Okoliczność, że po wydaniu zaskarżonej do Naczelnego Sądu Administracyjnego decyzji z art. 138 par. 2 Kpa /od 1 stycznia 1998 r. - decyzji z art. 233 par. 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa- Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ organ administracyjny I instancji wydał merytoryczną decyzję podatkową, co do której toczy się ponowne postępowanie odwoławcze, nie może wpływać na prawo strony do Sądu w zakresie oceny wyżej wymienionej decyzji odwoławczej ani też na rozstrzygnięcie postępowania przed sądem administracyjnym.
Po rozpoznaniu sprawy ze skargi "S.-F." Spółki akcyjnej z siedzibą w L. na decyzję Izby Skarbowej w P.-T. z dnia 28 maja 1997 r. (...) w przedmiocie uchylenia do ponownego rozpatrzenia decyzji Urzędu Skarbowego z dnia 30 grudnia 1995 r. i z dnia 23 kwietnia 1996 r. w sprawie wymiaru podatku dochodowego od osób prawnych za 1994 r. - uchyla zaskarżoną decyzję, (...).
Decyzją z dnia 30 grudnia 1995 r. (...) Urząd Skarbowy w T. M. określił zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 1994 r. w stosunku do "S.-F." sp. z o.o.
Od decyzji tej strona zobowiązana złożyła obszerne, szczegółowo umotywowane odwołanie do Izby Skarbowej w P.-T. Postanowieniem z dnia 29 marca 1996 r. wyżej wymieniony podatkowy organ odwoławczy powołując się na art. 174 Kpa zwrócił sprawę Urzędowi Skarbowemu w celu: dokonania wymiaru uzupełniającego podatku za 1994 r. oraz zmiany w tym zakresie dotychczasowej decyzji, ponieważ zobowiązanie podatkowe, zdaniem Izby Skarbowej, zostało ustalone w kwocie niższej niż to wynika z obowiązujących przepisów. Pismem z dnia 3 kwietnia 1996 r. pełnomocnik firmy "Star Foods" uzupełnił swoje odwołanie załączając ekspertyzę naukową z zakresu rachunkowości dotyczącą niektórych spornych w sprawie elementów podatkowego stanu faktycznego roku podatkowego 1994. W dniu 23 kwietnia 1996 r. Urząd Skarbowy w T. M. wydał decyzję (...) w przedmiocie wymiaru uzupełniającego podatku dochodowego od osób prawnych za 1994 r. Również i od tej decyzji pełnomocnik podatnika złożył /w dniu 7 maja 1996 r./ odwołanie zawierające szereg argumentów faktycznych i prawnych. Odwołaniu temu towarzyszyło uzupełnienie /objaśnienie/ ekspertyzy naukowej, o której mowa była powyżej.
W dniu 28 maja 1997 r. /a więc w rok po wniesieniu drugiego z sygnalizowanych odwołań/ Izba Skarbowa w P.-T. na podstawie art. 138 par. 2 Kpa uchyliła obie kwestionowane decyzje odnośnie podatku dochodowego od osób prawnych za 1994 r. i przekazała sprawę do ponownego rozpatrzenia przez organ podatkowy pierwszej instancji. Uzasadnienie tej decyzji /pominąwszy różnego rodzaju pouczenia dla strony i jej pełnomocnika/ sprowadza się w istocie do jednego zdania, w którym Izba Skarbowa stwierdza, że rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego, mającego na celu ustalenie prawidłowej podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych za 1994 r.
Od tej decyzji strona /po przekształceniu w trybie art. 497 par. 1 Kh w zw. z art. 491 Kh/ wniosła skargę do NSA zarzucając naruszenie art. 138 par. 2 Kpa, 107 par. 3 Kpa w zw. z art. 140 Kpa - poprzez zaniechanie ustosunkowania się w zaskarżonym akcie administracyjnym do istoty sprawy jak i do odwołań oraz zawartych w nich argumentów i poglądów prawnych. Pierwotnie strona skarżąca dochodziła stwierdzenia niezgodności poddanej pod osąd decyzji z prawem, w toku dalszego postępowania zmodyfikowała wniosek skargi wnosząc o uchylenie zaskarżonej decyzji jako naruszającej w sposób istotny normy proceduralne.
W odpowiedzi na skargę Izba Skarbowa wniosła o jej oddalenie podnosząc, że zaskarżona decyzja "zawiera prawidłowe uzasadnienie i faktyczne i prawne" a ponadto z zastosowanego art. 138 par. 2 Kpa nie wynika obowiązek: ustosunkowywania się do zarzutów odwołania jak i wskazywania organów pierwszej instancji w jakim kierunku ma przebiegać ponownie prowadzone przez ten organ postępowanie wyjaśniające.