Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Dariusz Kurkiewicz (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia WSA Barbara Kołodziejczak-Osetek, Sędzia WSA Marek Kraus, Protokolant Maria Nałęcz, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 18 stycznia 2012 r. sprawy ze skargi P. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] listopada 2009 r. nr [...] w przedmiocie określenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za poszczególne miesiące 1998 i 1999 r. w podatku od towarów i usług oddala skargę
Decyzją z dnia [...] grudnia 2003 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. określił Spółce z o.o. P. kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za poszczególne miesiące od października 1998 r. do czerwca 1999 r. w wysokości 0 zł za każdy miesiąc. Po rozpatrzeniu odwołania ww. Spółki Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z dnia [...] listopada 2004 r. uchylił decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w części określającej kwotę zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w wysokości 0 zł za listopad 1998 r. i kwiecień 1999 r. oraz określił nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek Spółki za listopad 1998 r. w wysokości 76.877 zł., za kwiecień 1999 r. w wysokości 20. 130 zł, w pozostałej części utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej.
Wyrokiem z dnia 31 sierpnia 2005 r., sygn. akt III SA/Wa 14/05 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie po rozpoznaniu skargi P. sp. z o.o. (zwanej dalej "Spółką" lub "Skarżącą") uchylił decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] listopada 2004 r. Sąd wskazał, iż z ustaleń postępowania podatkowego wynikało, iż przedmiotem działalności Spółki w tym okresie był eksport wyrobów tekstylnych do rosyjskiej spółki T. oraz białoruskiego kontrahenta G.. Głównymi dostawcami tkanin i dzianin dla Spółki były firmy: D. M. i B. W. z L. R. z W. i W. sp. z o.o. z W. Łączna wartość netto dostaw - w okresie od października 1998 r. do czerwca 1999 r. dokonana przez firmę D. na rzecz podatnika wyniosła: 9.956.083,57 zł, w tym VAT: 2.190.338,40 zł. Natomiast łączna wartość towarów zakupionych od spółki W. w tym okresie wyniosła 178.750, 88 zł, a od spółki R.: 262.187,96 zł. Wartość sprzedaży eksportowej dokonywanej przez stronę w badanych miesiącach: na rzecz T.: 9. 082.292, 82 zł; na rzecz G. 1.463.852,11 zł. Towar sprzedawany spółce P. przez firmy W. i R. pochodził z importu, zaś D. zaopatrywała się u J. Sp. z o.o. Zakład Pracy Chronionej oraz E. Przedsiębiorstwo Handlowe J. S., K.. Obie firmy jako głównego dostawcę wskazywały firmę M. J. K. z L., ta firma z kolei nabywała towary od PH M. z P..
Sąd uchylając zaskarżoną decyzję z dnia [...] listopada 2004 r. stwierdził, iż przy ponownym rozpatrzeniu sprawy Dyrektor Izby Skarbowej w W. powinien dokonać ustaleń i oceny w zakresie czynności cywilnoprawnych zawartych pomiędzy Spółką, a firmą "D.". Podczas postępowania winien zwrócić uwagę na podnoszoną przez organ podatkowy pierwszej instancji okoliczność, w postaci sfałszowania podpisów Prezesa Spółki na fakturach dokumentujących eksport i deklaracjach podatkowych. Winien rozważyć, czy - w kontekście podrobionych podpisów prezesa Spółki, tj. osoby uprawnionej do jej reprezentowania - w okresie od października 1998 r. do czerwca 1999 r. tj. w czasie, za który wydano zaskarżoną decyzję, czynności cywilnoprawne związane z eksportem, jak i z nabyciem towaru eksportowanego, były rzeczywiście zawierane przez Spółkę. Przy podejmowaniu ponownej decyzji powinien mieć na uwadze to, aby nie pogorszyć sytuacji Spółki, w jakiej znalazła się w wyniku częściowego uwzględnienia przez Dyrektora Izby Skarbowej odwołania. Względnie w przypadku, gdyby się okazało, że kwestionowane transakcje miały miejsce, mając na uwadze okoliczności sprawy poddające w wątpliwość rzetelność przedmiotowych transakcji, rozważyć, czy zawarte czynności nie były czynnościami pozornymi.