Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Hanna Kamińska Sędziowie NSA Małgorzata Rysz Wojciech Kręcisz (spr.) Protokolant Anna Wojtowicz - Hess po rozpoznaniu w dniu 13 lutego 2014 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 1 czerwca 2012 r. sygn. akt VII SA/Wa 104/12 w sprawie ze skargi PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. w W. na decyzję Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego z dnia [...] listopada 2011 r. nr [...] w przedmiocie naruszenia przepisów z zakresu kolejnictwa 1. oddala skargę kasacyjną; 2. zasądza od Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego na rzecz PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. w W. kwotę 120 (sto dwadzieścia) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 1 czerwca 2012 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, po rozpoznaniu sprawy ze skargi P. S.A. z siedzibą w W. na decyzję Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego z dnia [...] listopada 2011 r. w przedmiocie stwierdzenia naruszenia przepisów z zakresu kolejnictwa, uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ja decyzję z dnia [...] września 2011 r.
Sąd I instancji orzekał w następującym stanie sprawy.
Prezes Urzędu Transportu Kolejowego (dalej "PUTK") w dniu [...] maja 2011 r. wszczął z urzędu postępowanie w sprawie prawidłowości naliczania przez P. S.A. opłat za dostęp do infrastruktury kolejowej. W wyniku kontroli, w dniu [...] września 2011 r. wydał decyzję stwierdzającą naruszenie przepisów z zakresu kolejnictwa tj. art. 33 ust. 4, art. 29 ust. 2 i art. 32 ust. 1 pkt 3 i pkt 4 ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym (Dz.U. z 2007 r. Nr 16, poz. 94 z późn. zm.) oraz § 6 i § 19 ust. 1 pkt 1 lit. e rozporządzenia Ministra Infrastruktury z dnia 27 lutego 2009 r. w sprawie warunków dostępu i korzystania z infrastruktury kolejowej (Dz.U. z 2009 r., Nr 35, poz.274). PUTK stwierdził nieprawidłowość naliczania opłat za minimalny dostęp do infrastruktury kolejowej polegającą na nieaktualizowaniu wartości parametrów charakteryzujących kategorie linii kolejowych, w związku z prowadzonymi pracami remontowymi i modernizacyjnymi oraz przedłużającymi się ograniczeniami prędkości wynikającymi ze złego stanu infrastruktury kolejowej, niewłaściwe przypisywanie kategorii liniom kolejowym poprzez uśrednianie kategorii dla przewozów pasażerskich i towarowych, a przez to nierówne traktowanie przewoźników, stosowanie niewłaściwego sposobu zaokrąglania wyników w procesie ustalania kategorii linii kolejowej oraz przyjęcie niewłaściwego podziału linii kolejowych na odcinki dla celów ustalania kategorii linii. Stwierdził także nierówne traktowanie przewoźników kolejowych w zakresie naliczania opłat za dostęp do infrastruktury kolejowej, nierównych warunków prowadzenia działalności przewozowej, o których mowa w pkt 1, brak jasnych zasad i kryteriów przyznawania rekompensat za znaczne wydłużenie czasów jazdy pociągów w stosunku do czasów przejazdów założonych w rocznym rozkładzie jazdy, z uwagi na utrudnienia spowodowane prowadzonymi pracami modernizacyjnymi na infrastrukturze kolejowej, brak zasad i kryteriów udzielania rekompensat, o których mowa w pkt b w Regulaminie przydzielania tras pociągów i korzystania z przydzielonych tras pociągów przez licencjonowanych przewoźników kolejowych w ramach rozkładu jazdy 2010/2011 oraz w Regulaminie przydzielania tras pociągów i korzystania z przydzielonych tras pociągów przez licencjonowanych przewoźników kolejowych w ramach rozkładu jazdy 2011/2012, ograniczenie przyznania rekompensat, o których mowa w pkt b wyłącznie do przewoźników pasażerskich z pominięciem przewoźników towarowych, objęcie niektórych przewoźników kolejowych systemem przydzielenia rekompensat, o których mowa w pkt b, w odniesieniu do części sieci zarządcy.