Dokonywanie szacunku nie jest automatyczną konsekwencją pominięcia ksiąg podatkowych jako dowodu w postępowaniu podatkowym.
Niezbędne dane do określenia podstawy obliczenia podatku, mogą być bowiem ustalone w oparciu o inne dowody.
Z kolei ocena tych dowodów nie może być utożsamiana z szacunkiem.
Bogdan S. prowadził sklep z odzieżą, galanterią i obuwiem. W 1989 r., dwa razy skontrolowano jego księgi podatkowe i nie dopatrzono się w nich żadnych uchybień. Gdy 11 października 1990 r. skontrolowano księgę przychodów i rozchodów, to urząd skarbowy wydał decyzję ustalającą Bogdanowi S. zobowiązania w podatku dochodowym i obrotowym za 1989 r. Organ podatkowy uznał; że księga nie była prowadzona prawidłowo. Nie wpisano do niej bowiem końcowego remanentu, a przy księgowaniu kosztów nie podano daty ich powstania i rodzaju kosztów.
Za podstawę opodatkowania przyjęto zeznany obrót /212.234.000 zł/. Natomiast do obliczenia zysku netto zastosowano współczynnik 13 proc. udziału tego zysku w obrocie pomniejszonym o podatek obrotowy /jaki wystąpił u Bogdana S. w poprzednim roku podatkowym/.
Bogdan S. odwołał się od tej decyzji. Stwierdził, że zawsze księgował w sposób identyczny i nigdy nie było to kwestionowane. W dodatku 80 proc. jego obrotu to były buty, na, które producenci dawali tylko 16 procent marży. W tej sytuacji nie mógł więc uzyskać 13 proc. zysku netto. W odwołaniu wspomniał też o wysokich kosztach jakie poniósł w 1888 r. z powodu odległego transportu towaru, podwyżki cen paliw i energii. Koszty określił na 6.871.024 zł.
Podatkowa Komisja Odwoławcza, przy Izbie Skarbowej częściowo uwzględniła odwołanie Bogdana S. Obniżyła dochód i zmniejszyła wysokość podatku dochodowego. Warto dodać, że ujęte w księdze podatkowej udokumentowane koszty organ podatkowy drugiej instancji uwzględnił w całości, Natomiast kaszty nieudokumentowane obniżono z 4.722.310 zł do 2.866.220 zł /taka była bowiem górna ich granica przy danej wielkości obroty/ na podstawie przepisów rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 29 grudnia 1988 r. w sprawia prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów.
Bogdan S, odwołał się do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Domagał się uchylenia obu decyzji /zarówno tej wydanej w pierwszej, jak i w drugiej instancji/. W skardze zwrócił uwagę na to, że w decyzji nie wyjaśniono; dlaczego przyjęto właśnie takie, a nie inne proporcje między stopniem obniżenia przyjętego do opodatkowania dochodu a wysokością podatku dochodowego. W dodatku - jego. zdaniem - rozporządzenie Ministra Finansów /na które powołał się organ drugiej instancji/ pozwala na księgowanie bez udokumentowania kosztów w wysokości 6.133.000 zł.
Izba Skarbowa wnosiła o oddalenie skargi. Stwierdziła też przy tym, że wysokość dopuszczalnych nieudokumentowanych kosztów /na jakie powołał się -Bogdan S./ została wprowadzona dopiero dla roku podatkowego 1990 - rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 7 marca 1990 r.
Naczelny Sąd Administracyjny, rozpoznając sprawę, zbadał zgodność z prawem zaskarżonej decyzji w zakresie nie objętym skargą /art. 206 Kpa/. Doszedł do wniosku, że decyzja wydana w drugiej instancji naruszyła przepisy o właściwości. Par. 1 ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 20 września 1982 r. w sprawie. zakresu działania, składu osobowego, trybu powołania oraz organizacji podatkowych komisji odwoławczych określa, że podatkowa komisja odwoławcza jest organem odwoławczym w sprawach dotyczących wymiaru podatku obrotowego i dochodowego od osób fizycznych. Ustała ten wymiar wówczas gdy podstawy - z braku niezbędnych danych do ich ustalenia - zostały określone w drodze szacunku, a wysokość spornej sumy podatków na rok podatkowy przekracza 50 tys. zł.