Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA (del.) W. Kubiak (spr.), Asesor WSA S. Golec, Sędzia WSA G. Nasierowska, Protokolant A. Kot, po rozpoznaniu w dniu 7 kwietnia 2004 r. sprawy ze skargi Spółki z o.o. [...] z siedzibą w Ż. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] lipca 2002 r. Nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej na rzecz skarżącej Spółki kwotę 417,40 zł (czterysta siedemnaście złotych i 40/100) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Inspektor Kontroli Skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w K. Ośrodek Zamiejscowy w B. przeprowadziła w 1999r. kontrolę skarbową w spółce "[...]" [...] Sp.z o.o. z siedzibą w Ż. w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za I półrocze 1999 r. W następstwie kontroli Inspektor decyzją z dnia [...] października 1999 r. nr [...] określiła Spółce zobowiązanie i zaległość podatkową w podatku od towarów i usług za styczeń 1999 r. Decyzja ta stała się ostateczną, gdyż nie wniesiono od niej odwołania.
Wnioskiem z dnia [...] sierpnia 2000 r. Spółka "[...]" wystąpiła do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej o stwierdzenie nieważności decyzji z dnia [...] października 1999 r., zarzucając jej rażące naruszenie przepisów art.2 ust.1 oraz art.5 ust.2 i 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U.Nr 11, poz.50 z późn.zm.). Spółka wywodziła, że niesporne w sprawie jest, że w okresie objętym kontrolą skarbową, będąc podatnikiem podatku od towarów i usług, przekazywała na rzecz swego oddziału w O. - odrębnego podatnika podatku od towarów i usług - towary niezbędne dla potrzeb prowadzonej przez oddział działalności gospodarczej. Na potwierdzenie przekazania tych towarów Spółka "[...]" wystawiała dowody MM - przesunięcia między magazynami. Na podstawie tych dowodów były wystawiane rachunki uproszczone, w których nie wykazano kwoty podatku od towarów i usług, a nadto rachunki te nie zostały wykazane w rejestrach sprzedaży VAT. Według Inspektor Kontroli Skarbowej czynność polegająca na przesunięciu międzymagazynowym towarów przez Spółkę "[...]" do jej oddziału jest czynnością opodatkowaną podatkiem od towarów i usług. Spółka podniosła, powołując się na wykładnię gramatyczną przepisu art.5 ust.3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, że adresatem tej normy prawnej jest wyłącznie oddział (zakład) osoby prawnej, samodzielnie sporządzający bilans, który jest sprzedawcą towaru lub świadczeniodawcą usługi a odbiorcą towarów lub usług jest inny oddział (zakład) tej samej osoby prawnej samodzielnie sporządzający bilans. Zdaniem Spółki wymienione przesłanki w sprawie nie wystąpiły, jako że Spółka "[...]" nie jest podatnikiem, o którym mowa art.5 ust.2 ustawy o podatku od towarów i usług, zaś oddział w O. nie był dawcą lecz biorcą towarów. W tej sytuacji Spółka stwierdziła, że czynność polegająca na odpłatnym przekazaniu towarów ze Spółki do jej oddziału, będącego odrębnym podatnikiem podatku od towarów i usług, w ogóle nie podlega opodatkowaniu tym podatkiem.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej decyzją z dnia [...] marca 2002 r. nr [...] odmówił stwierdzenia nieważności decyzji Inspektor Kontroli Skarbowej z dnia [...] października 2000 r., uznając, że w sprawie nie można mówić o wydaniu tej decyzji z rażącym naruszeniem prawa. Podano, że przepis art.247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej ma zastosowanie wówczas, gdy z prostego zestawienia przepisu prawa ze stanem faktycznym wynika rażąca sprzeczność. Zdaniem Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej w przedmiotowej sprawie ta przesłanka nie zachodzi, czego potwierdzeniem jest wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodek Zamiejscowy w Łodzi z dnia 28 listopada 2000 r. sygn.akt I S.A./Łd 1328/00, od którego Minister Sprawiedliwości wniósł rewizję nadzwyczajną do Sądu Najwyższego.