Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Anna Dumas, Sędzia NSA Krzysztof Winiarski, Sędzia WSA del. Anna Sokołowska (sprawozdawca), Protokolant Justyna Nawrocka, po rozpoznaniu w dniu 14 czerwca 2012 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej I. K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 18 sierpnia 2010 r. sygn. akt III SA/Po 391/10 w sprawie ze skargi Prokuratora Rejonowego w K. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia 30 marca 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej dotyczącej stwierdzenia nadpłaty z tytułu opłaty skarbowej uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Poznaniu.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu wyrokiem z dnia 18 sierpnia
2010 r., sygn. akt III SA/Po 391/10 uchylił zaskarżoną przez Prokuratora Rejonowego w K. decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia
30 marca 2010 r. nr [...] oraz poprzedzającą ją decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia 2 marca 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej dotyczącej stwierdzenia nadpłaty z tytułu opłaty skarbowej.
Z przyjętego przez Sąd I instancji stanu faktycznego sprawy wynika, że ostateczną decyzją z dnia 3 lipca 2009 r., nr [...] Samorządowe Kolegium Odwoławcze w K. w punkcie I uchyliło decyzję Prezydenta Miasta K. z dnia 28 maja 2009 r. nr [...] odmawiającą stwierdzenia na rzecz I. K. nadpłaty w opłacie skarbowej w kwocie 12.110 zł. W punkcie II decyzji Kolegium stwierdziło nadpłatę z tytułu opłaty skarbowej w wysokości 12.110 zł wraz z oprocentowaniem od dnia 9 kwietnia 2009 r. do dnia zapłaty.
W uzasadnieniu organ odwoławczy wskazał, że jego zdaniem bezsprzecznym jest, że przepis art. 105 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.) w związku z załącznikiem do ustawy z dnia 9 grudnia 2000 r. o opłacie skarbowej, część III ust. 10 a, narusza przepis art. 90 ust. 1 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską, mówiący o zakazie dyskryminacji jakichkolwiek towarów w obrębie Wspólnoty Europejskiej. Zatem pomiędzy przepisami krajowymi i prawem wspólnotowym zachodzi sprzeczność, która winna być zgodnie z zasadą pierwszeństwa i bezpośredniego stosowania, rozstrzygnięta poprzez zastosowanie prawa wspólnotowego. Zdaniem Kolegium powyższe oznacza, że organ podatkowy dokonując poboru opłaty skarbowej, winien był uwzględnić z urzędu treść art. 90 TWE, czego w niniejszej sprawie nie uczynił. Ostatecznie organ odwoławczy stwierdził, iż zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem prawa materialnego, poprzez niezastosowanie przepisu art. 90 ust. 1 TWE.
Od powyższej decyzji Prokurator Prokuratury Rejonowej w K. wniósł z powołaniem się na art. 184 § 1 k.p.a. sprzeciw, domagając się stwierdzenia jej nieważności na podstawie art. 156 § 1 pkt 2 k.p.a.
Zaskarżonej decyzji Prokurator zarzucił wydanie z rażącym naruszeniem prawa, które polegało na błędnym przyjęciu, że art. 90 TWE ma zastosowanie do przepisów regulujących uiszczanie opłaty skarbowej tj. ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej (Dz. U. Nr 225, poz. 1635 ze zm.), a w szczególności art. 1 powołanej ustawy oraz pkt 11 w części II załącznika do tej ustawy, gdy tymczasem art. 90 ust. 1 TWE dotyczy wyłącznie podatku, a nie opłaty skarbowej oraz z naruszeniem art. 122, art. 124, art. 210 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej poprzez nieprzeprowadzenie wnikliwego rozpatrzenia sprawy i nieustosunkowanie się do twierdzeń organu podatkowego, a przez to pozbawienie decyzji prawidłowego uzasadnienia w tym zakresie, co uniemożliwia uznanie toku "rozumowania" SKO.