1. Na gruncie ustawy z dnia 2 lipca 2004r. o swobodzie działalności gospodarczej (tj. Dz. U. z 2007r nr 155, poz. 1095) odróżnić jednak należy kontrolę podatkową od postępowania podatkowego , na co słusznie zwróciły uwagę organy celne . Analiza unormowań rozdziału 5. ustawy o swobodzie działalności gospodarczej pozwala bowiem na stwierdzenie ,że dotyczą one kontroli w ścisłym rozumieniu tego pojęcia , więc tych czynności organów kontroli , które przeprowadzane są u przedsiębiorcy , w jego siedzibie , mając przez to wpływ na bieżące funkcjonowanie przedsiębiorstwa . Tak rozumiana kontrola to czynności organu kontrolującego w siedzibie przedsiębiorstwa , polegające na bezpośrednim poznaniu działalności przedsiębiorcy , związane m.in. z zapoznaniem się z dokumentacją i zabezpieczeniem dokumentów , akt oraz innych środków dowodowych znajdujących się u kontrolowanego na cele dalszego postępowania. W odniesieniu do kontroli podatkowej takie jej rozumienie znajduje nadto potwierdzenie w wykładni językowej art. 281§1 Ord.pod. , który mówi o przeprowadzaniu kontroli podatkowej " u podatnika" oraz w art. 285 a § 1 Ord. pod., który wprost stwierdza ,że "czynności kontrolne prowadzone są w siedzibie kontrolowanego , w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością i w godzinach jej prowadzenia(…)".
2. Przyjęcie stanowiska skarżącej spółki , iż przepisy ustawy o swobodzie działalności gospodarczej mają pierwszeństwo (art. 77 ust. 2), a kontrola w jej rozumieniu obejmuje także postępowanie podatkowe w rozumieniu Ordynacji podatkowej , prowadziłoby nadto do uniemożliwienia organom podatkowym wykonywania ich funkcji w zakresie dotyczącym rozstrzygania decyzją spraw podatkowych. Kierując się ograniczeniami czasowymi wprowadzonymi tą ustawą należałoby bowiem dojść do absurdalnego wniosku, że postępowanie podatkowe nie może trwać dłużej niż limity określone w art. 83 ust.1 u.s.d.g. , a więc od 12 do 48 dni w zależności od wielkości przedsiębiorcy a przepisy ordynacji podatkowej , regulujące m.in. termin trwania postępowania podatkowego ( art. 139 Ord.pod.), w tym postępowanie dowodowe i odwoławcze, w praktyce nie znajdowałyby zastosowania. W istocie rzeczy niemożliwe byłoby więc przeprowadzenie zgodnego z ordynacją podatkową postępowania podatkowego , kończącego się decyzją podatkową.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Andrzej Błesiński (spr.), Sędziowie sędzia WSA Ryszard Maliszewski,, sędzia WSA Tadeusz Piskozub, Protokolant Marika Brzozowiec, po rozpoznaniu w Olsztynie na rozprawie w dniu 26 listopada 2009r. sprawy ze skargi Spółki A. . na postanowienie Dyrektora Izby Celnej z dnia "[...]"nr "[...]" w przedmiocie wszczęcia kontroli podatkowej oddala skargę.
Zgodnie z art. 282 a Ordynacji podatkowej Naczelnik Urzędu Celnego zawiadomił Spółkę A (dalej cyt. jako spółka) o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej (zawiadomienie zostało odebrane przez spółkę w dniu 19 czerwca 2009r.).
Na podstawie upoważnienia Naczelnika Urzędu Celnego z dnia "[...]" w dniu 29 czerwca 2009r. wszczęto kontrolę podatkową w spółce w zakresie wywiązywania się z obowiązku podatkowego w podatku akcyzowym w 2005 roku.
W dniu "[...]" spółka, na podstawie art. 84c ust. 1 ustawy z dnia 2 lipca 2004r. o swobodzie działalności gospodarczej ( t.j. D.U. nr 155 z 2007r., poz. 1095 ,dalej cyt. jako u.s.d.g.) , złożyła do Naczelnika Urzędu Celnego sprzeciw wobec podjęcia i wykonywania przez ten organ kontroli podatkowej. Zdaniem spółki doszło do naruszenia art. 83 ust. 1 pkt 1 u.s.d.g. z uwagi na przekroczenie określonego ustawowo limitu czasu trwania kontroli tj. 12 dni roboczych w roku kalendarzowym. W jej ocenie do czasu trwania kontroli wliczyć należało również okres prowadzenia w roku 2009 postępowania podatkowego, wszczętego w dniu 12 marca 2008r. z uwagi na fakt, że użyte w art. 83 ust 1 u.s.d.g. określenie "wszystkich kontroli organu" należy rozumieć jako łączny czas podejmowanych w stosunku do przedsiębiorcy: kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, czynności sprawdzających , a nie tylko kontrolę podatkową podatnika.
Dodatkowo podniesiono, że w sytuacji ,gdy nie zostało zakończone prowadzone już kilkanaście miesięcy postępowanie podatkowe, Naczelnik, wszczynając kontrolę podatkową obejmującą inny okres ,naruszył art. 82 ust. 1 u.s.d.g. w skutek równoczesnego prowadzenia dwóch kontroli.
Postanowieniem z dnia "[...]" Naczelnik Urzędu Celnego postanowieniem nr "[...]" nie uwzględnił wniesionego sprzeciwu i orzekł o kontynuowaniu czynności kontrolnych.
Ustosunkowując się do wniesionych zarzutów wskazał, że spółka błędnie interpretuje pojęcie "wszystkich kontroli podatnika (kontrola podatkowa, postępowanie podatkowe, czynności sprawdzające)". W art. 83 ust. 1 u.s.d.g. mowa jest o czasie trwania wszystkich kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy, a nie tylko podatnika. Rozdział V u.s.d.g. "Kontrola działalności gospodarczej przedsiębiorcy" reguluje zasady prowadzenia kontroli wszelkich rodzajów działalności gospodarczej zarejestrowanego przedsiębiorcy, a więc nie tylko podatkowych, ale także innych rodzajów kontroli przez upoważnione do tego organy państwowe i samorządowe. Naczelnik Urzędu Celnego należy do upoważnionych organów, będąc organem podatkowym w zakresie podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów oraz podatku akcyzowego. Czas trwania kontroli określony w art. 83 ust 1 u.s.d.g. dotyczy wyłącznie czynności kontroli. Pojęcie kontroli należy (pomimo braku w ustawie definicji legalnej) interpretować w sposób ścisły, zgodnie z jego literalnym brzmieniem nie obejmującym więc kontroli podatkowej, czynności sprawdzających i postępowania podatkowego.