Każda zawierana przez podatnika podatku od towarów i usług umowa sprzedaży, dzierżawy, poddzierżawy, najmu i podnajmu, która na podstawie art. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, nie podlega opłacie skarbowej zarówno wówczas, gdy rodzi zobowiązanie podatkowe, jak i wówczas, gdy jest przedmiotowo zwolniona od tego podatku np. na podstawie art. 7 ustawy o VAT, gdyż pojęcie podatnika, o którym mowa w art. 5 ustawy o VAT, obejmuje swoim zakresem podatników wykonujących czynności podlegające podatkowi /opodatkowane sensu stricto/ oraz wykonujących czynności zwolnione przedmiotowo od tego podatku.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "LP." Sp. z o.o. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 29 stycznia 2001 r. (...) w przedmiocie opłaty skarbowej - uchyla zaskarżoną decyzję oraz utrzymaną nią w mocy decyzję organu I instancji; (...).
Zaskarżoną decyzją Izba Skarbowa w W. utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego z dnia 13.11.2000 r. w sprawie odmowy stwierdzenia nadpłaty w opłacie skarbowej.
W uzasadnieniu tej decyzji wskazano, iż aktem notarialnym z dnia 16.12.1999 r. Spółka "L." z siedzibą w W. nabyła od Spółki "S." w likwidacji prawo wieczystego użytkowania gruntu o pow. 6.669 m2 położonego w W. przy ul. T. wraz z prawem własności znajdujących się na przedmiotowej nieruchomości budynków i budowli za kwotę 12.481.200 zł /w tym wartość prawa wieczystego użytkowania gruntu - 10.000.000, a wartość budynków i budowli - 2.481.200 zł/.
Zgodnie z art. 1 ust. 1 pkt 2 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej - umowy sprzedaży podlegają opłacie skarbowej. Notariusz pobrał od powyższej umowy sprzedaży - zgodnie z par. 58 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej - 624.060 zł opłaty skarbowej. Wnioskiem z dnia 20.01.2000 r. nabywca przedmiotowej nieruchomości - Spółka "L." zwróciła się do Urzędu Skarbowego o stwierdzenie nadpłaty w opłacie skarbowej, kwestionując zasadność pobranej przez płatnika opłaty skarbowej w części dotyczącej sprzedaży budynków, gdyż zdaniem odwołującego się - przedmiotowa umowa sprzedaży /w tej części/ nie podlegała opłacie skarbowej na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej.
Urząd Skarbowy decyzją z dnia 13.11.2000 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty w opłacie skarbowej, uzasadniając, że przedmiotowa umowa sprzedaży nie korzysta z wyłączenia zawartego w art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej.
Od decyzji tej Spółka "L." złożyła odwołanie wnosząc o jej uchylenie z uwagi na to, że umowy sprzedaży zawierane przez podatników podatku VAT nie podlegają opłacie skarbowej na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej. Izba Skarbowa po zapoznaniu się z zarzutami odwołania i aktami sprawy stwierdziła, iż na podstawie powołanego przepisu wolne od opłaty skarbowej są:
- umowy sprzedaży, dzierżawy, poddzierżawy, najmu i podnajmu zawierane przez podatników poadtku VAT, o których mowa w art. 5 ustawy VAT,
- inne tego rodzaju umowy objęte zwolnieniami od VAT na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2 ustawy o VAT, a także
- umowy sprzedaży zawierane przez podatników, o których mowa w art. 14 ustawy o VAT.
Zdaniem Izby Skarbowej wbrew stanowisku Strony powołany wyżej przepis nie ma zastosowania w przedmiotowej sprawie.
Zgodnie z wyrokiem Sądu Najwyższego z dnia 11 marca 1999 r. /III RN 153/98/ - pierwsze z wyłączeń ma zastosowanie, gdy czynności wynikające ze wskazanych umów podlegają ustawie o VAT i jednocześnie podatnik będący stroną umowy jest obowiązany do uiszczenia VAT od tych czynności. Drugie wyłączenie obowiązuje wówczas, gdy czynności wynikające z innych tego rodzaju umów podlegają ustawie o VAT, lecz jednocześnie podatnicy są zwolnieni z VAT na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2 tej ustawy. Izba Skarbowa stwierdziła, że z akt sprawy nie wynika, aby sprzedaż budynków i budowli nastąpiła w ramach działalności gospodarczej prowadzonej przez Spółkę "S.". Również nie sposób przyjąć, że Spółka nabyła przedmiotową nieruchomość celem dalszej odsprzedaży. Wprawdzie sprzedający był podatnikiem VAT, ale przedmiotowa umowa sprzedaży nastąpiła poza prowadzoną działalnością. Sprzedaż budynków i budowli jako towarów używanych jest zwolniona od VAT z mocy art. 7 ust. 1 pkt 5 tej ustawy. Zwolnienie z VAT na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 nie zostało wymienione w art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej.