W dniu 7 lutego 2006 r. NSA w sprawie I FSK 580/05 uchylił wyrok do ponownego rozpoznania. W Y R O K W IMIENIU RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Dnia 28 lutego 2005 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Grażyna Nasierowska po rozpoznaniu w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym w dniu 28 lutego 2005 r. sprawy ze skargi Państwowego Muzeum [...] na postanowienie Urzędu Komitetu Integracji Europejskiej z dnia [...] sierpnia 2004 r., [...] w przedmiocie: odmowy wydania zaświadczenia uznającego przyznane środki pieniężne za środki pochodzące z bezzwrotnej pomocy zagranicznej oddala skargę
Postanowieniem z [...] maja 2004 r. Urząd Komitetu Integracji Europejskiej odmówił wydania zaświadczenia uznającego środki przyznane Państwowemu Muzeum [...] przez Fundację [...] z B. za środki pochodzące z bezzwrotnej pomocy zagranicznej w rozumieniu § 6 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 97, poz. 970). Urząd przyjął, że na podstawie dokumentacji załączonej do wniosku środki przyznane nie mogą być zakwalifikowane do grupy środków finansowych z bezzwrotnej pomocy zagranicznej rozumiane w myśl przepisów tego rozporządzenia jako środki przekazane polskim podmiotom przez rządy państw obcych lub organizacje międzynarodowe udzielające pomocy na podstawie : 1) umów zawartych z rządem Rzeczypospolitej Polskiej, 2) jednostronnych deklaracji rządów i organizacji międzynarodowych udzielających pomocy.
We wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy Muzeum wyjaśniło, że Fundację należy uznać za organizację międzynarodową, ponieważ z postanowień jej statutu wynika, że jej celem jest wspieranie i udzielanie pomocy organizacjom edukacyjnym, naukowym i innym działającym w USA i w innych krajach. W umowie z G. zamieszczono postanowienie, zgodnie z którym "kwota dotacji oznacza sumę wydatków na realizację prac (adaptacja budynku [...]) do wysokości [...] bez podatku VAT". Podtrzymanie przez Komitet Integracji Europejskiej postanowienia z [...] maja 2004 r. może spowodować wstrzymanie przyznanych już środków, co w konsekwencji doprowadzi do wstrzymania prac przy tworzeniu Międzynarodowego Centrum [...]
Urząd Komitetu Integracji Europejskiej postanowieniem z [...] sierpnia 2004 r., po ponownym rozpatrzeniu wniosku o wydanie zaświadczenia uznającego środki przyznane Państwowemu Muzeum [...] przez Fundację G. z B. za środki pochodzące z bezzwrotnej pomocy zagranicznej odmówił wydania zaświadczenia. Zdaniem UKIE brak było podstaw prawnych do zakwalifikowania przekazanych na rzecz Muzeum środków jako środków finansowych pochodzących z bezzwrotnej pomocy zagranicznej.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Państwowe Muzeum [...] wnosząc o uchylenie postanowień UKIE wyjaśniło, że Fundacja G. jest organizacją typu non-profit przyznającą granty na całym świecie m.in. na projekty związane "z inwestowaniem w młodzież poprzez edukację", a takiemu celowi ma służyć adaptowany obiekt historyczny na terenie Muzeum. Zdaniem Muzeum nie można twierdzić, że środki przyznane przez Fundację nie stanowią środków pochodzących z bezzwrotnej pomocy zagranicznej. Z informacji o Fundacji wynika, że finansuje ona poza Stanami Zjednoczonymi zadania w 9 państwach , m.in. CENTRUM EDUKACYJNE w Państwowym Muzeum [...]. O międzynarodowym charakterze Fundacji świadczy również fakt, że jednym z dyrektorów Fundacji jest emerytowany dyrektor skarżącego Muzeum K. S., [...]. Ponadto w organach statutowych Fundacji funkcje pełnią przedstawiciele z różnych państw.