Podatnik może każdą usługę związaną bezpośrednio z eksportem towarów polegającą na ich pakowaniu, przewozie do miejsc formowania przesyłek zbiorowych, składowaniu, przeładunku, ważeniu, kontrolowaniu, a także nadzorowaniu bezpieczeństwa przewozu, fakturować oddzielnie. Dla prawidłowego stosowania zerowej stawki VAT istotne znacznie ma nie ilość faktur lecz ich odniesienie do treści zawartych umów z kontrahentami zagranicznymi wraz z uwzględnieniem aneksów do tych umów.
Podatnik dokonywał eksportu jabłek i świadczył usługi związane z przygotowaniem ich do eksportu, polegające na pakowaniu owoców w kartony, przewozie ich do miejsca załadunku, ważeniu, odbiorze ilościowym i jakościowym, załadunku na samochód.
Do świadczonych czynności, tj. zarówno do eksportu towarów, jak i eksportu usług związanych z eksportowanym towarem, stosował stawkę podatku VAT w wysokości "0" procent.
Organy podatkowe stwierdziły jednak, że wartość świadczonych przez podatnika usług związanych z przygotowaniem jabłek do eksportu nie była uwzględniona w cenie eksportowanego towaru tzn. eksportowanych jabłek i zarzuciły naruszenie przepisów o podatku od towarów i usług w zakresie stosowania stawki VAT "0" procent dla usług świadczonych w kraju mających związek z eksportem towarów, tj. art. 39 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT oraz w par. 54 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /aktualnie par. 52 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym - Dz.U. nr 27 poz. 268 ze zm./.
W odwołaniu od decyzji organu I instancji, wydanej przez Inspektora Kontroli Skarbowej, podatnik stwierdził, że miał prawo do stosowania preferencyjnej stawki podatku VAT w wysokości "0" procent do świadczonych przez siebie usług jako związanych z eksportem towarów.
Izba Skarbowa rozpatrując odwołanie stwierdziła, iż normy prawne regulujące stosowanie preferencyjnej stawki podatku VAT w tym zakresie ustawodawca zawarł w art. 39 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ oraz w par. 54 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 109 poz. 1245 ze zm./.
Powołane przepisy określają, że preferencyjna stawka podatku VAT "0" procent ma zastosowanie do usług świadczonych w kraju, jeżeli są one bezpośrednio związane z eksportem towarów, a z zawartych umów wynika, że wartość tych usług została uwzględniona w cenie eksportowanego towaru. Takie sformułowanie przepisu bezsprzecznie świadczy o tym, że obydwie wymagane do zastosowania stawki "0" procent podatku VAT przesłanki, tj. powiązanie czynności z eksportem towaru i uwzględnienie ich wartości w cenie eksportowanego towaru muszą być bezwzględnie spełnione łącznie. Niewątpliwie w przedmiotowej sprawie został wypełniony tylko jeden, tj. pierwszy z wymaganych warunków, czyli powiązanie świadczonej usługi z eksportowanym towarem /tzn. jabłkami/. Zdaniem Izby Skarbowej podatnik nie wypełnił natomiast drugiego z wymaganych warunków czyli nie uwzględnił wartości wykonanej usługi w cenie eksportowanego towaru. Niezaprzeczalnym bowiem faktem jest, że podatnik sporządzał dwie faktury eksportowe z wykazaną "0" procent stawką podatku VAT. Jedną fakturę na sprzedaż jabłek, która stanowiła podstawowy dokument do wypełnienia rubryki 44 w dokumentach SAD, oraz drugą fakturę nie znajdującą odzwierciedlenia w dokumentach celnych na usługę przygotowania jabłek do eksportu, tj. pakowania w kartony, przewóz do miejsca załadunku, ważenie, odbiór ilościowy i jakościowy oraz załadunek na samochód. Należy zwrócić uwagę, że takie udokumentowanie przez podatnika sprzedaży wykonanych usług nie świadczy o uwzględnieniu ich wartości w cenie eksportowanego towaru. Bezwzględnie natomiast potwierdza fakt nieuwzględnienia wartości świadczonej usługi w cenie eksportowanego towaru i odrębnego rozliczania za te czynności.