Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Lidia Błystak (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia NSA Halina Betta, Sędzia WSA Maria Tkacz-Rutkowska, Protokolant Edyta Luniak, po rozpoznaniu w dniu 1 grudnia 2010 r. przy udziale sprawy ze skargi A SA w L. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej we W. z dnia [...] nr [...] w przedmiocie zaliczenia nadpłaty w zryczałtowanym podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. na poczet zaliczki na podatek dochodowy od osób prawnych za marzec 2010 r. oddala skargę.
Postanowieniem z dnia [...] Dyrektor Izby Skarbowej na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w zw. Z art. 239, art. 51 § 2, art. 76 § 1 i art. 76a § 1 Ordynacji podatkowej utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Dolnośląskiego Urzędu Skarbowego z dnia [...] Nr [...] w przedmiocie zaliczenia nadpłaty w zryczałtowanym podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w wys. 2.890.896,50 zł. z oprocentowaniem w wys. 986.825 zł. na poczet zaliczki na podatek dochodowy od osób prawnych za marzec 2010 r. na należność główną w kwocie 3.877.721,50 zł.
Wyrokiem z dnia 7 lipca 2008 r. sygn. ISA/Wr 337/08, prawomocnym z dniem 5 listopada 2009 r., który wpłynął do Izby Skarbowej w dniu 1 lutego 2010 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylił decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] Nr [...] i poprzedzającą ją decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia [...] Nr [...], orzekające o odpowiedzialności podatkowej płatnika z tytułu nie pobranego podatku dochodowego od wypłaconych w 2003 r. przychodów z tytułu świadczeń o charakterze niematerialnym osobom nie mającym na terenie RP siedziby lub zarządu i określające wysokość należności z tego tytułu.
W dniu 16 marca 2010 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej zakończył postępowanie wynikiem kontroli uzupełniającym do wyniku z dnia 29.06.2007 r. w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatków stanowiących dochód budżetu państwa lub państwowych funduszy celowych za 2003 r., uznając, że A S.A. nie miała obowiązku pobrania w 2003 r. podatku dochodowego od osób prawnych od wypłaconych przychodów z tytułu świadczeń o charakterze niematerialnym w kwocie 1.913.653,00 zł. W zryczałtowanym podatku dochodowym, od osób prawnych za 2003 r. powstała nadpłata w kwocie 2.890.896,50 zł. wynikająca z dokonanych w dniu 6 lipca 2007 r. wpłat zaliczonych na należność główną w kwocie 1.913.653 zł. oraz na odsetki za zwłokę w kwocie 977.243,50 zł.
W roku podatkowym 2010 strona wybrała uproszczoną formę wpłacania zaliczek na podatek dochodowy od osób prawnych w wys. 1/12 podatku należnego wykazanego w zeznaniu złożonym w roku poprzedzającym dany rok podatkowy (art. 25 ust. 6 i art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych), której wysokość za marzec 2010 r. wyniosła kwotę 48.382.631 zł.
W dniu 25 marca 2010 r. do organu I instancji wpłynęła deklaracja strony dla podatku VAT za luty 2010 r. z wykazanym zwrotem na rachunek bankowy podatnika kwoty 39.082.631 zł., której zaliczenie na poczet zaliczki na podatek dochodowy za marzec 2010 r. wnioskowano pismem strony z dnia 16.04.2010 r.. Ponadto na poczet zaliczki na podatek dochodowy za marzec 2010 r. strona wpłaciła w dniu 20.04.2010r. kwotę 9.298.756 zł.