Jeżeli sprawujący wymiar sprawiedliwości przez sądową kontrolę wykonywania administracji publicznej sąd administracyjny stwierdzi niekonstytucyjność przepisu ustawy podatkowej na podstawie której wydana została wymierzająca podatek decyzja administracyjna i ta okoliczność prawna potwierdzona zostanie wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego: ogłoszonym po wydaniu decyzji i przed wyrokowaniem przez Sąd, na podstawie art. 22 ust. 3 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ Sąd zobowiązany jest do stwierdzenia /z tego powodu/ nieważności zaskarżonej decyzji podatkowej.
W dniach od 23.01. do 06.04.1998 r. Urząd Kontroli Skarbowej przeprowadził w odniesieniu do działalności gospodarczej p. J. M. kontrolę w zakresie prawidłowości rozliczenia podatku od towarów i usług oraz podatku dochodowego za 1996 r. W trakcie kontroli stwierdzono zaniżenie obrotu ze sprzedaży detalicznej w sklepach oraz zawyżenie podatku naliczonego w miesiącu maju 1996 r. z powodu niezaewidencjonowania w podatkowej księdze przychodów i rozchodów oraz w ewidencji zakupu VAT czterech faktur korygujących dokumentujących zwrot towarów, w związku z czym nie zostały zmniejszone koszty zakupów i podatek naliczony. Ponadto stwierdzono na podstawie analizy marż stosowanych przez skarżącego przy sprzedaży towarów w sklepach i hurtowni, określone w decyzjach, zaniżenie obrotu w hurtowni w kontrolowanym okresie.
Z powyższych ustaleń, zdaniem organów podatkowych, wynika więc, że skarżący naruszył przepisy podatkowe obowiązujące w 1996 r. zarówno w podatku dochodowym od osób fizycznych jak i w podatku od towarów i usług, co znalazło swoje odzwierciedlenie w wyniku kontroli z dnia 1.04.1998 r.
Z ustaleń zawartych w wyniku kontroli wynika, że skarżący nie wykazał w księdze pełnego obrotu ze sprzedaży, co stanowiło naruszenie przepisów par. 10 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 14 grudnia 1995 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów /Dz.U. nr 148 poz. 720 ze zm./ oraz art. 193 par. 2 i 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ i tworzyło podstawę do pominięcia księgi jako dowodu w postępowaniu podatkowym i określenia nie zaewidencjonowanego przychodu dla potrzeb podatku dochodowego od osób fizycznych. W związku z powyższym Inspektor Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej wydał decyzję z dnia 4 maja 1998 r. w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1996 r., zaległości podatkowej w ww. okresie i odsetek za zwłokę przypadających od tej zaległości. Postępowanie w zakresie podatku dochodowego dowiodło, że skarżący zaniżył przychód z tytułu prowadzonej działalności gospodarczej za 1996 r. i tym samym zaniżył sprzedaż za tenże okres dla celów podatku od towarów i usług.
Przedmiotowe zaniżenie obrotu w hurtowni i sklepach oraz nierozliczenie podatku należnego z tego tytułu stanowi naruszenie przepisów art. 2 ust. 1 i art. 27 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. Natomiast zawyżenie podatku naliczonego w miesiącu maju 1996 r. z powodu niezaewidencjonowania czterech faktur korygujących również stanowi naruszenie art. 27 ust. 4 w ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. oraz par. 43 ust. 5 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 21 grudnia 1995 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 154 poz. 797 ze zm./. W związku z powyższymi nieprawidłowościami Inspektor w decyzji z dnia 24 kwietnia 1998 r. określił zobowiązanie podatkowe w prawidłowej wysokości, zaległość podatkową i odsetki za zwłokę od tejże zaległości na dzień wydania decyzji za miesiące: I, II, IV, V, VIII i XII 1996 r. oraz nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym za miesiące: III, VII, IX, X i XI 1996 r. a także na podstawie art. 27 ust. 5 i 6 cyt. ustawy VAT ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe za 1996 r. w wysokości odpowiadającej 30 procent kwot zaniżenia należnego podatku podlegającego wpłacie do urzędu skarbowego oraz zawyżenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następne miesiące.