowym planem zagospodarowania przestrzennego oraz braku szkodliwego oddziaływania na środowisko, pozostaje w wyraźnej sprzeczności z decyzjami organów budowlanych, nakazujących doprowadzenie obiektu - Farbiarni do stanu zgodnego z pozwoleniem na budowę. Eksponowana w zaskarżonej decyzji zmiana czynnika energetycznego - węgla na gaz - nie likwiduje wyziewów chemicznych z procesu technologicznego, które są bardzo groźne i nie porównywalne z pyłem węglowym. Farbiarnie klasyfikowane są jako zakłady o najwyższym stopniu zagrożenia. Tymczasem szambo do odprowadzania chemikaliów z procesu technologicznego znajduje się w odległości 10 m od studni sąsiada, zaś budynek Farbiarni dobudowany jest długą tylną ścianą do budynku bliźniaczego, w którym zamieszkują dwie rodziny. Zgodnie z uchwałą Rady Miejskiej, opracowany projekt architektoniczny dotyczący ochrony lasu wraz z otuliną, który wyłożono do wglądu publicznego na początku lipca zakłada, że teren ulicy, na której znajduje się Farbiarnia, zaliczony jest do obszaru najbardziej chronionego i przeznaczony jest nadal wyłącznie pod budownictwo jednorodzinne. W rejonie tym nastąpi likwidacji większości zakładów. Zaskarżona decyzja, nie uwzględniająca tych kwestii, narusza przepis art. 7 ust. 2 ustawy o ochronie i kształtowaniu środowiska.