Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Juliusz Antosik, Sędzia NSA (del.) Grażyna Jarmasz, Sędzia NSA Marek Kołaczek (sprawozdawca), Protokolant Krzysztof Zaleski, po rozpoznaniu w dniu 13 czerwca 2008 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "O. P." P. i S. Spółki Jawnej w E. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z dnia 15 listopada 2006 r., sygn. akt I SA/Ol 166/06 w sprawie ze skargi "O. P." P. i S. Spółki Jawnej w E. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w O. z dnia 3 lutego 2006 r., nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2000 r. i od stycznia do października 2001 r. 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od "O. P." P. i S. Spółka Jawna w E. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w O. kwotę 5400 zł (słownie: pięć tysięcy czterysta złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 15 listopada 2006 r., sygn. akt I SA/Ol 166/06, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie oddalił skargę "O. P. i S. Spółka jawna w E." na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w O. z dnia 3 lutego 2006 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2000 r. i od stycznia do października 2001 r.
Z akt sprawy wyłania się następujący przebieg postępowania. Po przeprowadzeniu przez Inspektora Kontroli Skarbowej postępowania kontrolnego stwierdzono w Spółce szereg nieprawidłowości, które miały wpływ na określenie w prawidłowej wysokości zobowiązań w podatku od towarów i usług za miesiące objęte kontrolą. Stwierdzono, ze spółka prowadziła niezaewidencjonowany obrót paliwami (olej napędowy, benzyny: Pb95, bazowa i lakowa) oraz w rozliczeniu poszczególnych miesięcy uwzględniła podatek naliczony z tzw. pustych faktur, tj. bez wydania i otrzymania wymienionych w nich ilości paliw.
Po rozpatrzeniu odwołania, Izba Skarbowa w O. decyzją z dnia 27 czerwca 2003 r. uchyliła decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej, wskazując okoliczności faktyczne i prawne, które powinny być uwzględnione przy ponownym rozpatrywaniu sprawy.
W konsekwencji przeprowadzenia ponownego postępowania Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. wydał w dniu 31 października 2003 r. decyzję, którą określił Spółce zobowiązania w podatku VAT oraz ustalił dodatkowe zobowiązania podatkowe za poszczególne miesiące od stycznia 2000 r. do października 2001 r.
Opierając się m.in. na przekazanych przez Urząd Ochrony Państwa dokumentach oraz protokołach przesłuchań ustalono, że Spółka w latach 2000 - 2001, równolegle z prowadzoną dla celów podatkowych dokumentacją finansowo - księgową, prowadziła wtórną ewidencję obrazującą rzeczywisty obrót paliwami (tj. udokumentowany i nieudokumentowany).
Dokonana analiza zapisów wtórnej dokumentacji doprowadziła do ustalenia, że Spółka nie wykazała w ewidencjach księgowych zakupów w okresie:
1. styczeń - grudzień 2000r. - łącznie: 1.497.552 litrów oleju napędowego i 1.112.885 litrów benzyn (w tym: 802.035 litrów benzyny bazowej i łąkowej oraz 310.850 litrów benzyny Pb95);
2. styczeń - październik 2001 r. - łącznie: 1.353.308 litrów oleju napędowego i 2.130.263 litrów benzyn (w tym: 151.467 litrów benzyny bazowej i łąkowej oraz 1.978.796 litrów benzyny Pb95).
Spółka nie wykazała w prowadzonych ewidencjach sprzedaży w okresie:
1. styczeń - grudzień 2000r. - łącznie: 1.264.710 litrów oleju napędowego i 921.938 litrów benzyn (w tym 430.458 litrów benzyny bazowej);
2. styczeń - październik 2001 r. - łącznie: 908.125 litrów oleju napędowego i 2.060.403 litrów benzyn (w tym: 1.896.703 I Pb95, 70.100 I U95, 93.600 I benzyny łąkowej).
Powołując się na przepisy art. 2 ust.1, art. 15 ust. 1, art. 18 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. nr 11, poz. 50 ze zm.), opodatkowano nieudokumentowaną sprzedaż paliw w stawce 22% przyjmując, zgodnie z art.6 ust.1 ustawy, że obowiązek podatkowy powstał w momencie wydania paliwa nabywcy, który wynika z treści: druków D-8, rozliczeń sprzedaży hurtowej oraz zabezpieczonych zeszytów Spółki.