Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Aleksandra Wrzesińska - Nowacka (spr.), Sędzia NSA Włodzimierz Kubiak, Sędzia del. NSA Jan Grzęda, Protokolant Agata Kołakowska, po rozpoznaniu w dniu 6 maja 2011 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej H. Sp. z o.o. z siedzibą w S. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 23 września 2009 r. sygn. akt I SA/Sz 469/09 w sprawie ze skargi H. Sp. z o.o. z siedzibą w S. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia 27 kwietnia 2009 r. nr [...] w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od H. Sp. z o.o. z siedzibą w S. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w S. kwotę 1200 (słownie: jeden tysiąc dwieście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem dnia 23 września 2009 r., sygn. akt I SA/Sz 469/09 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie oddalił skargę "H." Spółki z o.o. z siedzibą w S. (dalej jako: spółka) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia 27 kwietnia 2009 r. nr [...] w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych.
W postępowaniu podatkowym ustalono, że w dniu 16 kwietnia 2007 r. pomiędzy spółką, jako kupującym, a D. W., jako sprzedającym została zawarta w formie aktu notarialnego umowa sprzedaży niezabudowanych działek od nr [...] do nr [...] o łącznej powierzchni 6557 m² (obręb W. - gmina D.). Wartość przedmiotu sprzedaży strony określiły na kwotę 610.000 zł, zaznaczając, iż jest to cena brutto, uwzględniająca podatek od towarów i usług według stawki 22%. Sprzedający oświadczył też, że z tytułu tej czynności jest opodatkowany podatkiem od towarów i usług. W związku z tym oświadczeniem notariusz nie pobrał podatku od czynności cywilnoprawnych.
Następnie, jak wskazał organ odwoławczy, w dniu 20 marca 2008 r. D. W. złożył do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w S. wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług zadeklarowanego za miesiąc kwiecień 2007 r. w wysokości 110.000 zł. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w S. uwzględnił wniosek i dokonał zwrotu podatku od towarów i usług uznając, że sprzedaż gruntów na podstawie umowy z dnia 16 kwietnia 2007 r. nie podlegała opodatkowaniu tym podatkiem.
W związku z tym Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w S. wszczął postępowanie w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych celem określenia podatnikowi zobowiązania w tym podatku od umowy sprzedaży niezabudowanych działek z dnia 16 kwietnia 2007 r. i następnie decyzją z dnia 22 listopada 2008 r. określił spółce podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 10.000 zł. Organ podatkowy uznał bowiem, że nie zachodzą przesłanki wyłączenia przedmiotu czynności cywilnoprawnej z podatku wskazane w art. 2 pkt 4a ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2007 r., Nr 68, poz. 450 ze zm., dalej jako :u.p.c.c.).
Od decyzji tej spółka odwołała się wnosząc o uchylenie decyzji organu pierwszej instancji i umorzenie postępowania albo jej uchylenie i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia, zarzucając błędne zastosowanie art. 2 ust. 4a u.p.c.c., niezastosowanie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r., Nr 54, poz. 535 ze zm., dalej jako: u.p.t.u.), błędne zastosowanie art. 15 ust. 4 i ust. 5 tej ustawy oraz naruszenie art. 21 § 1 i § 3, art. 73 § 1 pkt 6, art. 122 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., nr 8, poz. 60 ze zm., dalej jako O.p.). Spółka podniosła, że organ wydał decyzję, choć sprawa nie została dostatecznie wyjaśniona, przede wszystkim nie wyjaśniono okoliczności zwrotu podatku od towarów i usług, a także nie odniesiono się do przedstawionych przez stronę dowodów, w tym faktury VAT nr [...], potwierdzenia przelewu kwoty 110.000 zł na konto Urzędu Skarbowego, decyzji o warunkach zabudowy dla inwestycji w postaci 13 budynków mieszkalnych jednorodzinnych oraz sieci wodociągowej i kanalizacyjnej na terenie zakupionych działek, co świadczy, że D. W. nie zamierzał wykorzystywać gruntu na potrzeby własne. Fakt zarejestrowania się sprzedającego jako podatnika VAT wskazywał natomiast na zamiar prowadzenia opodatkowanej działalności w zakresie sprzedaży działek. Spółka wskazała również na przepisy art. 21 § 1 pkt 1 i § 3 O.p., podkreślając, że w dniu transakcji czynność była opodatkowana podatkiem od towarów i usług, zatem spółce przysługiwało zwolnienie w podatku od czynności cywilnoprawnych, na tę okoliczność przytoczono zasadę z art. 217 Konstytucji RP, że utrata prawa do ulgi wynikać musi z wyraźnego przepisu, tak jak to regulują przepisy, np. ustawy z dnia 28 lipca 1983 o podatku od spadków i darowizn (Dz. U. z 2009 r., Nr 93, poz. 768) w art. 16 ust. 1, w art. 21 ust. 1 pkt 63a ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2010 r., Nr 51, poz. 301 ze zm., dalej jako: u.p.d.o.f.). Stąd brak jest podstaw do utraty ulgi z art. 2 ust. 4a u.p.c.c. nawet w przypadku stwierdzenia nadpłaty w VAT.