Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Dagmara Dominik-Ogińska, Sędziowie Sędzia NSA Lidia Błystak (sprawozdawca), Sędzia WSA Ewa Kamieniecka, Protokolant Paulina Wódka, po rozpoznaniu w dniu 13 lipca 2011 r. przy udziale sprawy ze skargi A. w L. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej we W. z dnia 25 lutego 2011 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. I. uchyla zaskarżoną decyzję; II. orzeka, iż uchylona decyzja nie podlega wykonaniu; III. zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej we W. na rzecz strony skarżącej kwotę 72.228 (siedemdziesiąt dwa tysiące dwieście dwadzieścia osiem) tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Decyzją z dnia [...] 2011 r. Nr [...] Dyrektor Izby Skarbowej na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) Ordynacji podatkowej oraz art. 15 ust. 1 i 4, art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. b) i c), art. 16 ust. 1 pkt 46 lit. a), art. 16h ust. 1 pkt 1, art. 17a pkt 1, art. 18 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.) uchylił decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia [...] 2009 r. Nr [...] w sprawie określenia "A" S.A. zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w kwocie 148.585.458,00 zł. i określił to zobowiązanie na kwotę 143.845.729,00 zł.
Decyzja ta jest drugą z kolei decyzją organu II instancji. Strona w zeznaniu o wysokości osiągniętego dochodu wykazała przychody ze źródeł przychodów położonych na terytorium RP w kwocie 6.905.829.891,29 zł., inne przychody, o których mowa w art. 5 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. w wys. 776.779,24 zł., koszty uzyskania przychodów ze źródeł położonych na terytorium RP w kwocie 6.321.183.092,41 zł., koszty uzyskania przychodów ze źródeł wymienionych w art. 5 ustawy w kwocie 2.372.575,19 zł., dochód w wys. 583.051.002,93 zł., dochody wolne w kwocie 271.906,09 z., odliczenia od dochodu w kwocie 10.354.079, 10 zł., kwoty odliczonych w poprzednich latach wydatków inwestycyjnych oraz kwotę dochodu, o którym mowa w art. 17 ust. 6 ustawy, w związku z utratą prawa do odliczenia - w wys. 104.253,64 zł., podstawę opodatkowania w wys. 572.529.271,00 zł., podatek należny wg stawki 27% w kwocie 154.582.903,17 zł., odliczenia od podatku w wys. 7.188.522,00 zł. oraz podatek należny po odliczeniach w kwocie 147.394.381,00 zł.
Decyzją z dnia [...] 2009 r. Nr [...] organ I instancji w wyniku przeprowadzonego postępowania określił stronie zobowiązanie w podatku dochodowym za 2003 r. w wys. 148.585.458 zł., określając przychód ze źródeł przychodów położonych na terytorium RP w kwocie 6.905.095.304,80 zł., przychody z udziału w spółce niebędącej osoba prawną w kwocie 1.541.517,21 zł., koszty uzyskania przychodów ze źródeł położonych na terytorium RP w wys. 6.319.047.300,68 zł., koszty uzyskania przychodów z udziałów w spółce niebędącej osobą prawną w kwocie 2.479.693,91 zł., dochód w wys. 585.109.827,42 zł., podstawę opodatkowania w kwocie 577.108.096,00 zł., odliczenia od podatku w kwocie 7.233.728,00 zł.
Decyzją z dnia [...] r. Dyrektor Izby Skarbowej uchylił zaskarżoną decyzję i określił stronie zobowiązanie podatkowe za 2003 r. w wysokości 143.845.729,00 zł.
Przeprowadzając postępowanie w sprawie zakwestionował organ odwoławczy następujące wydatki, zaliczone przez stronę do kosztów uzyskania przychodów, które podlegają kwestionowaniu w skardze:
1) wydatki w kwocie 49.171,50 zł. związane ze zmianą planu zagospodarowania przestrzennego Gminy R., wydatki w kwocie 10.000 zł. na opracowanie projektu decyzji o ustaleniu warunków zabudowy i zagospodarowania przestrzennego oraz inne koszty w kwocie 337.480 zł. związane z inwestycją - rozbudowa zbiornika "Z. M." do rzędnej zapór 180 m npm. W kwietniu 1976 r. po wybudowaniu zbiornika "Z. M." Spółka rozpoczęła deponowanie w nim odpadów poflotacyjnych. W 1999 r. podjęła działania zmierzające do rozbudowy tego zbiornika o parametrach: rzędna korony zapór 160 m npm i ogólna pojemność 350 mln m³ do rzędnej korony zapór 180 m npm i ogólnej pojemności 700 mln m³. W związku z działaniami zmierzającymi do rozbudowy zbiornika strona zaliczyła bezpośrednio do kosztów uzyskania przychodów wydatki: