Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Ewa Rojek (spr.), Sędziowie Sędzia WSA Jacek Kuza,, Sędzia WSA Mirosław Surma, Protokolant Asystent sędziego Emilia Czarnecka, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 19 sierpnia 2010r. sprawy ze skargi B. Spółka z o.o. S.K.A. w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę.
Decyzją z dnia [...] nr [...] Dyrektor Izby Skarbowej, po rozpatrzeniu odwołania złożonego przez B. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka Komandytowo-Akcyjna z siedzibą w K., utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego z dnia [...] nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 59 540,00 zł pobranego przez płatnika V. T. prowadzącą Kancelarię Notarialną od umowy przeniesienia prawa użytkowania wieczystego aktem notarialnym Rep. A nr [...] z dnia [...] zawartej w związku z warunkową umową sprzedaży z dnia 21 stycznia 2009r.
Jak wskazał organ odwoławczy, z bezspornie ustalonego stanu faktycznego wynika, iż w dniu 24 lutego 2009r. aktem notarialnym Rep. A Nr[...] P. S.A. z siedzibą w W. przy ulicy [...] zawarły z B. w K. przy ulicy [...] (poprzednikiem prawnym B. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka Komandytowo-Akcyjna) ostateczną umowę sprzedaży prawa wieczystego użytkowania nieruchomości gruntowej o łącznej pow. 2.551 m2 wraz z własnością znajdujących się na niej obiektów budowlanych, położonej w K. przy ulicy [...] za łączną kwotę 3 100 000,00 zł. Notariusz, uwzględniając oświadczenie osób reprezentujących stronę sprzedającą - P. S.A., z którego wynikało, iż Spółka jest podatnikiem podatku od towarów i usług, a przedmiotowa sprzedaż korzysta ze zwolnienia od podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm., dalej jako ustawa o Vat) pobrał na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 9 września 2000r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jedn. Dz. U. z 2007r. Nr 68, poz. 450 z późn. zm.) podatek w kwocie 62 000,00 zł.
Z akt sprawy wynika, jak stwierdził organ drugiej instancji, iż w związku z przedmiotową sprzedażą w dniu 21 stycznia 2009r. została wystawiona faktura VAT nr[...] , w której wskazano, że przedmiotowa sprzedaż prawa użytkowania wieczystego wraz z własnością obiektów budowlanych jest zwolniona z podatku od towarów i usług. Ponadto czynności sprawdzające dokonane przez organ podatkowy właściwy miejscowo dla rozliczeń P. S.A. wykazały, iż w odniesieniu do w/w transakcji nie została wystawiona faktura korygująca, a zastosowanie zwolnienia w zakresie podatku od towarów i usług wynikało między innymi z brzmienia przepisu § 13 ust. 1 pkt 10 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1336, dalej jako rozporządzenie).
Jak wyjaśnił organ odwoławczy, co do zasady podatkowi od czynności cywilnoprawnych podlegają umowy sprzedaży rzeczy lub praw majątkowych, o czym stanowi art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. "a" ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych. Przepis art. 2 ust 4 tej ustawy zawierał wyłączenie spod opodatkowania pewnych kategorii umów, o których mowa w art. 1 ust. 1 ustawy. Przepis ten, w brzmieniu obowiązującym w dniu powstania obowiązku podatkowego z tytułu przedmiotowej umowy sprzedaży, stanowił, iż nie podlegają temu podatkowi czynności cywilnoprawne, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest: