W art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 86, poz. 959 ze zm.). w brzmieniu obowiązującym w 2005 r. jest mowa o nieruchomości w rozumieniu art. 46 § 1 Kodeksu cywilnego. W przypadku połączenia kilku nieruchomości w jedną nieruchomość w jednej księdze wieczystej na podstawie art. 21 ustawy z dnia 6 lipca 1982 r. o księgach wieczystych i hipotece (tekst jedn. Dz. U. z 2001 r. Nr 124, poz. 1361 ze zm.), to będzie ona stanowiła odrębną nieruchomość w rozumieniu art. 2 pkt 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Bogusław Dauter, Sędzia NSA Stefan Babiarz (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Tomasz Zborzyński, Protokolant Anna Dziewiż - Przychodzeń, po rozpoznaniu w dniu 24 czerwca 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "B." sp. z o. o. z siedzibą w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 28 listopada 2007 r. sygn. akt I SA/Sz 298/07 w sprawie ze skargi "B." sp. z o. o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia 1 marca 2007 r. nr [...] w przedmiocie interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania przepisów podatkowych w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od "B." sp. z o. o. z siedzibą w B. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w S. kwotę 240 (słownie: dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 28 listopada 2007 r., sygn. akt I SA/Sz 298/07 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie oddalił skargę "B. I." Sp. z o.o. w B. (Spółka) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia 1 marca 2007 r. w przedmiocie interpretacji co do sposobu zastosowania przepisów podatkowych w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Ze stanu sprawy przyjętego przez Sąd pierwszej instancji wynika, że zaskarżoną decyzją Dyrektor Izby Skarbowej odmówił zmiany postanowienia Naczelnika Urzędu Skarbowego w M. z dnia 8 grudnia 2006 r. w zakresie pisemnej interpretacji co do sposobu zastosowania przepisów prawa podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych, w którym stanowisko podatnika uznane zostało za nieprawidłowe. Organ odwoławczy wskazał, że z przedstawionego przez stronę stanu taktycznego wynikało, że Spółka dokonała w 2005 r. zakupu nieruchomości zabudowanych i niezabudowanych położonych na terenie B. Przedmiotem transakcji było sześć praw wieczystego użytkowania działek gruntu, zabudowanych budynkami produkcyjnymi, magazynowymi, technicznymi i administracyjnymi, dla których Sąd Rejonowy w Myśliborzu prowadził odrębne księgi wieczyste oraz trzy prawa wieczystego użytkowania niezabudowanych działek gruntu, posiadających również odrębne księgi wieczyste. Wszystkie nieruchomości były przedmiotem jednej transakcji, dla której sporządzono jeden akt notarialny. Następnie, Spółka wskazała, że obie strony dokonanej transakcji są podatnikami podatku od towarów i usług, wobec czego została ona potwierdzona fakturami VAT. W związku z tym podatnik sformułował pytanie, czy przedmiotowa transakcja sprzedaży nieruchomości oraz gruntów podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Jednocześnie, Spółka przedstawiła własne stanowisko wskazując, że na mocy art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 86, poz. 959 ze zm.) - zwanej dalej u.p.cz.c., sprzedaż nieruchomości i gruntów nie podlega opodatkowaniu tym podatkiem, jeżeli sprzedający był opodatkowany podatkiem VAT. Powołując się na art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. a/ oraz art. 2 pkt 4 u.p.cz.c. podkreśliła, że obie strony dokonanej czynności są zarejestrowanymi i czynnymi podatnikami podatku od towarów i usług, a zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r. Nr 54, poz. 535 ze zm.) - zwanej dalej ustawą o VAT, sprzedający był opodatkowany podatkiem VAT z tytułu dokonania sprzedaży nieruchomości oraz gruntów. Jednocześnie, strona wskazała, że do części transakcji zastosowano zwolnienie na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 i 9 ustawy o VAT, zaś w części sprzedaż nieruchomości opodatkowana została 22% stawką podatku VAT na podstawie art. 41 ustawy o VAT.