Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Anna Wesołowska, Sędziowie Sędzia WSA Barbara Kołodziejczak-Osetek, Sędzia WSA Jerzy Płusa (sprawozdawca), Protokolant referent stażysta Marika Krawczyńska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 27 stycznia 2011 r. sprawy ze skargi Przedsiębiorstwa "A." sp. z o.o. z siedzibą w R. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] marca 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. oddala skargę
Decyzją z dnia [...] czerwca 2008 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. określił Przedsiębiorstwu "A." sp. z o.o. - zwanej dalej "Spółką", zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r.
Od powyższej decyzji nie zostało skutecznie wniesione odwołanie, w konsekwencji stała się ona ostateczna w administracyjnym toku instancji.
Wnioskiem z dnia 28 czerwca 2009 r. Spółka reprezentowana przez pełnomocnika, wystąpiła do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej ("GIKS") o stwierdzenie nieważności ww. decyzji Dyrektora UKS w W. Jako podstawę prawną żądania wskazała art. 26 ust. 3 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004 r. Nr 8, poz. 65, z późn. zm.) w związku z art. 247 § 1 pkt 3 oraz art. 248 § 1 i § 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Spółka podniosła, że decyzja ta została wydana z rażącym naruszeniem przepisów prawa procesowego, a mianowicie art. 121 i art. 122 Ordynacji podatkowej, poprzez naruszenie:
- art. 180, art. 187 i art. 188 Ordynacji podatkowej, polegające na niedostatecznym zebraniu materiału dowodowego oraz niewyjaśnieniu wszystkich istotnych dla sprawy okoliczności, a w szczególności z powodu:
- niewłączenia do materiału dowodowego dowodów zgromadzonych w postępowaniu przygotowawczym prowadzonym przez Komendę Policji w O. oraz prawomocnych orzeczeń wydanych przez Prokuraturę Rejonową w O. i Sąd Rejonowy w O., a także pominięcia ustaleń kontroli przeprowadzonej w Spółce we wrześniu 2004 r. przez Państwową Inspekcję Pracy;
- niewyjaśnienia przyczyn rozbieżności w zeznaniach składanych przez H. R. - byłego głównego księgowego Spółki;
- nieuwzględnienia różnic w zakresach obowiązków pracowników Spółki, które miały istotny wpływ na wysokość wynagrodzeń wypłacanych tym pracownikom;
- pominięcia wysokości obrotów uzyskiwanych przez poszczególne magazyny, a więc wypracowanych przez pracowników zatrudnionych w Spółce, które miały wpływ na wysokość wypłacanych wynagrodzeń;
- opierania się w toku postępowania kontrolnego na kopiach dokumentów, tj. luźnych notatkach, nie podpisanych brudnopisach, bez dat, a także wyjaśnieniach byłego głównego księgowego, całkowicie rozbieżnych z uprzednio złożonymi zeznaniami w toku postępowań prowadzonych przez organy ścigania i niewyjaśnienie przyczyn tych rozbieżności;
- art. 191 Ordynacji podatkowej, w wyniku rażącego przekroczenia zasad swobodnej oceny dowodów.
W ocenie Spółki, wskazane powyżej naruszenia norm procesowych doprowadziły w konsekwencji do rażącego naruszenia art. 15 ust. 1 i 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654, z późn. zm.) - powoływanej dalej jako "u.p.d.o.p."
Z uwagi na fakt, iż Dyrektor UKS w W. po przeprowadzeniu postępowań kontrolnych wydał, w oparciu o takie same ustalenie faktyczne, dwie decyzje: z dnia [...] kwietnia 2008 r. i z dnia [...] czerwca 2008 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych odpowiednio za 2002 i 2003 r., Spółka wniosła o włączenie do akt postępowania prowadzonego przez GIKS dowodów z akt sprawy zakończonej decyzją Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] grudnia 2008 r. wydaną w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych za 2002 r. Spółka wskazała, iż Dyrektor Izby Skarbowej w W. po rozpatrzeniu jej odwołania, zawierającego zarzuty w większości analogiczne jak w skierowanym do GIKS wniosku z dnia 28 czerwca 2009 r., a także przeprowadzeniu ponownego postępowania dowodowego - decyzją z dnia [...] grudnia 2008 r. uchylił decyzję Dyrektora UKS w W. z dnia [...] kwietnia 2008 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2002 r. oraz orzekł co do istoty sprawy w ten sposób, że zaliczył do kosztów uzyskania przychodów zakwestionowane przez organ pierwszej instancji wypłaty na rzecz pracowników Spółki oraz jej udziałowca.