Zgodnie z art. 36 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ jeżeli stawki akcyzy ustalane są kwotowo, podstawą opodatkowania jest ilość wyrobów akcyzowych. Jedynie w zakresie nie uregulowanym w ust. 1-3 art. 36 ustawy o VAT stosuje się odpowiednio art. 15 ust. 1-5 tej ustawy. Tak więc nie ma potrzeby sięgania do pojęcia obrotu /podstawy opodatkowania/, o której stanowi art. 15 ustawy, skoro ustawodawca przesądził jednoznacznie, że jeżeli stawki akcyzy są ustalane kwotowo, to podstawą opodatkowania jest ilość wyrobów akcyzowych.
Pojęcie "cena sprzedaży", o której mowa w art. 37 ust. 1 ustawy o VAT należy rozumieć zgodnie z art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 5 lipca 2001 r. o cenach /Dz.U. nr 97 poz. 1050 ze zm./.
W dniu 31 stycznia 2006r. NSA uchylił wyrok do ponownego rozpoznania W Y R O K W IMIENIU RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Dnia 10 maja 2005 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia NSA Bogdan Lubiński, sędzia WSA Grażyna Nasierowska (spr.), asesor WSA Marta Waksmundzka-Karasińska, Protokolant Małgorzata Szamocka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 28 kwietnia 2005 r. sprawy ze skargi "B." S.A. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia [...] listopada 2004 r. Nr [...] w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku akcyzowym za czerwiec 2003r. oddala skargę
Decyzją z [...] lutego 2004 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. określił Spółce Akcyjnej "B." zobowiązanie w podatku akcyzowym za czerwiec 2000 r. w wysokości 2.423.998 zł. Podstawę prawną decyzji stanowiły przepisy art. 24 ust. 1 pkt 1 lit. a) w związku z art. 31 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz.U. z 2004 r. Nr 8, poz. 65) oraz art. 21 §3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. Nr 137, poz. 926 z późn. zm.) w związku z art. 6 ust. 4, art. 10 ust. 2, art. 15 ust. 1 i ust. 7, art. 34 ust. 1, art. 35 ust. 1 pkt 1 i 3, art. 36 ust. 1 i 3, art. 37 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11, poz. 50 z późn. zm.) i §9 ust. 1 i 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie podatku akcyzowego (Dz.U. Nr 27, poz. 269 z późn. zm.) i art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 5 lipca 2001 r. o cenach (Dz.U. Nr 97, poz. 1050). Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej wskazał, że Spółka dokonała sprzedaży spirytusu na rzecz "Gospodarstwa Rolnego Z. i B. K." , który powinien podlegać opodatkowaniu podatkiem akcyzowym, gdyż nie zostały spełnione przesłanki zwolnienia od podatku akcyzowego określone w §9 ust. 1 i 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie podatku akcyzowego (Dz.U. Nr 27, poz. 269 z późn. zm.).
W odwołaniu od powyższej decyzji pełnomocnicy Spółki zarzucili naruszenie art. 3 pkt 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11, poz. 50 z późn. zm.) poprzez bezpodstawne opodatkowanie podatkiem akcyzowym i podatkiem VAT sprzedaży przedsiębiorstwa "B. S.A.". W przypadku nieuwzględnienia powyższego wniosku wnieśli o uchylenie decyzji i orzeczenie co do istoty z uwagi na wadliwy wymiar podatku akcyzowego, w wyniku którego kwota wymierzonego podatku przekracza kwotę podatku naliczonego według maksymalnej stawki przewidzianej w art. 37 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku VAT.
Zdaniem pełnomocników sprzedaż części majątku Spółki określona w akcie notarialnym z [...] czerwca 2003 r. jako sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa "B." S.A. w postaci gospodarstwa rolnego, była w istocie sprzedażą przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 55 1 k.c. i w związku z tym nie powinna podlegać przepisom ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, zgodnie z art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku VAT. Pełnomocnicy dowodzą, że zafakturowanie odrębnie każdego ze składników majątku wchodzącego w skład sprzedawanego przedsiębiorstwa , nie może przesądzać o fakcie, że gospodarstwo rolne nie stanowi przedsiębiorstwa, lecz wskazuje wyłącznie na wadliwy sposób rozliczenia transakcji z punktu widzenia opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Brak jest też zatem podstaw do obciążania "B." podatkiem akcyzowym za sprzedaż spirytusu.