Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, Sędziowie Sędzia WSA Sylwester Golec (sprawozdawca), Sędzia WSA Marek Kraus, Protokolant Agata Próchniewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 28 marca 2012 r. sprawy ze skarg M. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] czerwca 2011 r. nr [...] w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę
III SA/Wa 2470/11
Uzasadnienie
Zaskarżoną do Sądu decyzją z dnia [...] czerwca 2011 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z dnia [...] stycznia 2011 r., którą umorzono wszczęte w stosunku do M. Sp. z o.o. (Skarżąca Spółka) postępowanie w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Z akt sprawy wynika, że w dniu 2 października 2009 r. do Naczelnika Urzędu Skarbowego W. wpłynął wniosek Skarżącej Spółki o stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 11 686 626,00, który został pobrany przez notariusza przy sporządzaniu umowy sprzedaży na rzecz Skarżącej kompleksu biurowego "M." w dniu 1 grudnia 2006 r. Ze znajdujących się w aktach sprawy dwóch aktów notarialnych wynika, że na podstawie aktu notarialnego rep. A nr [...] nabyła od G. Sp. z o.o. prawo użytkowania wieczystego kilku działek gruntu zabudowanego budynkami biurowymi oraz prawo własności składników majątku wymienionych w załączniku nr 2 do umowy sprzedaży, położone w obrębie ulic D., P. i W. w W..
W uzasadnieniu wniosku o stwierdzeni nadpłaty Skarżąca wyjaśniła, że wskazane składniki majątku zostały nabyte przez G. Sp. z o.o. w latach 1999-20000, w drodze aportu zorganizowanej części przedsiębiorstw nieopodatkowanego podatkiem VAT. Spółka M. sprzedaż tych składników zakwalifikowała jako czynność zwolnioną od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. (Nr 54, poz. 535 ze zm.) w dalszej części uzasadnienia powoływanej jako ustawa o VAT. Przepis ten zwalnia od podatku sprzedaż towarów używanych. Od umowy tej notariusz jako płatnik pobrał na podstawie art. 2 ust. 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. nr 86, poz. 969 ze zm.) w dalszej części uzasadnienia powoływanej jako p.c.c. podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 11 868 626,00 zł.
We wniosku podnoszono, że zgodnie z treścią art. 2 ust. 4 p.c.c. w brzmieniu obowiązującym w roku 2006 opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych nie podlegały czynności sprzedaży nieruchomości lub jej części albo prawa użytkowania wieczystego, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności była opodatkowana podatkiem od towarów i usług i nie była z niego zwolniona. W przeciwnym wypadku zwłaszcza w razie zwolnienia transakcji sprzedaży nieruchomości lub jej części albo prawa użytkowania wieczystego z VAT transakcja ta była opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych według stawki 2%.