Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia NSA Marek Kołaczek, Sędzia WSA (del.) Zbigniew Łoboda (spr.), Protokolant Krzysztof Zaleski, po rozpoznaniu w dniu 4 sierpnia 2020 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego [...] od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 10 grudnia 2019 r. sygn. akt III SAB/Wa 70/19 w sprawie ze skargi Z.R. na bezczynność i przewlekłość w prowadzeniu postępowania podatkowego przez Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2015 r. oddala skargę kasacyjną.
Wyrokiem z dnia 10 grudnia 2019 r., sygn. akt III SAB/Wa 70/19 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w sprawie ze skargi Z.R. na bezczynność i przewlekłe prowadzenie przez Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego W. postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2015 r., w pkt 1. stwierdził przewlekłość postępowania podatkowego prowadzonego przez Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w zakresie podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2015 r., w pkt 2. stwierdził, że przewlekłość miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa, w pkt 3. zobowiązał Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego W. do zakończenia postępowania podatkowego w terminie miesiąca od dnia doręczenia organowi akt administracyjnych wraz z odpisem prawomocnego wyroku, w pkt 4. przyznał od Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego W. na rzecz Z.R. sumę pieniężną w kwocie 1.000 zł i w pkt 5. oddalił skargę w pozostałej części.
Z uzasadnienia wyroku wynika, że w ramach kontroli podatkowej przeprowadzonej u Z.R. w przedmiocie podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2015 r. został sporządzony protokół kontroli, doręczony podatnikowi w dniu 27 grudnia 2016 r. W protokole stwierdzono, że kontrolowany zaniżył podatek należny z tytułu wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów na rzecz duńskiej firmy N.
W dniu 12 stycznia 2017 r. Z.R. złożył zastrzeżenia i wyjaśnienia do protokołu kontroli podatkowej, do czego organ ustosunkował się pismem z dnia 24 stycznia 2017 r. Z kolei w dniu 30 stycznia 2017 r. do organu podatkowego wpłynęła odpowiedź na wniosek SCAC skierowany do litewskiej administracji podatkowej dotyczący powiązań w transakcjach wewnątrzwspólnotowych między podatnikiem a litewskim podmiotem U.
Postanowieniem z dnia 11 kwietnia 2017 r., Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego W. wszczął z urzędu postępowanie podatkowe w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za listopad i grudzień 2015 r.
W toku postępowania podatkowego wymieniony organ wielokrotnie informował stronę w trybie art. 140 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2015 r., poz. 613 ze zm., dalej "O.p.") o niezakończeniu postępowania w przepisanym terminie i wyznaczał kolejne terminy załatwienia sprawy (postanowienia z dnia: 17 maja 2017 r., z dnia 30 czerwca 2017 r., z dnia 30 października 2017 r., z dnia 13 lutego 2018 r., z dnia 26 kwietnia 2018 r., z dnia 5 listopada 2018 r. oraz z dnia 29 kwietnia 2019 r., które wyznaczało termin załatwienia sprawy do dnia 15 listopada 2019 r.). Jako przyczynę niezałatwienia sprawy w terminie organ podawał konieczność ponownej analizy akt sprawy oraz potrzebę zapewnienia podatnikowi czynnego udziału w postępowaniu.
Równolegle Naczelnik Urzędu Skarbowego stosownymi postanowieniami, podejmowanymi na podstawie art. 87 § 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej "u.p.t.u."), przedłużał termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego za listopad 2015 r. (na podstawie deklaracji podatkowej za grudzień 2015 r. organ dokonał zwrotu podatki naliczonego).