Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Alicja Polańska, Sędziowie Sędzia WSA Nadzieja Karczmarczyk-Gawęcka (spr.) Sędzia WSA Marzena Kowalewska, Protokolant Lidia Maląg, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 17 kwietnia 2013 r. sprawy ze skargi "A." Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia 22 października 2012 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2008 r. oraz odmowy stwierdzenia nadpłaty w tym podatku i odmowy stwierdzenia nadpłaty odsetek oddala skargę
Decyzją z dnia [...] r., znak:[...] , Dyrektor Izby Skarbowej w S. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Z. Urzędu Skarbowego w S. z [...] r., znak: [...] , określającą A. Sp. z o.o. z siedzibą w S., zwaną dalej: "Spółką", wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2008 r. w kwocie [...] zł, odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w tym podatku w kwocie [...] zł oraz odmawiającą stwierdzenia nadpłaty odsetek za zwłokę w tym podatku w kwocie [...] zł.
Z uzasadnienia decyzji wynika następujący stan faktyczny sprawy:
2 kwietnia 2009 r. Spółka złożyła zeznanie podatkowe CIT-8 za 2008 r., wykazując podatek w kwocie [...] zł, a następnie kilkakrotnie składała jego korektę. W związku z powyższym, w dniach od 30 marca do 11 kwietnia 2011 r., organ pierwszej instancji przeprowadził w Spółce kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości naliczania i deklarowania należności podatkowych z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2008 r.
Po zakończeniu kontroli, w dniu 17 maja 2011 r., Spółka złożyła korektę zeznania podatkowego za 2008 r. wykazując tym razem podatek do zapłaty w kwocie [...] zł. Do korekty dołączono wniosek o stwierdzenie nadpłaty w kwocie [...] zł i o jej zwrot oraz o stwierdzenie nadpłaty odsetek za zwłokę w kwocie [....] zł i o ich zwrot. W jego uzasadnieniu Spółka wskazała, że rozliczenie zobowiązania podatkowego nastąpiło po uwzględnieniu zwolnienia przedmiotowego, przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. nr 54, poz. 654 ze zm.) dalej w skrócie u.p.d.o.p., a mianowicie dochodów z tytułu sprzedaży części nieruchomości wchodzącej w skład gospodarstwa rolnego, tj. działek o nr: [....] z obrębu [...] N. O.[...] .
Po przeprowadzonej kontroli, organ podatkowy pierwszej instancji stanął na stanowisku, że dochód ze sprzedaży działek od nr [...] do nr [...] oraz części działki [...] na kwotę [...] zł, nie korzysta ze zwolnienia, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 1 u.p.d.o.p.
Powyższe skutkowało wydaniem przez organ pierwszej instancji decyzji z dnia 1 grudnia 2001 r. określającej Spółce wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2008 r. w kwocie [...] zł, odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w tym podatku w kwocie [...] zł oraz odmawiającej stwierdzenia nadpłaty odsetek za zwłokę w tym podatku w kwocie [...] zł.
Uzasadniając swoje stanowisko organ wskazał, że Spółka prowadzi działalność gospodarczą w zakresie: budownictwa mieszkaniowego i obiektów użytkowych, działalności developerskiej, obrotu nieruchomościami, zarządzania i eksploatacji nieruchomościami, w tym najmu i dzierżawy, doradztwa i pośrednictwa w sprawach gospodarczych, prowadzenia gospodarstw rolnych i ogrodniczych. Majątek Spółki stanowiła, między innymi, własność nieruchomości (zabudowanej) "S." - działka nr [...] obręb [...] , położona przy ul. Ł. w S. o powierzchni [.....] i [...] m2. W 2001 r. działkę tą podzielono na działkę nr [..] o powierzchni [...] oraz działkę nr [...] o powierzchni [...] . Z kolei, decyzją z dnia 18 listopada 2004 r. Prezydent Miasta S. zatwierdził projekt podziału działki nr [...] ), na mniejsze działki [...] nr od [....] do [...] , co do których powstał spór pomiędzy organem, a Spółką o kwalifikację dochodu z ich sprzedaży (dz. nr [...] - [...] ).