Przepisy art. 11 u.p.d.o.p. mogą być stosowane także w odniesieniu do umów zawartych na warunkach rynkowych, ale świadomie realizowanych w sposób odmienny od ustalonych celem pomniejszenia należnego z tych umów dochodu. Zawarte w art. 11 ust. 4 u.p.d.o.p. pojęcia „wykonuje świadczenia” i „warunki tych świadczeń” nie mogą oznaczać jedynie fazy ustalania warunków wykonania świadczenia w momencie zawierania umowy. Stosowanie art. 11 u.p.d.o.p. jest możliwe także w sytuacji, gdy strony zmieniają postanowienia umowy w sposób dorozumiany (per facta concludentia), czy też strona jednostronnie odstępuje od realizacji postanowień umownych celem pomniejszenia należnego dochodu, a zwiększenia dochodu (lub zmniejszenia straty) u podmiotu powiązanego.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: Sędzia NSA Małgorzata Wolf-Kalamala, Sędziowie: NSA Krzysztof Winiarski, NSA del. Zbigniew Romała (sprawozdawca), Protokolant Szymon Mackiewicz, po rozpoznaniu w dniu 25 czerwca 2013 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "N." S.A. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 15 marca 2011 r. sygn. akt III SA/Wa 1028/10 w sprawie ze skargi "N." S.A. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 15 lutego 2010 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz "N." S.A. z siedzibą w W. kwotę 55.517 (pięćdziesiąt pięć tysięcy pięćset siedemnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 15 marca 2011 r. sygn. akt III SA/Wa 1028/10 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę N. Spółki Akcyjnej z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia
15 lutego 2010 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r.
Stan faktyczny sprawy przedstawia się następująco:
Decyzją z dnia 25 czerwca 2009 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. określił N. Spółce Akcyjnej z siedzibą w W. - dalej jako "Spółka", zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. w wysokości 58.728.993 zł.
Podstawą ustaleń były stwierdzone w toku kontroli nieprawidłowości polegające na niezaliczeniu przez Spółkę do przychodów 303.578.158,60 zł, na które złożyły się:
1. odsetki w kwocie 303.219.354,35 zł od pożyczek udzielonych przez Spółkę spółkom zależnym, na podstawie umów o współpracy finansowej.
Organ pierwszej instancji uznał, że wystąpiły okoliczności określone w art. 11 ust. 4 pkt 2 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000r. Nr 54, poz. 654 ze zm.) - dalej jako "u.p.d.o.p.", tj. powiązania kapitałowe mające wpływ na wykonanie świadczenia na warunkach korzystniejszych, odbiegających od warunków ogólnie stosowanych w czasie i miejscu wykonania świadczenia, w związku z czym odsetki oszacowano przy zastosowaniu art. 11 ust. 2 u.p.d.o.p.
2. wynagrodzenie w kwocie 358.804,25 zł z tytułu realizacji umowy o świadczenie w miejsce wypełnienia (datio in solutum) z dnia 31 marca 2003 r., które Spółka potraktowała jako różnice kursowe i nie uznała ich za przychód.
Dyrektor uznał, że błędnie zastosowano art. 12 ust. 3 u.p.d.o.p.
W toku postępowania kontrolnego Spółka wniosła o zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów wydatków w łącznej wysokości 27.457.733,91 zł, których pierwotnie nie uznała za koszty uzyskania przychodu.
Organ pierwszej instancji z wydatków na doradztwo prawne i finansowe w związku z planami nabycia przez Spółkę innych podmiotów gospodarczych za koszt uzyskania przychodu w 2003 r. uznał tylko wydatki dotyczące projektu "T." w kwocie 795.037,98 zł; nie uznał wydatków dotyczących projektów: "D.", "P." i "E." (łącznie 1.329.179,35z ł), gdyż na żadnym etapie postępowania nie wykazano, że Spółka wyłączyła wydatki z tzw. kosztów podatkowych z kolejnych okresów rozliczeniowych.
Dyrektor uznał za koszt uzyskania przychodu wydatki na usługi prawne łącznie w kwocie 560.547,45 zł związane ze sporami z M. S.A. z siedzibą w W. - dalej jako "M.".
Organ pierwszej instancji nie uznał za koszt uzyskania przychodów wydatków związanych z ugodami zawartymi z "H." z dnia 12 sierpnia 2003 r. w kwocie 7.983.584zł (dalej: "ugoda z 12 sierpnia 2003 r.") i "M." z dnia 11 sierpnia
2003 r. w kwocie 10.876.525zł (dalej: "ugoda z 11 sierpnia 2003 r."), z uwagi na brak związku poniesionych wydatków z uzyskanym przychodem. Związek ten nie wynika ani ze złożonych w toku kontroli wyjaśnień, ani tym bardziej z przedłożonych dokumentów.