Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ w większym stopniu przenosi obowiązki związane z prowadzeniem postępowania podatkowego na strony i ogranicza funkcję ochronną realizowaną przez organ orzekający.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Miasta Stołecznego W. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 20 lipca 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za listopad 1998 r. - oddala skargę.
Pierwszy Urząd Skarbowy W.-Ś., decyzją z dnia 14 lipca 1999 r. (...), wydaną na podstawie art. 207 i art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "b" ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ w związku z art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, po rozpatrzeniu wniosku Wiceprezydenta Miasta Stołecznego W., reprezentującego Zarząd Miasta Stołecznego W., odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za listopad 1998 r. w wysokości 174.132 zł oraz jej zwrotu.
W uzasadnieniu organ stwierdził, że podatnik wystąpił z żądaniem stwierdzenia nadpłaty w związku z wpłatą do Urzędu Skarbowego ww. podatku od sprzedaży budynku położonego na ul. F. J.-C. 26. Zdaniem strony ta sprzedaż była zwolniona od podatku gdyż spełniała wszystkie wymogi określone w art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Zapłata podatku nastąpiła natomiast na skutek pisemnej informacji Urzędu Skarbowego z dnia 19 listopada 1998 r., który na pytanie strony poinformował ją, że przy sprzedaży tej nieruchomości, zwolnienie nie przysługuje.
Ustosunkowując się do tego stanowiska organ pierwszej instancji stwierdził, że zwolnienie, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 5 ww. ustawy nie ma zastosowania w przypadku sprzedaży towarów będących przedmiotem umowy najmu, dzierżawy bądź innych umów o podobnym charakterze, gdyż sprzedawca nie jest w tym przypadku użytkownikiem. Dlatego sprzedaż tej nieruchomości podlegała opodatkowaniu 22 procent stawką, zgodnie z art. 18 ust. 1 powołanej ustawy i nie wystąpiła nadpłata, której zwrotu domagał się podatnik.
W odwołaniu do Izby Skarbowej w W. od tej decyzji strona wniosła o jej uchylenie i stwierdzenie ww. nadpłaty. Uzasadniając swoje stanowisko podniosła, że nie podziela dokonanej przez Urząd Skarbowy interpretacji pojęcia użytkownik, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Wykładnia wyłączająca użytkowanie budynku w przypadku jego wynajęcia jest jej zdaniem nieuzasadniona, co potwierdza wyrok NSA z dnia 11 marca 1997 r. W dniu sprzedaży budynek, choć nie był w posiadaniu miasta stołecznego W., był użytkowany przez właściciela, w sposób polegający na jego wynajęciu.
Po rozpatrzeniu odwołania Izba Skarbowa w W. decyzją z dnia 20 lipca 2000 r. (...), wydaną z powołaniem na art. 233 par. 1 pkt 1, art. 79 par. 1 i 2 pkt 1 lit. "b" Ordynacji podatkowej, art. 7 ust. 1 pkt 5, art. 33 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję.