Wyłączenie przewidziane w art. 14a ust. 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ dotyczy tylko tych zakładów pracy chronionej będących producentami, importerami oraz innych osób i jednostek, o których mowa w art. 35 ust. 4 ustawy, wykonujących czynności określone w art. 2 tejże ustawy w stosunku do towarów wymienionych w załączniku nr 6 do tej ustawy. Oznacza to, że wyłączenie zwolnienia następuje tylko wtedy, gdy po stronie podatnika zachodzą jednocześnie przesłanki o charakterze podmiotowym i przedmiotowym oraz odpowiednia pomiędzy nimi relacja, które skutkują powstaniem obowiązku w podatku akcyzowym.
Naczelny Sąd Administracyjny, po rozpoznaniu sprawy ze skargi Stanisława B. - Firma Handlowa "B." Zakład Pracy Chronionej w W. na decyzję Izby Skarbowej w K. z dnia 13 października 1999 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiąc październik 1998 r. - uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu I instancji; (...).
Zaskarżoną decyzją utrzymana została w mocy decyzja Urzędu Skarbowego w W., określająca Stanisławowi B. - Firma Handlowa "B." Zakład Pracy Chronionej w W. zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za miesiąc październik 1998 r. w kwocie 130.188 zł, w tym:
kwota podatku objęta zwolnieniem od wpłat do urzędu skarbowego - 31.480 zł kwota podatku podlegająca wpłacie do urzędu skarbowego - 98.708 zł oraz zaległość podatkową za ten miesiąc w kwocie "0" zł. W uzasadnieniu decyzji stwierdzono, że firma, posiadająca status zakładu pracy chronionej, korzystała ze zwolnienia od wpłat do urzędu skarbowego należności z tytułu podatku od towarów i usług na warunkach określonych w art. 14a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. W decyzji podatkowej VAT-7 złożonej za miesiąc październik 1998 r. wykazał podatnik nadwyżkę podatku należnego nad naliczonym w wysokości 130.188 zł, w tym kwotę podatku objętą zwolnieniem od wpłat do urzędu skarbowego w wysokości 65.715 zł oraz kwotę podlegającą przekazaniu na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych w wysokości 64.473 zł. W przedmiotowej sprawie ustalono, że w miesiącu październiku 1998 r. podatnik dokonywał zakupów i sprzedaży podlegających opodatkowaniu podatkiem akcyzowym. Izba Skarbowa powołując się na art. 14a ust. 1 i art. 14 ust. 6 ww. ustawy stanęła na stanowisku, że podatnik nie miał prawa do zwolnienia od wpłaty do urzędu skarbowego różnicy pomiędzy podatkiem należnym a naliczonym związanej z towarami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem akcyzowym. Ustosunkowując się do zarzutów odwołania, że wyłączenie przewidziane w art. 14a ust. 6 ustawy dotyczy tylko tych zakładów pracy chronionej, które są podatnikami podatku akcyzowego i do twierdzenia, że wyłączenie zwolnienia następuje tylko wtedy, gdy po stronie podatnika zachodzą jednocześnie przesłanki o charakterze podmiotowym i przedmiotowym, które skutkują powstaniem obowiązku podatkowego w podatku akcyzowym, organ odwoławczy stwierdził, że z przepisu art. 14a ust. 6 ustawy wynika, że wyłączenie zwolnienia od wpłat podatku od towarów i usług ma charakter przedmiotowy, gdyż przepis ten odnosi się do wyrobów opodatkowanych podatkiem akcyzowym, a nie podmiotów, tj. podatnika podatku akcyzowego. Dlatego zwolnienie określone w art. 14a ust. 1 ustawy nie ma zastosowania do podmiotów status zakładów pracy chronionej lub zakładów aktywności zawodowej zarówno dających wyroby opodatkowane akcyzą, jak i producentów oraz importerów tych wyrobów.