Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący: SWSA Bogusław Wolas (spr.) Sędziowie: WSA Urszula Zięba WSA Inga Gołowska po rozpoznaniu w dniu 28 lutego 2022 r. na posiedzeniu niejawnym sprawy ze skargi M. przy udziale Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców w Warszawie na decyzję Naczelnika Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w [...] z dnia 30 kwietnia 2021 r., nr: [...], w przedmiocie podatku od towarów i usług za I-IX 2013 r. I. uchyla zaskarżoną decyzję, II. zasądza od Naczelnika Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w [...] na rzecz M. kwotę 997 zł (słownie: dziewięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Decyzją z 30 września 2020 r., nr [...], Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. (dalej: organ) określającą podatnikowi M. sp. z o.o. (dalej: skarżąca, spółka) wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za I-IX 2013 r., wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym w podatku od towarów i usług za III i IV 2013 r. oraz podatek do zapłaty z tytułu wystawienia faktur VAT niedokumentujących faktycznych zdarzeń gospodarczych za V oraz VI 2013 r. Organ I instancji nie uznał prawa skarżącej do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, który został zawarty w nierzetelnych fakturach, w których jako sprzedawcę stali wskazano F. sp. z o.o., która w rzeczywistości nie prowadziła działalności gospodarczej, a w łańcuchu podmiotów pełniła rolę bufora, "odsprzedając" w transakcji krajowej towary, które miały pochodzić z zagranicy, co było możliwe dzięki powiązaniom rodzinnym pomiędzy F. sp. z o.o. a innym podmiotem w łańcuchu dostaw. Organ I instancji stwierdził, że Skarżąca miała świadomość, że F. sp. z o.o. nie prowadzi działalności gospodarczej, a jej rolą było jedynie uprawdopodobnienie realności i prawidłowości transakcji, które opierały się na oszustwie podatkowym, polegającym na osiągnięciu zysku z nieuiszczenia należnego podatku od towarów i usług przez podmiot wprowadzający towary na rynek krajowy oraz umożliwienie rozliczenia podatku naliczonego przez kolejne podmioty, a tym samym świadomie uczestniczyła w oszustwie podatkowym.
W odwołaniu Skarżąca podniosła naruszenie przez organ szeregu przepisów prawa materialnego, jak i proceduralnych, w szczególności w zakresie błędnego przeprowadzenia postępowania dowodowego. Ponadto Skarżąca podniosła naruszenie art. 70 § 6 pkt 1 O.p. w zw. z art. 94 ust. 2 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej poprzez błędne przyjęcie, że doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia w sytuacji wszczęcia postępowania o przestępstwo karnoskarbowe wyłącznie pozornie, w celu osiągnięcia efektu zawieszenia biegu przedawnienia.
Decyzją z 30 kwietnia 2021 r., nr [...], Organ uchylił w całości decyzję wydaną w I instancji oraz przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.
W zaskarżonej decyzji Organ stwierdził, że w sprawie zostały naruszone zasady ogólne postępowania, dotyczące odniesienia się do wniosków dowodowych oraz odmowy ich przeprowadzenia, co spowodowało, że organ I instancji nie rozpoznał sprawy w pełnym zakresie, a skarżąca została pozbawiona prawa do zapoznania się z argumentacją organu co do zasadności odmowy przedłożonych wniosków dowodowych, co narusza wyrażoną w Ordynacji podatkowej zasadę przekonywania. Z uwagi na fakt, że postępowanie dowodowe wymagało uzupełnienia w znacznej części, a w szczególności w zakresie przekraczającym kompetencje organu odwoławczego, Organ uznał za zasadne uchylenie zaskarżonej decyzji w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania w celu uzupełnienia materiału dowodowego. Organ nie przychylił się jednak do podniesionego przez Skarżącą zarzutu związanego z przedawnieniem zobowiązania, określonego decyzją organu w I instancji, wskazując że postępowanie karno-skarbowe do dnia wydania decyzji nie zostało zakończone.