W przypadkach, gdy do powstania nadpłaty doszło w wyniku zastosowania się podatnika do obowiązku zapłacenia nienależnego /lub w nienależnej wysokości/ zobowiązania podatkowego określonego w wadliwej decyzji podatkowej, wyeliminowanej następnie z obrotu prawnego, termin o którym stanowi art. 29 ust. 4 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ jest zachowany, gdy podatnik w okresie 3 lat od zapłacenia podatku wystąpił w ramach przysługującego mu środka prawnego /np. odwołania, wniosku o wznowienie postępowania lub o stwierdzenie nieważności/ z roszczeniem /żądaniem/ do organu podatkowego o uchylenie, zmianę lub stwierdzenie nieważności wadliwej decyzji. W takim bowiem przypadku żądanie wyeliminowania z obrotu prawnego wadliwej decyzji wymiarowej, stanowiącej podstawę nienależnego świadczenia podatkowego, zawierało w sobie jednocześnie roszczenie o zwrot nadpłaty, które stało się wymagalne w momencie jej stwierdzenia, tzn. uchylenia, zmiany lub stwierdzenia nieważności takiej decyzji.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi KGHM PM S.A. w L. na decyzję Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w L. z dnia 8 stycznia 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy zaliczenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za 1994 r. na poczet zaliczek na podatek dochodowy od osób prawnych - uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Urzędu Skarbowego w L. z dnia 27 września 2001 r. (...).
Przedmiotem skargi KGHM PM S.A. w L. jest decyzja Izby Skarbowej we Wrocławiu Ośrodek Zamiejscowy w L. z dnia 8 stycznia 2002 r. (...), która utrzymano w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w L. z dnia 27.09.2001 r. (...) o odmowie zaliczenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za rok 1994 w kwocie 1.294.998.46 zł na poczet zaliczek na podatek dochodowy od osób prawnych za okres od stycznia-sierpnia 2001 roku.
Decyzje te wydane zostały w oparciu o następujący, bezsporny stan faktyczny.
W wyniku przeprowadzonej kontroli podatkowej za 1994 rok Inspektor Kontroli Skarbowej UKS w L. ustalił Stronie skarżącej w wyniku kontroli z dnia 22 grudnia 1995 r. przypis w podatku od towarów i usług w kwocie 1.055.743.67 zł.
W dniu 5 stycznia 1996 r. Spółka wpłaciła na konto Urzędu Skarbowego w L. kwotę 750.413 zł i w tym samym dniu zostało złożone żądanie skierowania sprawy na drogę postępowania w sprawach podatkowych dotyczących spornego przypisu.
Urząd Skarbowy w L. decyzją (...) z dnia 7 maja 1997 r. ustalił Stronie zaległość podatkową wraz z sankcją w podatku od towarów i usług za 1994 rok w kwocie 263.291.54 zł Decyzja Urzędu Skarbowego w L. została utrzymana w mocy decyzją Izby Skarbowej w L. (...) z dnia 25 sierpnia 1997 r.
Urząd Skarbowy w L. w dniu 16 maja 1997 r. dokonał zwrotu podatku VAT w kwocie 319.886.46 zł jako różnicę wpłaconej przez spółkę kwoty 750.413 zł pomniejszonej o określoną w decyzji kwotę 263.291.54 zł zaległości głównej z sankcjami oraz oprocentowaniem za zwłokę wnoszącym 167.235 zł.
Ostatecznie zatem rozliczenie zaległości podatkowych w podatku VAT za 1994 rok wynikające z decyzji Urzędu Skarbowego w L. utrzymanej w mocy przez organ II instancji wyniosło 418.452.24 zł.
Wyrokiem z dnia 25 czerwca 2001 r. I SA/Wr 1805/97, Naczelny Sąd Administracyjny Ośrodek Zamiejscowy we Wrocławiu uchylił decyzję Izby Skarbowej w L. z dnia 25 sierpnia 1997 r. (...) oraz poprzedzającą ją decyzję Urzędu Skarbowego w L. (...) z dnia 7 maja 1997 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres Od stycznia do grudnia 1994 r.
Urząd Skarbowy w L. decyzją (...) z dnia 24 sierpnia 2001 r. wydaną na podstawie ww. wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego, umorzył postępowanie w sprawie określenia zobowiązania w podatku od towarów i usług za 1994 r.
Rozstrzygnięcie to spowodowało, że Strona skarżąca wystąpiła do Urzędu Skarbowego w L., pismem z dnia 4 września 2001 r. o zaliczenie nadpłaty w podatku VAT wynikłej z uchylonych decyzji organów podatkowych na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, powołując w tym zakresie art. 29 ust. 1 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./. zwaną dalej również ustawą o zobowiązaniach podatkowych.
Urząd Skarbowy w L. decyzją z dnia 27.09.2001 r. załatwił wniosek Strony odmownie.
Uzasadniając odmowę zaliczenia nadpłaty organ I instancji oparł się na treści art. 29 ust. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych, zgodnie z którym nadpłata nie podlega zwrotowi po upływie 3 lat od końca roku. w- którym powstała, co jego zdaniem oznacza jednoczesny upływ terminu do wystąpienia z roszczeniem o jej zwrot. Z wygaśnięciem prawa do zwrotu nadpłaty związane jest wygaśnięcie prawa do żądania zaliczenia jej - na podstawie art. 29 ust. 1 ww. ustawy na poczet bieżących lub przyszłych zobowiązań podatkowych, gdyż zarachowaniu na poczet zobowiązań może podlegać nadpłata, która zwrotowi podlega.