Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Edyta Anyżewska (sprawozdawca), Sędzia NSA Stanisław Bogucki, Sędzia NSA Jan Rudowski, Protokolant Agnieszka Lipiec, po rozpoznaniu w dniu 14 grudnia 2007 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej R. S. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 29 maja 2006 r. sygn. akt III SA/Wa 611/06 w sprawie ze skargi R. S. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 14 grudnia 2005 r. [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji ustalającej zryczałtowany podatek dochodowy od niezaewidencjonowanego przychodu za miesiące od stycznia do czerwca 2000 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od R. S. rzecz Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej kwotę 120 (sto dwadzieścia) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 29 maja 2006 r., sygn. akt III SA/Wa 611/06, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę R. S. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 14 grudnia 2005 r. w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Z. z dnia 24 października 2002 r., ustalającej skarżącemu zryczałtowany podatek dochodowy od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne.
W motywach orzeczenia Sąd wyjaśnił, że spornym rozstrzygnięciem - działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tj. Dz. U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 ze zm.), dalej O.p., oraz art. 26 ust. 2 i ust. 4 w zw. z art. 31 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (tj. Dz. U. z 2004 r. nr 8, poz. 65 ze zm.), dalej u.k.s. - po rozpoznaniu wniosku strony o ponowne rozpatrzenie sprawy, Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej utrzymał w mocy swoją decyzję z dnia 21 września 2005 r., o tożsamym przedmiocie.
Uzasadniając swoje stanowisko organ kontroli skarbowej wskazał, że wniosek o stwierdzenie nieważności wskazanej wyżej, ostatecznej decyzji podatnik złożył po upływie przewidzianego prawem terminu. Decyzja, której stwierdzenia nieważności żąda skarżący, została bowiem prawidłowo doręczona jego pełnomocnikowi w dniu 25 października 2002 r. Natomiast wniosek inicjujący postępowanie nadzwyczajne został zawarty w piśmie z dnia 14 lipca 2005 r., które zostało tego samego dnia złożone w Izbie Skarbowej w Z. Pismo to zostało przekazane według właściwości Generalnemu Inspektorowi Kontroli Skarbowej, a następnie uzupełnione pismami z dnia 26 i dnia 29 sierpnia 2005 r.
W ocenie organu kontroli skarbowej, skoro wniosek o stwierdzenie nieważności ostatecznej decyzji został złożony przez skarżącego po upływie roku od dnia jej doręczenia, to należało odmówić wszczęcia postępowania w sprawie, na podstawie art. 249 § 1 O.p. w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2002 r. Zgodnie bowiem z art. 24 § 1 ustawy z dnia 12 września 2002 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. nr 169, poz. 1387), dalej nowela z dnia 12 września 2002 r., żądania uchylenia, zmiany lub stwierdzenia nieważności decyzji, która stała się decyzją ostateczną przed dniem wejścia w życie tej ustawy, tj. do dnia 31 grudnia 2002 r., podlegają rozpatrzeniu w trybie, na zasadach i w terminach określonych w przepisach Ordynacji podatkowej, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2002 r.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej nie podzielił poglądu skarżącego przedstawionego we wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy, iż decyzja z dnia 21 września 2005 r. została wydana z rażącym naruszeniem przepisów postępowania "poprzez przyjęcie, iż w zakresie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej organu kontroli skarbowej" należy stosować przepisy Ordynacji podatkowej.