Wprowadzając ustawą z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 95 poz. 1101/, zmiany w ustawie z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych /Dz.U. nr 123 poz. 776 ze zm./, poprzez skreślenie art. 24 i wprowadzenie do art. 31 ust. 2 - punktu 4, ustawodawca pozbawił w 2000 r. podatników podatku dochodowego od osób fizycznych prawa do zwolnienia od tego podatku dochodu osiąganego z tytułu działalności gospodarczej w związku z zatrudnieniem osób niepełnosprawnych.
Zdzisław K. pismem z dnia 21 lutego 2000 r. zwrócił się o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych z tytułu nienależnie wpłaconej zaliczki za miesiąc styczeń 2000 r. Powołując się na przepis art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych wskazała strona, że dochód z tytułu prowadzenia zakładu pracy chronionej w spółce cywilnej "T.-R." zwolniony jest od podatku dochodowego, a wpłacona kwota tytułem zaliczki stanowi nadpłatę podlegającą zwrotowi.
Decyzją z dnia 21 marca 2000 r. (...) Urząd Skarbowy w S. na podstawie art. 207 i art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "a" ustawy - Ordynacja podatkowa odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za styczeń 2000 r. Cytując treść przepisu art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych wskazał organ I instancji, że art. 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 95 poz. 1101/ wprowadził zmiany w ustawie z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych /Dz.U. nr 123 poz. 776 ze zm./, do której odsyła powołany przepis art. 21 ust. 1 pkt 35, polegające na skreśleniu art. 24 określającego zasady i warunki zwolnienia od podatku dochodowego pracodawców zatrudniających osoby niepełnosprawne i dodał w art. 31 w ust. 2 pkt 4, z którego wprost wynika, że zwolnienie z opłacania podatków nie dotyczy podatków dochodowych. Zatem od 1 stycznia 2000 r. nie obowiązują przepisy określające zakres i zasady zwolnienia dochodów z działalności gospodarczej osób zatrudniających osoby niepełnosprawne, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, tym samym podatnik zobowiązany jest do składania deklaracji na zaliczkę miesięczną na podatek dochodowy i wpłacania zaliczek na ten podatek.
W odwołaniu od powyższej decyzji Zdzisław K. wniósł o jej uchylenie, zarzucając naruszenie art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Strona podniosła, że skoro przepis art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych nie uległ zmianie w 2000 r., to osoby fizyczne i jednostki organizacyjne nieposiadające osobowości prawnej, uzyskując dochód z działalności gospodarczej, zatrudniając osoby niepełnosprawne osiągają dochód, który jest wolny od podatku dochodowego od osób fizycznych. Zdaniem strony, uchylenie art. 24 i zmiana art. 31 ust. 2 pkt 3 ustawy o rehabilitacji, przy pozostawieniu przepisu art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych spowodowało, że od 1 stycznia 2000 r. zakres i zasady wynikające z art. 24 ustawy o rehabilitacji nie dotyczy podatników podatku dochodowego od osób fizycznych, czyli podatnicy ci uzyskując dochody z działalności gospodarczej, zatrudniając osoby niepełnosprawne osiągają dochód wolny od podatku dochodowego bez względu na liczbę zatrudnionych, a środki uzyskane z tytułu zwolnienia nie muszą być przekazywane ani na PFRON, ani na ZFRON. Zarzuciła strona ponadto naruszenie przepisu art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "c" Ordynacji podatkowej i art. 7 Konstytucji RP w związku z art. 120 i art. 122 Ordynacji.