1. Art. 25 ust. 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ przewiduje wyjątek od zasady opodatkowania dochodu w roku jego osiągnięcia /art. 7 ust. 2 ustawy/, ale dotyczy tylko tego dochodu, który podatnicy uprzednio zadeklarowali /w sposób określony w art. 25 ust. 1 i art. 27 ust. 1 ustawy/ jako zwolniony od podatku na warunkach określonych w art. 17 ust., 1 pkt 4-8 ustawy.
Dochód, który podatnik wykazywał w deklaracjach jako zwolniony na warunkach określonych w art. 17 ust. 1 pkt 4-8, co do którego podatnik utracił zwolnienie wskutek wydatkowania go na cele inne niż objęte tym zwolnieniem, podlega opodatkowaniu w miesiącu następnym po miesiącu jego wydatkowania.
2. Warunki zwolnienia dochodów uzyskiwanych przez spółdzielnie mieszkaniowe od podatku zostały określone w art. 17 ust. 1 pkt 4f, ust. 1a pkt 2 i ust. 1b ustawy.
W przepisach tych nie uzależniono zwolnienia od podatku od uprzedniego zadeklarowania /wykazania w deklaracji podatkowej/ dochodu jako przeznaczonego na wskazane w ustawie cele.
Oznacza to, że zgodnie z zasadami postępowania podatkowego /por. art. 122, art. 180 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ podatnik może wykazywać przy pomocy wszelkich dowodów wolę przeznaczenia dochodu na cele objęte zwolnieniem od podatku.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 15 lutego 2006 r. na rozprawie w Wydziale II Izby Finansowej skargi kasacyjnej Spółdzielni Mieszkaniowej "UP" w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 24 listopada 2004 r. III SA 3176/03 w sprawie ze skargi Spółdzielni Mieszkaniowej "UP" w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 31 października 2003 r. (...) w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. - uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Warszawie; (...).
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 24 listopada 2004 r. III SA 3176/03 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę Spółdzielni Mieszkaniowej "UP" w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 31 października 2003 r., którą organ odwoławczy po rozpatrzeniu odwołania Spółdzielni od decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia 3 czerwca 2003 r., określającej wysokość podatku dochodowego od osób prawnych za rok 1999 w kwocie 8.354.846,20 zł uchylił zaskarżoną decyzję oraz określił wysokość podatku dochodowego od osób prawnych, należnego za rok 1999, w wysokości 7.645.278 zł.
W uzasadnieniu faktycznym decyzji organ odwoławczy powołał się na ustalenia dokonane przez organ kontroli skarbowej w oparciu o dowody zebrane w toku postępowania kontrolnego, przeprowadzonego w Spółdzielni Mieszkaniowej w okresie od października 2002 r. do kwietnia 2003 r.
Spółdzielnia w dniu 6 sierpnia 1998 r. zawarła umowę zbycia udziałów wynoszących 99,9 procent w spółce z o.o. "SR" z siedzibą w W. (...) za łączną kwotę 31.725.350 zł.
Zarząd Spółdzielni w dniu następnym podjął uchwałę o przeznaczeniu tej kwoty na realizację w latach przyszłych celów statutowych Spółdzielni.
W zeznaniu CIT-8 o wysokości dochodu osiągniętego przez podatnika w roku podatkowym 1998 Spółdzielnia nieujawniła dochodów z tego źródła przychodów jako wolnych od podatku dochodowego, po spełnieniu warunków przewidzianych w art. 17 ust. 1 pkt 4 f i ust. 1b ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 106 poz. 482 ze zm./, zwanej dalej ustawą.
W dniu 11 sierpnia 1998 r. Spółdzielnia zawarła ze spółką z o.o. "BEPH" z siedzibą w W. (...), zwanej dalej Spółką lub BEPH, umowę na pełnienie przez Spółkę funkcji inwestora zastępczego.
Tytułem kaucji gwarancyjnej przekazała Spółce w roku 1998 kwotę 5.994.000 zł, a w roku 1999 łącznie 21.470.000 zł.
W celu zagwarantowania realizacji ww. umowy w tym samym dniu podpisana została umowa przyrzeczenia prawa nabycia udziałów w kapitale zakładowym Spółki. W dniu 13 sierpnia 1999 r. strony tej umowy ustaliły, że wszelkie wpłaty dokonywane przez Spółdzielnię na rzecz BEPH, niezależnie od ich określenia /również nazwane kaucją gwarancyjną/, nie stanowiące kosztów inwestycji, będą traktowane jako wpłaty na poczet zakupu udziałów, względnie akcji. Ostatecznie BEPH w sierpniu 2000 r. przekształciła się w Spółkę Akcyjną /wpis do RHB nastąpił we wrześniu 2000 r./. Zamiar przekształcenia Spółki z o.o. w akcyjną został wyrażony w dniu 13 sierpnia 1998 r. w uchwale podjętej przez nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników BEPH Sp. z o.o./.
W dniu 27 grudnia 2000 r. doszło do podwyższenia kapitału akcyjnego BEPH z kwoty 117.400 zł do kwoty 217.400 zł w drodze emisji 1.000 akcji serii B o wartości nominalnej 1 akcji 100 zł, emisyjnej 25.000 zł. Spółdzielnia w tym dniu przystąpiła do Spółki Akcyjnej, obejmując 915 akcji o wartości emisyjnej 22.875.000 zł. Należność za nabyte akcje została pokryta z dokonanych wcześniej przez Spółdzielnię wpłat, w tym z wpłat dokonanych w trakcie roku podatkowego 1999. Wysokość kaucji gwarancyjnej zmniejszono jednocześnie do kwoty 1.340.000 zł.