Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Włodzimierz Kubiak (sprawozdawca), Sędzia NSA Antoni Hanusz, Sędzia WSA del. Stefan Kowalczyk, Protokolant Janusz Bielski, po rozpoznaniu w dniu 12 maja 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej U. G. i J. G. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 13 marca 2008 r. sygn. akt I SA/Łd 1322/07 w sprawie ze skargi U. G. i J. G. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w L. z dnia 6 września 2007 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2000 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Łodzi, 2) zasądza od Dyrektora Izby skarbowej w L. na rzecz U. G. i J. G. kwotę 16.119 (szesnaście tysięcy sto dziewiętnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 13 marca 2008 r., sygn. akt I SA/Łd 1322/07 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi oddalił skargę U. G. i J. G. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Ł. z dnia 6 września 2007 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2000 r.
W uzasadnieniu orzeczenia wskazano, że decyzją z dnia 17 czerwca 2003 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w Ł. określił U. G. i J. G. podatek dochodowy od osób fizycznych za 2000 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Ł. - po ponownym rozpoznaniu sprawy (wcześniejsze rozstrzygnięcie organu odwoławczego zostało uchylone wyrokiem sądu administracyjnego) - decyzją z dnia 31 maja 2005 r. uchylił w części decyzję organu pierwszej instancji i obniżył wysokość podatku dochodowego od osób fizycznych za 2000 r. do kwoty 1.763.601 zł.
Wyrokiem z dnia 18 października 2005 r., sygn. akt I SA/Łd 834/05 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi uchylił decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Ł. z dnia 31 maja 2005 r. Sąd argumentował, że organ podatkowy powinien był rozstrzygnąć o skutkach podatkowych wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., sygn. akt 45/01.
Mając powyższe na uwadze Dyrektor Izby Skarbowej w Ł., po przeprowadzeniu dodatkowego postępowania wyjaśniającego, decyzją z dnia 6 września 2007 r. uchylił decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Ł. z dnia 17 czerwca 2003 r. i obniżył wysokość podatku dochodowego od osób fizycznych za 2000 r. do kwoty 1.763.601 zł.
Z ustaleń postępowania podatkowego wynikało, że w dniu 31 lipca 1999 r. prowadzona przez skarżącą firma L. K. ZPChr otrzymała status zakładu pracy chronionej na okres trzech lat. W dniu 31 sierpnia 1999 r. małżonkowie G., na zasadzie wspólności ustawowej, nabyli działki gruntu przy ul. B. w Ł. za kwotę 700.156,70 zł. Zakup nieruchomości nie został uwzględniony w przygotowanym przez firmę bilansie na dzień 31 grudnia 1999 r. lecz dopiero w bilansie sporządzonym na dzień 31 grudnia 2000 r. Przedmiotowe działki gruntu zostały wprowadzone do ewidencji środków trwałych w dniu 31 stycznia 2000 r. Ponadto w informacji dodatkowej do sprawozdania finansowego za 2000 r. zawarto zapis, że firma w roku obrotowym 2000 rozpoczęła inwestycję w postaci budowy magazynu wyrobów gotowych przy ul. B. (poprzednio ul. B.). Inwestycja została zakończona w lutym 2001 r., a budowa prowadzona była na gruncie własnym firmy, wprowadzonym decyzją właścicielki w księgi handlowe w roku 2000. Decyzją z dnia 27 lipca 2000 r. Prezydent Miasta Ł. zatwierdził projekt budowlany i wydał pozwolenie na budowę obejmujące budowę zakładu konfekcjonowania kosmetyków w dwóch etapach. Pierwszy etap budowy zrealizowano w dniu 6 lutego 2001 r., co potwierdzała decyzja Prezydenta Miasta Ł., wyrażająca zgodę na użytkowanie obiektu. Po tym okresie nie była już realizowana żadna inwestycja.
W świetle powyższych okoliczności organ odwoławczy uznał, że przedsiębiorstwo L. K. ZPChr nie było w trakcie prowadzenia długookresowych przedsięwzięć na rzecz zatrudnionych osób niepełnosprawnych przed dniem 30 listopada 1999 r., tj. przed wejściem w życie ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 95, poz. 1101). Firma skarżącej nie była zatem podmiotem, którego dotyczył wyrok Trybunału Konstytucyjnego, sygn. akt K 45/01 i tym samym nie wystąpiły przesłanki do uwzględnienia skutków podatkowych tego orzeczenia przy wydawaniu decyzji w sprawie uwzględnienia nadpłaty z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej.