Następstwem niezałatwienia sprawy w postępowaniu odwoławczym w terminie określonym art. 139 par. 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ są konsekwencje prawne wynikające z przepisów art. 140 i następnych Ordynacji podatkowej.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Agencji Rezerw Materiałowych na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 16 listopada 1998 r. (...) w przedmiocie odsetek za zwłokę - oddala skargę.
Zaskarżoną decyzją z dnia 16 listopada 1998 r. (...) Izba Skarbowa w W. utrzymała w mocy decyzję Pierwszego Urzędu Skarbowego W.-Ś. z dnia 11 sierpnia 1991 r. (...) w części określającej Agencji Rezerw Materiałowych odsetki za zwłokę należne od zaległości podatkowych Agencji w podatku dochodowym od osób prawnych.
W motywach rozstrzygnięcia podano, że brak jest podstaw do wyłączenia okresu od dnia 3 marca do 5 sierpnia 1998 r. z naliczania odsetek za zwłokę. W tym czasie Izba Skarbowa w W. rozpatrywała odwołanie Agencji Rezerw Materiałowych od decyzji organu podatkowego I instancji z dnia 14 listopada 1997 r. (...) w sprawie o umorzenie zaległości podatkowej. Stwierdzono, że art. 54 Ordynacji podatkowej dotyczy wyłącznie decyzji określającej wysokość podatku /zaległości podatkowej/. Natomiast wymieniona decyzja dotyczyła umorzenia zaległości podatkowej, a więc miała charakter uznaniowy. Izba Skarbowa w W. nie uznała także za zasadny wniosek Agencji co do nie naliczania odsetek za okres od 13 maja do 16 października 1997 r. W tym okresie obowiązywały przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego oraz rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 stycznia 1995 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. nr 7 poz. 33/. Zgodnie z art. 173 par. 2 Kpa w przypadku nie załatwienia odwołania w terminie określonym w art. 172 Kpa i nie wykonania do tego czasu w całości lub w części zaskarżonej decyzji jej wykonanie ulega wstrzymaniu z mocy prawa, w granicach żądania będącego przedmiotem odwołania. Odwołanie Agencji nie dotyczyło wysokości zobowiązania podatkowego lecz wniosku o zaniechanie ustalania i poboru podatku dochodowego. Ponadto stosownie do par. 11 ust. 6 cytowanego rozporządzenia Ministra Finansów, w razie wstrzymania wykonania decyzji w sprawie wysokości zobowiązania podatkowego, od kwoty objętej wstrzymaniem wykonania nie pobiera się odsetek za zwłokę od dnia wstrzymania wykonania decyzji. Wobec tego, że sprawa ta nie dotyczyła decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, wskazany przepis rozporządzenia Ministra Finansów nie miał do niej zastosowania. Dlatego też za okres od 13 maja do 16 października 1997 r. obliczono należne odsetki za zwłokę. Izba Skarbowa w W. poinformowała Agencję Rezerw Materiałowych, że wniosek zawarty w odwołaniu o umorzenie odsetek za zwłokę został przekazany do Pierwszego Urzędu Skarbowego W.-Ś. w celu jego rozpatrzenia.
Na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 16 listopada 1998 r. Agencja Rezerw Materiałowych wniosła skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego, w której żądała jej uchylenia oraz uchylenia poprzedzającej ją decyzji Pierwszego Urzędu Skarbowego W.-Ś. z dnia 10 sierpnia 1998 r. w części dotyczącej odsetek za zwłokę. Zarzucono obu wymienionym decyzjom naruszenie art. 54 par. 1 pkt 2 i 3 Ordynacji podatkowej.