O tym, czy określone lokale mają charakter lokali mieszkalnych o jakich mowa w par. 40a ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 12 maja 1993 r. w sprawie podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 39 poz. 176 ze zm./ decydują obowiązujące w chwili sprzedaży lokali przepisy prawa budowlanego.
O przeznaczeniu całości lub części budynku decyduje bowiem zgodnie z przepisami prawa budowlanego właściwy organ nadzoru budowlanego.
Zgodnie z art. 43 i art. 44 obowiązującej wówczas ustawy z dnia 24 października 1974 r. - Prawo budowlane /Dz.U. nr 38 poz. 229 ze zm./ właściciel lub zarządca obiektu budowlanego był zobowiązany użytkować ten obiekt zgodnie z przeznaczeniem.
Zmiana sposobu użytkowania obiektu budowlanego lub jego części wymagała zgody właściwego organu administracji.
Izba Skarbowa w K. decyzją z dnia 15 grudnia 1995 r. utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w K. z dnia 18 grudnia 1995 r., którą po wznowieniu postępowania i uchyleniu decyzji tego Urzędu z dnia 4 marca 1994 r., ustalono zwrot na rzecz Przedsiębiorstwa Budownictwa Mieszkaniowego w upadłości podatku od towarów i usług za miesiące lipiec, sierpień, wrzesień i październik w kwocie 96.825.000 starych złotych /tj. 9.682,50 PLN/. Decyzją z dnia 4 marca 1994 r. orzeczono o zwrocie na rzecz strony skarżącej podatku VAT w kwocie 1.115.853.000 starych złotych /tj. 111.585,30 PLN/.
Różnica w wysokości orzeczono zwrotu podatku od towarów i usług za miesiące lipiec do października 1993 r. wynikła stąd, że w decyzji z dnia 4 marca 1994 r. zgodnie z deklaracją strony skarżącej przyjęto, że osiągnięty przez nią w tych miesiącach obrót ze sprzedaży lokali mieszkalnych podlegał opodatkowaniu od towarów i usług przy zastosowaniu "0" procent stawki.
W następstwie przeprowadzonej później kontroli przyjęto, że sprzedaż lokali przez stronę skarżącą nie była sprzedażą lokali mieszkalnych lecz sprzedażą lokali w budynkach niemieszkalnych, tj. budynkach biurowych i biurowo-wczasowych. Przeznaczenie tych budynków przed sprzedażą w nich lokali nie zostało w odpowiednim trybie zmienione.
Obrót ze sprzedaży tych lokali obejmujący należność za sprzedaż ułamkowych części budynków biurowych i biurowo-socjalnych czy też określonych pomieszczeń podlegał opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług przy zastosowaniu 22 procent stawki.
Decyzję Izby Skarbowej Przedsiębiorstwo Budownictwa Mieszkaniowego zaskarżyło do Naczelnego Sądu Administracyjnego, wnosząc o jej uchylenie.
W skardze podniesiono, że dokonana przez stronę skarżącą sprzedaż nieruchomości podlegała opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług według stawki "0" a nie jak przyjęto w zaskarżonej decyzji według stawki 22 procent.
Zaznaczono ponadto, że Urząd Skarbowy w K. wydając decyzję w dniu 4 marca 1994 r. znał jakie lokale strona skarżąca sprzedawała. Decyzja ta utwierdziła w przekonaniu, że sprzedawane przez nią lokale zaadoptowane na cele mieszkaniowe są opodatkowane według "0" stawki podatku VAT przewidzianej dla sprzedaży lokali mieszkalnych. Gdyby więc nawet przyjąć, że zasadną była w tej sytuacji do określenia podatku VAT stawka 22 procent, to decyzją z dnia 4 marca 1994 r. strona skarżąca została wprowadzona w błąd. Utwierdziła się bowiem w przekonaniu, że właściwą jest w tej sytuacji "0" procent stawka podatku VAT. Przepisy podatkowe nie definiowały i nie definiują pojęcia lokalu mieszkalnego.
Mimo, że obiekty przy ul. W. w K. oraz w Z. i K. nie miały charakteru mieszkalnego, to jednak w wyniku przebudowy znajdujące się w nich lokale stały się lokalami mieszkalnymi. Strona skarżąca sprzedając lokale w tych budynkach jednoznacznie określiła je w aktach notarialnych jako lokale mieszkalne.
Izba Skarbowa w K. wniosła o oddalenie skargi podtrzymując stanowisko zajęte w zaskarżonej decyzji.
W odpowiedzi na skargę podniesiono, że w wyniku kontroli przeprowadzonej w dniach 17 listopada 1994 r. - 30 grudnia 1994 r. stwierdzono zaniżenie należnego od strony skarżącej podatku od towarów i usług za miesiące od lipca - października 1993 r., poprzez przyjęcie, że spółka sprzedawała w tym czasie lokale mieszkalne opodatkowane według stawki "0" procent na podstawie par. 40a ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 12 maja 1993 r. w sprawie podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 39 poz. 176 ze zm./. Spowodowało to w konsekwencji wydanie decyzji o zwrocie stronie skarżącej wyższej kwoty podatku od towarów i usług od tej jaka powinna być zwrócona. Strona skarżąca sprzedawała bowiem w tym okresie części budynków użytkowych lub określone pomieszczenia w budynkach użytkowych, których sprzedaż była opodatkowana podatkiem VAT według 22 procent stawki.