Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Mirosław Trzecki Sędzia NSA Joanna Zabłocka Sędzia del. WSA Joanna Tarno (spr.) Protokolant Anna Ważbińska-Dudzińska po rozpoznaniu w dniu 18 maja 2017 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej Gminy A. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 24 maja 2016 r. sygn. akt I SA/Gd 491/16 w sprawie ze skargi Gminy A. na decyzję Zarządu Województwa Pomorskiego z dnia [...] lutego 2016 r. nr [...] w przedmiocie zobowiązania do zwrotu dofinansowania ze środków z budżetu Unii Europejskiej 1. uchyla zaskarżony wyrok; 2. uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Zarządu Województwa Pomorskiego z [...] października 2015 r., nr [...] w części dotyczącej zobowiązania beneficjenta do zwrotu środków wymienionych w pkt. 1 tych decyzji w odniesieniu do kwoty 173.734,93 zł wraz z odsetkami; 3. w pozostałej części oddala skargę; 4. zasądza od Zarządu Województwa Pomorskiego na rzecz Gminy A. 12.550 (dwanaście tysięcy pięćset pięćdziesiąt) złotych tytułem kosztów postępowania sądowego.
Wyrokiem z dnia 24 maja 2016 r., sygn. akt I SA/Gd 491/16, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku oddalił skargę Gminy A. na decyzję Zarządu Województwa Pomorskiego z dnia [...] lutego 2016 r. w przedmiocie zwrotu środków przyznanych z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Pomorskiego na lata 2007-2013.
W uzasadnieniu Sąd pierwszej instancji wskazał, że w dniu [...] lipca 2010 r. pomiędzy Gminą A., jako beneficjentem, a Zarządem Województwa Pomorskiego jako instytucją zarządzającą, doszło do zawarcia umowy o dofinansowanie projektu "[...]" w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego dla Województwa Pomorskiego na lata 2007-2013 (dalej" "umowa").
Zarówno we wniosku o dofinansowanie projektu, jak i w oświadczeniu z dnia [...] października 2010 r. o kwalifikowalności wydatku, Gmina wskazała, że nie może odzyskać podatku od towarów i usług, poniesionego w ramach realizacji projektu, zobowiązując się jednocześnie do zwrotu zrefundowanej w ramach projektu części poniesionego podatku, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające jego odzyskanie zgodnie z ustawą z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 ze zm.).
Pismem z dnia [...] stycznia 2015 r. Gmina poinformowała instytucję zarządzającą o uzyskaniu z urzędu skarbowego zwrotu podatku VAT z części faktur otrzymanych w związku z realizacją inwestycji, ze względu na wykorzystywanie jej przez zakład budżetowy Gminy do działalności opodatkowanej. Gmina dokonała wyliczenia kwoty podatku podlegającej zwrotowi, tj. 76.776,27 zł i odsetek liczonych od dnia zakończenia finansowego realizacji inwestycji, tj. od dnia [...] października 2010 r., w kwocie 38.880,34 zł i zwróciła kwotę 115.656,61 zł. Zdaniem Gminy, odsetki w tej sytuacji mają charakter sankcyjny i nie powinny być stosowane, gdyż zmiana kwalifikowalności VAT miała charakter niezależny od beneficjenta. Obecnie ukształtowało się jednolite orzecznictwo sądowe przyznające gminom prawo do odliczenia VAT w przypadku wykorzystywania danego rodzaju infrastruktury do działalności opodatkowanej przez zakłady budżetowe gmin. Jednakże w momencie zawierania umowy Gmina w żaden sposób nie była w stanie przewidzieć tej okoliczności, wobec czego w dobrej wierze podpisała oświadczenie o kwalifikowalności VAT, którego treść była zgodna z ugruntowanym stanowiskiem Ministra Finansów.
W wezwaniu do zwrotu środków z dnia [...] lutego 2015 r. instytucja zarządzająca podtrzymała swoje stanowisko, argumentując, że już w wyroku z dnia 18 października 2011 r. w sprawie I FSK 1369/10 Naczelny Sąd Administracyjny, wyraził pogląd o możliwości odzyskania podatku VAT przez gminę, a co za tym idzie - już wówczas powstała wątpliwość interpretacyjna dotycząca tego zagadnienia. Beneficjent mógł wtedy wystąpić o wydanie interpretacji indywidualnej, jednakże nie zrobił tego, a ze zwrotu podatku VAT skorzystał dopiero pod wpływem orzeczenia NSA z dnia 2 września 2014 r. w sprawie I FSK 938/14.