Kwota nadmiernie pobranych odsetek za zwłokę niewątpliwie zależna jest od wysokości zobowiązania podatkowego i daty zapłaty tego zobowiązania /podatku/. Nie jest jednak podatkiem w rozumieniu art. 6 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./. Nie może więc być traktowana jako nadpłata w podatku w rozumieniu art. 72 Ordynacji podatkowej i w konsekwencji nie ma do niej zastosowania ani art. 77 par. 1 i par. 2, ani też art. 76 par. 1 pkt 1 lit. "c" tej ustawy.
Izba Skarbowa decyzjami z dnia 24 sierpnia i 4 września 1998 r. uchyliła w części określającej wysokość zaległości podatkowej w podatku od towarów i usług za miesiące lipiec i wrzesień-grudzień 1995 r. oraz w części określającej wysokość odsetek za zwłokę decyzje Urzędu Skarbowego z dnia 25 czerwca 1998 r. w przedmiocie wymiaru "R." Sp. z o.o. w K. podatku od towarów i usług za wymienione miesiące 1995 r.
W dniu 30 września 1998 r. Spółka zwróciła się do Urzędu Skarbowego z wnioskiem o "wypłatę nadpłaty podatku i oprocentowania od nadpłaty związanej z zapłatą (...) odsetek od zaległości podatkowej na podstawie decyzji Urzędu". W uzasadnieniu powołano się na treść art. 72 par. 1 pkt 1, art. 76 par. 1 pkt 1 lit. "c", art. 77 par. 2, a także art. 55 par. 2 Ordynacji podatkowej oraz dwa wyroki NSA wydane pod rządami art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ wyrażając pogląd, iż brak jest podstaw, aby uiszczonych na podstawie decyzji Urzędu Skarbowego odsetek za zwłokę, które w wyniku uchylenia decyzji przez Izbę Skarbową stały się nienależne, nie uważać za nadpłatę podatku. Podano ponadto, że zwrot nadpłaty w postaci nienależnie uiszczonych odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej został dokonany przez Urząd Skarbowy w dniach 1 i 14 września 1998 r., bez jednak wypłaty oprocentowania. Wobec powyższego wyrażono pogląd, że w sprawie powinna mieć zastosowanie technika zaliczania kwot, o której mowa w art. 55 par. 2 Ordynacji podatkowej i wniesiono o wypłatę części nadpłaty i oprocentowania.
Urząd Skarbowy decyzją z dnia 27 października 1998 r., wydaną na podstawie art. 207, art. 72 i art. 73 par. 1 Ordynacji podatkowej, stwierdził brak nadpłaty w podatku od towarów i usług za lipiec oraz wrzesień-grudzień 1995 r. w związku z uchyleniem decyzji organu I instancji decyzjami Izby Skarbowej z dnia 24 sierpnia i 4 września 1998 r. oraz odmówił wypłacenia odsetek od zwróconych odsetek za zwłokę. W uzasadnieniu podano, że rzeczywiście odsetki za zwłokę zwrócono bez oprocentowania, gdyż odsetki zgodnie z art. 72, art. 76 par. 1 pkt 1 i 3 oraz art. 6 Ordynacji podatkowej nie mogą być uznane za podatek, wobec czego nie mogą stanowić nadpłaty, a co za tym idzie i nie podlegają oprocentowaniu jak nadpłaty.
W odwołaniu od tej decyzji w istocie rzeczy ponowiono argumentację zawartą we wniosku z dnia 30 września 1998 r., dodatkowo zarzucając naruszenie art. 210 par. 4 Ordynacji podatkowej przez nieustosunkowanie się do argumentacji prawnej wnioskodawcy.
Izba Skarbowa decyzją z dnia 18 lutego 1999 r. utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję. W uzasadnieniu wyrażono pogląd, iż odsetki od zaległości podatkowej nie są podatkiem, gdyż wyróżniają się odpłatnością i ekwiwalentnością świadczenia pieniężnego, a więc nie spełniają określonej w art. 6 Ordynacji podatkowej definicji podatku, a zapłacone odsetki za zwłokę nie mogą stanowić nadpłaty podatku i nie podlegają oprocentowaniu jak nadpłaty. Na poparcie tego poglądu powołano się na wyrok NSA z dnia 13 stycznia 1999 r.