|Dnia 14 kwietnia 2016r. | Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, w składzie następującym:, Przewodniczący Sędzia: WSA Maja Chodacka, Sędziowie: WSA Urszula Zięba (spr.), WSA Wiesław Kuśnierz, po rozpoznaniu w trybie uproszczonym na posiedzeniu niejawnym, w dniu 14 kwietnia 2016r., sprawy ze skargi H. Sp. z o. o. w K. na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia 16 listopada 2015r. nr [...] w przedmiocie przedłużenia terminu do zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za wrzesień 2015r. I. uchyla zaskarżone postanowienie, II. zasądza od Naczelnika Urzędu Skarbowego na rzecz H. Sp. z o. o. w K. koszty postępowania w kwocie 100 zł (sto złotych) tytułem uiszczonego wpisu.
Naczelnik Urzędu Skarbowego w celu weryfikacji zasadności zwrotu podatku wszczął wobec H. Sp. z o. o. w K. kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości rozliczenia podatku od towarów i usług za wrzesień 2015r. W trakcie postępowania kontrolnego dokonano sprawdzenia dokumentacji źródłowej za kontrolowany okres, tj. rejestru zakupu i rejestru sprzedaży VAT oraz dokumentów księgowych, będących podstawą zapisów w księgach podatkowych. Kontrola wykazała, że Spółka H. dokonywała zakupu towarów od kontrahenta I. Sp. z o. o. w W. Ustalono, że podatnik nie posiadał żadnych środków trwałych, ani magazynów, nie zatrudniał pracowników, a towar został sprzedany nabywcy O.. Podatnik w całości zapłacił należności, wynikające z faktur dokumentujących zakup, w formie bezgotówkowej (przelewy bankowe). Towar odbierała od kontrahenta firma transportowa w W. i na zlecenie podatnika transportowała go do składu celnego w O. Wskazane powyżej okoliczności zawieranych transakcji spowodowały powzięcie przez organ I instancji wątpliwości, co do zasadności zwrotu podatku, co skutkowało skierowaniem wniosku o przeprowadzenie kontroli u kontrahenta, od którego podatnik nabywał towary. W związku z powyższym, w celu potwierdzenia rzetelności transakcji wystąpiono do Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego o przeprowadzenie kontroli podatkowej w I. Sp. z o. o. w W., w której podatnik dokonał zakupu towarów handlowych na kwotę netto 2.229.741,70 zł i dokonał odliczenia podatku naliczonego w kwocie 512.840,59 zł. Z uwagi na 25 dniowy termin zwrotu kontrola u kontrahenta nie została wszczęta przed jego upływem, w związku z czym do dnia zakończenia kontroli nie otrzymano informacji od Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego o jej wynikach. Kontrolę w firmie H. Sp. z o. o. zakończono protokołem kontroli, opierając się na dokumentacji przedstawionej przez kontrolowaną Spółkę.
Działając na podstawie art. 87 ust. 2 i 6 Ustawy o podatku od towarów i usług z dnia 11 marca 2004r. (t.j. Dz. U. z 2011r. nr 177 poz. 1054 z późn. zm., dalej jako "u.p.t.u."), postanowieniem z dnia 16 listopada 2015 roku, nr [...], Naczelnik Urzędu Skarbowego przedłużył termin zwrotu różnicy podatku od towarów i usług, wynikającej z deklaracji VAT-7 za wrzesień 2015 r., w której podatnik wykazał zwrot podatku VAT w kwocie 513.714,00 zł w terminie 25 dni, do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika w zakresie podatku od towarów i usług za wrzesień 2015r. W uzasadnieniu postanowienia organ I instancji powołał jedynie treść przepisu art. 87 ust. 6 u.p.t.u. oraz zawarł pouczenie o prawie wniesienia skargi.