Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Lidia Ciechomska-Florek (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia WSA Bożena Dziełak, Sędzia WSA Marta Waksmundzka-Karasińska, Protokolant Robert Powojski, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 23 października 2008 r. sprawy ze skargi Przedsiębiorstwa "W." W. K. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] stycznia 2008 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej wydanej w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2003 r. oddala skargę
Zaskarżoną do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, decyzją z dnia [...] stycznia 2008 r., Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, utrzymał w mocy własną decyzję z dnia [...] października 2007 r., odmawiającą stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. z dnia [...] grudnia 2006 r., wydaną w stosunku do W. K.. prowadzącego działalność gospodarczą pod nazwą Przedsiębiorstwo "W." w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2003 roku.
Od decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. z dnia [...] grudnia 2006 r., Skarżący nie złożył odwołania, wobec czego decyzja ta stała się ostateczna. Pół roku później, pismem z dnia 14 maja 2007 r., uzupełnionym 2 sierpnia 2007 r., wniósł o stwierdzenie nieważności powyższej decyzji Dyrektora UKS oraz o wznowienie postępowania. Dyrektor Izby Skarbowej w P., przekazał wniosek o stwierdzenie nieważności zgodnie z właściwością, do rozpatrzenia przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej.
W piśmie z dnia 28 sierpnia 2007 r., uzupełnionym pismem z dnia 14 maja 2007 r., Skarżący wskazał, że podstawą prawną żądania stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora UKS w P. jest rażące naruszenie prawa, polegające na tym, że organ kontroli skarbowej dokonując wyliczenia zaniżonego zdaniem organu, podatku VAT za miesiące objęte kontrolą, za podstawę swoich obliczeń przyjął nieproporcjonalnie niską wycenę wartości usługi transportowej na odcinku krajowym w stosunku do wartości całej usługi. Organ nie uwzględnił złożonych przez Skarżącego do protokołu kontroli podatkowej z dnia 26 października 2006 r. uwag i zastrzeżeń oraz dodatkowych wyjaśnień zawartych w piśmie z dnia 7 grudnia 2006 r. W ocenie Skarżącego, organ nie uwzględnił tak oczywistych argumentów, jak różnica - na odcinku zagranicznym - w cenie paliwa, czasie oczekiwania na granicy, diet zagranicznych dla kierowców, znacznie wyższych opłat m.in. za winiety itd. oraz samego faktu wykonywania usługi na podstawie umowy zlecenia narzuconego przez usługobiorcę. Skarżący zarzucił, że w spornej decyzji wartość brutto całej usługi (wynikającej z faktury VAT) podzielono przez ilość kilometrów całej trasy, ustalając w ten sposób wartość za 1 km, a następnie wartość usługi na terenie kraju ustalono mnożąc ilość kilometrów trasy na terenie RP przez ustaloną wartość usługi za 1 km. W ocenie Skarżącego, należało wartość netto całej usługi, podzielić przez ilość kilometrów całej trasy, ustalając w ten sposób wartość za 1 km, a wartość usługi na terenie kraju ustalić mnożąc ilość kilometrów trasy na terenie RP przez ustaloną wartość usługi za 1 km. Wskazał, że organ miał prawo podwyższyć proporcjonalnie jedynie wartość netto usługi transportowej obejmującej odcinek krajowy, ale nie miał prawa obniżać ogólnej wartości netto wykonanej usługi.
Nie zgadzając się z argumentacją Skarżącego, Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, decyzją z dnia [...] października 2007 r., odmówił stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. z dnia [...] grudnia 2006 r. W uzasadnieniu decyzji wskazał, że brak jest podstaw by uznać, iż w sprawie zachodzi przesłanka rażącego naruszenia prawa. Powołał się przy tym na szczególny charakter tej przesłanki, wymienionej w art. 247 § 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.) - dalej "Ordynacja podatkowa". W ocenie organu, podniesione przez Skarżącego merytoryczne zarzuty, mogłyby być rozpatrywane w postępowaniu odwoławczym. Granice postępowania w trybie nadzwyczajnym, nie pozwalają na rozpatrzenie sprawy co do jej istoty. Zdaniem organu, Skarżący we wniosku o stwierdzenie nieważności decyzji, zmierzał do dokonania przez organ, ponownej oceny zebranych dowodów, co mogłoby mieć miejsce w postępowaniu przed organem odwoławczym a nie w postępowaniu nadzwyczajnym. Odnosząc się do zarzutu, iż Dyrektor UKS w piśmie z dnia 1 czerwca 2007 r., wskazał przepis ustawy o podatku od towarów i usług z 1993 r. zamiast z 2004 r., Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej stwierdził, że zarzut ten nie dotyczył ocenianej decyzji wobec czego nie miał znaczenia dla sprawy.