Uchylenie decyzji wymiarowych w podatku od towarów i usług, na podstawie których wydano decyzje o rozłożeniu na raty zaległości podatkowej, ma wpływ na byt prawny zobowiązania podatkowego. Decyzje o rozłożeniu na raty zaległości, zgodnie z art. 49 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ mają bezpośredni wpływ na termin zapłaty, który zgodnie z treścią zarówno art. 51 Ordynacji podatkowej jak również art. 70 tej ustawy decyduje o statusie prawnym zobowiązania podatkowego. Decyzja o rozłożeniu na raty zaległości podatkowej jest zatem konsekwencją wy dania decyzji wymiarowej, w której organ podatkowy określił zobowiązanie podatkowe w innej wysokości, niż obliczył to podatnik. Na gruncie Ordynacji podatkowej należy uznać, że decyzja o rozłożeniu na raty zaległości podatkowej jest ściśle powiązana z decyzją wymiarową, w której tę zaległość wskazano i ma wpływ na treść zobowiązania podatkowego.
Uchylenie decyzji wymiarowej oznacza, że termin płatności raty zaległości podatkowej wskazany w decyzji o rozłożeniu na raty zaległości podatkowej nie jest istotny dla danego zobowiązania podatkowego, a zatem nie może stać się podstawą do obliczenia okresu, w którym rozpoczęty bieg przedawnienia był zawieszony. Przeciwna interpretacja art. 70 par. 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej mogłaby prowadzić ad absurdum do uznania tezy, że nawet uchylenie decyzji o rozłożeniu zaległości na raty, nie powodowałoby zniweczenia skutków tej decyzji dla zawieszenia biegu przedawnienia, co oznaczałoby możliwość modyfikowania biegu przedawnienia przez względy wynikające tylko z okoliczności proceduralnych związanych z danym zobowiązaniem podatkowym.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Jerzego I., J. J. I. oraz W. J. I. na decyzję Izby Skarbowej w Ł. z dnia 22 grudnia 2000 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za wrzesień 1993 r. - uchyla zaskarżoną decyzję, (...).
W toku postępowania kontrolnego przeprowadzonego przez Urząd Skarbowy w Z. oraz Urząd Skarbowy Ł.-W. w spółce cywilnej "J. J. I.", organy podatkowe uznały, że spółka nieprawidłowo rozliczała podatek od towarów i usług za wrzesień 1993 r. Zdaniem organów podatkowych nieprawidłowości te polegały na zawyżeniu kwoty podatku naliczonego w związku z odliczeniem podatku na podstawie rachunku uproszczonego oraz zaniżeniu kwoty podatku należnego poprzez nienaliczenie podatku od usług gwarancyjnych. Ponadto Spółka zaniżyła kwotę zobowiązania podatkowe w wyniku nieopodatkowania sprzedaży samochodów i części samochodowych, od której naliczała podatek obrotowy na podstawie przepisu art. 53 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50/ - w brzmieniu obowiązującym w 1993 r. - nie spełniając, zdaniem organów podatkowych warunków określonych tym przepisem.
W związku z powyższym organ podatkowy pierwszej instancji uznał, że spółka naruszyła przepisy zawarte w art. 25 ust. 1 pkt 3 oraz w art. 2 ust. 1 i 3 pkt 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług i decyzją z dnia 10.12.1999 r. określił za wrzesień 1993 r. zobowiązanie podatkowe oraz zaległość podatkową.
Od powyższej decyzji spółka wniosła odwołanie. Spółka nie podważała ustaleń Urzędu Skarbowego, dotyczących zaniżenia zobowiązania podatkowego, podniosła natomiast zarzut wydania decyzji z rażącym naruszeniem przepisu Ordynacji podatkowej. Zdaniem Strony zobowiązanie podatkowe za wrzesień 1993 uległo przedawnieniu, a zatem wniesiono o uchylenie zaskarżonej decyzji i mocy art. 247 par. 1 pkt 2 i 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. -Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
W wyniku rozpatrzenia wniesionych odwołań. Izba Skarbowa wydała w dniu 22.12.2000 r. decyzję (...), którą utrzymała w mocy decyzję organu pierwszej instancji. W uzasadnieniu decyzji stwierdzono, że w sprawie nie doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego, gdyż spółka korzystała z ulgi podatkowej w postaci rozłożenia na raty zaległości podatkowych. Zgodnie z przepisem art. 70 par. 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej, bieg terminu przedawnienia nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu od dnia wydania decyzji, o których mowa w art. 48 par. 1 pkt 1 i 2, do dnia terminu płatności odroczonego podatku, ostatniej raty podatku lub ostatniej raty zaległości podatkowej.
Zdaniem Izby, w rozpatrywanej sprawie faktem bezspornym jest wydanie decyzji w sprawie rozłożenia na raty zobowiązania w podatku od towarów i usług za 1993 r. Z akt sprawy wynika, iż w dniu 25.10.1995 r. Urząd Skarbowy w Z. wydał decyzję w sprawie rozłożenia na raty zaległości podatkowych w podatku od towarów i usług za 1993 r. w kwocie 113.157,10 zł, którą ustalono trzy miesięczne raty, płatne w terminach od 31.10.1995 r. do 20.12.1995 r. Następnie wydano decyzję z dnia 9.04.1996 r. w sprawie rozłożenia na raty zaległości w podatku od towarów i usług za 1993 r. i 1994 r. w kwocie 103.752 zł udzielając Spółce dziewięciu miesięcznych rat, płatnych w terminach od 30.04.1996 r. do 30.12.1996 r. Następnie zaś w związku z wnioskiem Strony z dnia 5.09.1996 r. organ podatkowy pierwszej instancji decyzją z dnia 1.10.1996 r. (...) zmienił decyzję z dnia 9.04.1996 r. anulując terminy rat wyznaczone na 30.09.1996 r., 30.10.1996 r., 29.11.1996 r. oraz 30.12.1996 oraz wyznaczając miesięczne raty płatne w okresie od 30.09.1996 r. do 30.04.1997.