Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Joanna Wojciechowska Sędziowie Sędzia WSA Nadzieja Karczmarczyk-Gawęcka (spr.), Sędzia WSA Kazimierz Maczewski Protokolant starszy sekretarz sądowy Edyta Wójtowicz po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 13 lutego 2019 r. sprawy ze skargi E. E. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia [...] września 2018 r. nr [...] w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych I. uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego w S. z dnia 12 lutego 2018 r. nr [...], II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej na rzecz strony skarżącej E. E. kwotę [...]) złote tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
[...] Spółka z o.o. została powołana na podstawie umowy z 19.06.2012 r. zawartej w formie aktu notarialnego (Rep. A Nr [...]). W dniu 27.11.2012 r. Spółka została wpisana została do Krajowego Rejestru Sądowego (KRS [...]) zaś w dniu 31.12.2013 r. nastąpiła zmiana siedziby i adresu spółki na S., ul. [...] oraz rejestracja dla potrzeb podatku od towarów i usług w [...] Urzędzie Skarbowym w S.. Natomiast w dniu 13.05.2016 r. w Krajowym Rejestrze Sądowym pod nr [...] nastąpiła rejestracja podmiotu: [...] [...] - Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa, który powstał z przekształcenia [...] [...] Spółki z o. o. Spółce przekształconej przysługiwały wszystkie prawa i obowiązki spółki przekształcanej (art. 553 § 1 Kodeksu spółek handlowych, t.j. Dz. U. z 2017 r. poz. 1577 z późn. zm.).
W dniach 07.10.2016 r. - 30.11.2016 r. w Spółce [...] [...] Spółka z o.o. Spółka komandytowa, przeprowadzono kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości i rzetelności rozliczenia się z tytułu podatku od czynności cywilnoprawnych od umów sporządzonych w formie aktów notarialnych, tj. umowy sprzedaży z dnia 31.12.2013 r. Rep. A Nr [...], umowy przeniesienia z dnia 31.12.2013 r., Rep. A Nr [...] (w wykonaniu warunkowej umowy sprzedaży z dnia 21.11.2013 r., Rep. A Nr [...]).
W wyniku ustaleń poczynionych w trakcie kontroli podatkowej, zakończonej wydaniem Spółce protokołu, Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w S. uznał, że [...] [...] Sp. z o.o. Spółka komandytowa na podstawie ww. umów, nabyła zespół składników stanowiących zorganizowaną część przedsiębiorstwa. Ponadto, te - umowy sprzedaży - nie zostały opodatkowane podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Powyższa kontrola była następstwem ustaleń dokonanych w trakcie kontroli przeprowadzonej wobec [...] [...] Spółka z o.o. (obecnie [...] [...] Spółka z o.o. Spółka komandytowa) w zakresie podatku od towarów i usług za styczeń 2014 r. wskutek której organ podatkowy I instancji, zakwestionował zasadność zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym z tytułu podatku od towarów i usług, wykazanej w deklaracjach VAT -7 za styczeń 2014 r., w oparciu o faktury VAT - nr [...] z dnia 03.01.2014 r., z datą sprzedaży i dostawy 31.12.2013 r., terminem zapłaty 30.01.2014 r., tytułem zbycia prawa użytkowania wieczystego działek zgodnie z aktem notarialnym Rep. A Nr [...] o wartości netto [...] zł i kwotą podatku od towarów i usług [...] zł oraz nr [...] z dnia 03.01.2014 r., z datą sprzedaży i dostawy 31.12.2013 r., terminem zapłaty 30.01.2014 r., tytułem zbycia prawa użytkowania wieczystego działek oraz prawa własności budynku wraz z budowlami położonymi na gruncie zgodnie z aktem notarialnym Rep. A Nr [...] o wartości netto [...] zł i kwotą podatku od towarów i usług [...] zł (stawka 23%), gdyż uznał, że podatnik nabył zorganizowaną część przedsiębiorstwa, wyłączoną z opodatkowania na podstawie art. 6 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2018 r., poz.2174 zw. dalej: "u.p.t.u.").