Jeżeli chodzi o możliwość przewidzianą w art. 9 Dyrektywy 2008/7/WE, tj. kwestię nieuznawania podmiotów, o których mowa w art. 2 ust. 2, za spółki kapitałowe, w rozumieniu powołanego aktu, to Polska skorzystała z tej możliwości, wprowadzając do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych definicję spółki osobowej. Tym samym spółka komandytowa nie może zostać uznana za spółkę kapitałową, w rozumieniu Dyrektywy 2008/7/WE.
W kwestii podnoszonej przez skarżącą niezgodności przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych z art. 7 ust. 1 Dyrektywy 2008/7/WE organ stwierdził, że prawo polskie nie narusza w żaden sposób wskazanej Dyrektywy, ponieważ od dnia wejścia w życie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, a także wcześniej, nieprzerwanie od 1 lipca 1984 r., nie odstąpiono od opodatkowania umów spółki komandytowej.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej, po rozpatrzeniu odwołania skarżącej, decyzją z dnia [...] kwietnia 2017 r., uchylił zaskarżone rozstrzygnięcie organu I instancji i odmówił stwierdzenia skarżącej nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oraz zwrotu nadpłaconego podatku od czynności cywilnoprawnych w żądanej wysokości, wraz z odsetkami. Co do zasady jednak, organ odwoławczy podzielił stanowisko Naczelnika Urzędu Skarbowego w kwestii niezasadności wniosku skarżącej, a powodem uchylenia zaskarżonej decyzji było jedynie nieprecyzyjne sformułowanie jej sentencji, które nie zawierało rozstrzygnięcia w przedmiocie żądania zwrotu odsetek. W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej mogło to rodzić wątpliwości, wobec czego na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2017 r. poz. 201, ze zm., zwanej dalej Ordynacją podatkową) uchylono zaskarżoną decyzję i rozstrzygnięto całościowo o żądaniu strony.
Według organu II instancji podstawowe znaczenie na gruncie niniejszej sprawy ma kwestia związana z tym czy spółka komandytową jest spółką kapitałową w rozumieniu Dyrektywy 2008/7/WE. Mając na uwadze fakt, że z dniem 1 maja 2004 r. weszła w życie ustawa z dnia 19 grudnia 2003 r. o zmianie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 6, poz. 42, zwana dalej ustawa nowelizującą), mocą której dodano do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych art. 1 a, zawierający między innymi legalną definicję tego co należy rozumieć pod pojęciem spółki osobowej i kapitałowej, a także zmieniono brzmienie art. 1 pkt 3 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, poprzez doprecyzowanie co należy rozumieć poprzez zmianę umowy spółki, zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, Polska skorzystała z możliwości przewidzianej w art. 3 ust. 2 Dyrektywy 69/335 (obecnie art. 9 1 Dyrektywy 2008/7/WE), wskazując, że dla potrzeb naliczania podatku od czynności cywilnoprawnych spółka komandytowa nie będzie traktowana jako spółka kapitałowa. Oznacza to, że kwestia opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych umów spółek kapitałowych oraz ich zmiany winna być rozstrzygana wyłącznie na podstawie uregulowań krajowych. Tak więc, wbrew opinii skarżącej, zasada stand still nie ma zastosowania do spółki komandytowej.