Opłata manipulacyjna dodatkowa, pobrana na podstawie art. 276 par. 2 ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. - Kodeks celny /Dz.U. nr 23 poz. 117 ze zm./, nie jest należnością celną przywozową w rozumieniu art. 3 par. 1 pkt 8 tej ustawy, a w związku z tym nie stanowi długu celnego w przywozie, określonego w jej art. 3 par. 1 pkt 2, i nie ma do niej zastosowania art. 244 pkt 5 cytowanej ustawy.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 24 maja 2002 r. sprawy ze skargi "BIT" w G. na decyzję Prezesa Głównego Urzędu Ceł z dnia 30 lipca 2001 r. (...) w przedmiocie opłaty manipulacyjnej dodatkowej - skargę oddala.
Zaskarżoną decyzją na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, art. 39, art. 276 par. 2 ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. - Kodeks celny /Dz.U. nr 23 poz. 117 ze zm./, Prezes Głównego Urzędu Ceł utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Celnego w B.-P. (...) z dnia 19 listopada 2000 r.
W uzasadnieniu swojej decyzji Prezes Głównego Urzędu Ceł podał, iż 8 lipca 2000 r. w Urzędzie Celnym w B.-P. wprowadzony został na polski obszar celny towar - 106 beczek smoły /lepik bitumiczny/. Towar przewożony był na podstawie karnetu TIR (...).
Posiadaczem karnetu była firma przewozowa "BIT". W wyniku przeprowadzonej rewizji środka przewozowego - ciągnika siodłowego marki Volvo F-10 oraz naczepy (...) funkcjonariusze celni Urzędu Celnego w B.-P. stwierdzili towar nieprzedstawiony organowi celnemu - 83.070 paczek papierosów marki "Regał", ukrytych w metalowych pojemnikach zatopionych w beczkach ze smołą.
W związku ze stwierdzonymi rozbieżnościami pomiędzy towarem przedstawionym organowi celnemu a ujawnionym w wyniku rewizji celnej Dyrektor Urzędu Celnego w B.-P. wszczął postępowanie w sprawie, a następnie decyzją (...) z dnia 19 listopada 2000 r. wymierzył opłatę manipulacyjną dodatkową w wysokości wartości różnicy pomiędzy towarem przedstawionym a ujawnionym w wyniku rewizji celnej.
Strona odwołała się od ww. decyzji zarzucając organowi celnemu naruszenie art. 40 Konwencji TIR oraz art. 244 Kodeksu celnego.
Rozpoznając odwołanie organ drugiej instancji podniósł między innymi, że istotą procedury TIR jako procedury tranzytu jest przewóz towarów nie podlegający w tym czasie należnościom celnym z wyjściowego urzędu celnego do docelowego urzędu celnego zgodnie z warunkami tej procedury.
Jednakże Konwencja TIR stanowi w art. 36, iż każde naruszenie postanowień konwencji narazi naruszającego w państwie, w którym naruszenie zostało dokonane, na sankcje przewidziane przez ustawodawstwo tego państwa. Oznacza to, że przewoźnicy korzystający przy przewozie przez polski obszar celny z procedury TIR, narażeni są na odpowiedzialność przewidzianą w ustawie Kodeks celny, w wypadku stwierdzenia nieprawidłowości w operacji TIR.
Ustawa Kodeks celny wprowadza odpowiedzialność w sytuacji ujawnienia w wyniku rewizji celnej towaru nie ujętego w dokumentach celnych - art. 276 par. 2 Kodeksu celnego. Powołany artykuł stanowi podstawę odpowiedzialności w wypadku zaistnienia sytuacji w nim opisanym. Określa przy tym w sposób wyczerpujący przesłanki, od zaistnienia których uzależniony jest wymiar opłaty manipulacyjnej dodatkowej, jej wysokość, jak również wskazuje podmioty zobowiązane do jej uiszczenia, posługując się tu odesłaniem do art. 39 Kodeksu celnego. Zgodnie z art. 276 par. 2 Kodeksu celnego opłatę manipulacyjną dodatkową pobiera się w sytuacji:
1/ gdy funkcjonariusz celny stwierdził rozbieżności pomiędzy danymi wynikającymi z dokumentów odnoszących się do towaru a stanem faktycznym,