Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Wojciech Gapiński, Sędziowie WSA Beata Machcińska (spr.), Anna Tyszkiewicz - Ziętek, po rozpoznaniu na posiedzeniu niejawnym w dniu 22 lutego 2021 r. sprawy ze skargi A Sp. z o. o. sp. k. w R. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach z dnia [...] nr [...] w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umowy sprzedaży 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach na rzecz strony skarżącej kwotę 53.975 (pięćdziesiąt trzy tysiące dziewięćset siedemdziesiąt pięć) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Przedmiotem skargi A sp. z o.o. sp. komandytowa w R. (dalej "spółka" lub "skarżąca") jest decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach (dalej również "organ odwoławczy") wydana w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umowy sprzedaży.
Stan sprawy przedstawia się następująco:
1. W wyniku ustaleń poczynionych w trakcie kontroli podatkowej, Naczelnik [...] [...] Urzędu Skarbowego w B. (dalej "organ pierwszej instancji") uznał, że spółka (następca prawny A’ Sp. z o.o.) na podstawie umowy zawartej w formie aktu notarialnego nabyła zespół składników stanowiących zorganizowaną część przedsiębiorstwa i czynności tej nie opodatkowała podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Kontrola ta była następstwem ustaleń dokonanych m.in. w trakcie uzupełniającej kontroli podatkowej przeprowadzonej wobec spółki w zakresie podatku od towarów i usług za grudzień 2013 r., w wyniku której organ podatkowy pierwszej instancji zakwestionował zasadność zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym z tytułu podatku od towarów i usług, wykazanej w deklaracji VAT -7 za grudzień 2013 r., w oparciu o fakturę VAT Nr [...] z datą sprzedaży [...] r., z terminem zapłaty 17 stycznia 2014 r., tytułem sprzedaży nieruchomości zgodnie z aktem notarialnym Rep. A Nr [...] z dnia [...] r., o wartości netto [...] EURO i kwotą podatku od towarów i usług [...] zł (stawka 23%), gdyż uznał, że spółka nabyła zorganizowaną część przedsiębiorstwa, wyłączoną z opodatkowania na podstawie art. 6 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.
Uznając rozliczenie z deklaracji VAT-7 złożonej przez spółkę za nieprawidłowe, organ pierwszej instancji wszczął z urzędu wobec spółki postępowanie podatkowe w sprawie podatku od towarów i usług za grudzień 2013 r., i po jego przeprowadzeniu, w decyzji z dnia [...] r. dokonał rozliczenia podatku od towarów i usług, określając na podstawie art. 99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług, zobowiązanie podatkowe za grudzień 2013 r. w wysokości [...] zł, w miejsce zadeklarowanej przez spółkę kwoty do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 25 dni w wysokości [...] zł. Uzasadniając swoje rozstrzygnięcie, organ pierwszej instancji przyjął, że A’ spółka z o.o. (obecnie spółka) na podstawie faktury VAT nr [...] nabyła zorganizowaną część przedsiębiorstwa.
Decyzją z dnia [...] r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Katowicach, na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji w mocy, a Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach wyrokiem z dnia 3 czerwca 2019 r., sygn. akt I SA/Gl 461/19, oddalił skargę spółki na ww. decyzję organu odwoławczego.