Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Małgorzata Niezgódka-Medek, Sędzia NSA Krystyna Chustecka (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Izabela Najda-Ossowska, Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 26 kwietnia 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej R. T. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 16 września 2015 r. sygn. akt I SA/Sz 533/15 w sprawie ze skargi R. T. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia 18 marca 2015 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie zaliczenia zwrotu podatku od towarów i usług za sierpień 2013 r. na poczet podatku od towarów i usług za lipiec, sierpień, wrzesień 2014 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od R. T. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w S. kwotę 240 (słownie: dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 16 września 2016 r., sygn. akt I SA/Sz 533/14, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie oddalił skargę R.T. Sp. z o.o. z siedzibą w S. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia 18 marca 2015 r. w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania.
Z uzasadnienia wyroku Sądu pierwszej instancji wynika, że Dyrektor Izby Skarbowej w S. po rozpatrzeniu zażalenia skarżącej postanowieniem z dnia 18 marca 2015 r. utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w S. z dnia 29 grudnia 2014 r. o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie zaliczenia zwrotu podatku od towarów i usług za sierpień 2013 r. na poczet tego podatku za lipiec, sierpień, wrzesień 2014 r.
Skarżąca w złożonej dnia 10 października 2013 r. deklaracji dla podatku od towarów i usług (VAT-7) za sierpień 2013 r. wykazała kwotę do zwrotu na rachunek bankowy podatnika, w wysokości 1.297.814,00 zł.
Postanowieniem z dnia 21 października 2013 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego W. przedłużył skarżącej termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2013 r. do czasu zakończenia rozliczenia w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749 ze zm.), dalej O.p. lub postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej.
Następnie skarżąca wnioskami z dnia 27 listopada 2014 r. wystąpiła do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w S. o zaliczenie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym z tytułu podatku od towarów i usług za sierpień 2013 r.
Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w S. postanowieniem z dnia 29 grudnia 2014 r. odmówił wszczęcia postępowania w sprawie zaliczenia zwrotu podatku od towarów i usług za sierpień 2013 r. na poczet podatku od towarów i usług za lipiec, sierpień i wrzesień 2014 r.
Po rozpoznaniu zażalenia skarżącej, postanowieniem z dnia 18 marca 2015 r. Dyrektor Izby Skarbowej w S., uznał za prawidłowe rozstrzygnięcie organu I instancji stwierdzając, że skarżąca posiada zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za lipiec, sierpień, wrzesień 2014 r., dlatego w oparciu o art. 76 § 1 i art. 76b O.p. wystąpiła przyczyna uniemożliwiająca wszczęcie postępowania z wniosku strony, co obligowało organ podatkowy I instancji, do wydania postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania.
W dalszych motywach postanowienia organ zwrócił uwagę, że wydane postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego W. z dnia 21 października 2013 r. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku od towarów i usług wykazanego w deklaracji za sierpień 2013 r. do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia w ramach postępowania kontrolnego prowadzonego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W., na podstawie przepisów o kontroli skarbowej, stanowi okoliczność, która przesądza o braku możliwości realizacji ww. zwrotu. Prowadzone postępowanie kontrolne w zakresie prawidłowości rozliczeń podatku od towarów i usług za sierpień 2013 r. jak wywiódł organ, wiąże się niewątpliwie z ustaleniem prawa spółki do odliczenia podatku naliczonego, wynikającego z faktur VAT. W ocenie organu wykluczało to możliwość zaliczenia z urzędu zwrotu podatku wykazanego w deklaracji i wydania na tę okoliczność postanowienia, aż do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia.