3.1. Odpowiadając na skargę DUKS wniósł o jej oddalenie.
4. W uzasadnieniu podjętego rozstrzygnięcia Sąd pierwszej instancji wskazał, że państwa członkowskie mają nie tylko prawo do weryfikacji rozliczenia podatku wykazanego w deklaracji, ale i obowiązek sprawdzania prawidłowości obliczenia zadeklarowanych przez podatnika kwot podatku do zapłaty lub kwot podatku naliczonego, jak też kwot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy, zważywszy, że system VAT jest często wykorzystywany dla wyłudzenia zwrotu podatku, m.in. w tzw. "transakcjach karuzelowych".
Sąd podniósł, że w przedmiotowej sprawie, wszczęcie kontroli podatkowej spowodowane było wnioskiem Prokuratury Okręgowej w G., która wszczęła śledztwo pod sygn. akt [...] w sprawie wyłudzenia od Skarbu Państwa znacznych kwot z tytułu nienależnych zwrotów podatku od towarów i usług, przy czym kontrolowana spółka podejrzewana jest o udział w oszustwie karuzelowym. Jak wynika z materiału dowodowego zebranego w sprawie, skarżąca w badanym okresie od lipca 2014 r. do listopada 2014 r. dokonała wewnątrzwspólnotowej dostawy oleju na rzecz firm zagranicznych na terenie Unii Europejskiej o wartości 58 778 095,54 zł przy zastosowaniu stawki 0% VAT. W związku z tym V. Sp. z o.o. wykazała w okresie od lipca 2014 r. do października 2014 r. w złożonych w Urzędzie Skarbowym w L. deklaracjach VAT-7 zwroty podatku naliczonego w łącznej wysokości 11 506 294 zł.
Zdaniem Sądu okoliczności przeprowadzonych transakcji w świetle poczynionych ustaleń szeroko opisanych w postanowieniu organu z dnia 15 kwietnia 2016 r. oraz we wcześniejszych postanowieniach uznających ponaglenia za nieuzasadnione, spowodowały konieczność ustalenia całego łańcucha podmiotów dokonujących handlu przedmiotowym olejem rzepakowym.
W tym kontekście Sąd stwierdził, że sprawa, która jest przedmiotem postępowania należy do spraw szczególnie zawiłych i skomplikowanych dowodowo, przy których dochowanie ustawowego terminu zakończenia postępowania jest niemożliwe, chociażby dlatego, że wymaga uzyskania informacji od organów podatkowych innych państw.
Dalej Sąd pierwszej instancji podkreślił, że w rozpoznawanej sprawie wymogi zawiadamiania o niedotrzymaniu terminu załatwienia sprawy zostały spełnione. Organ w każdym zawiadomieniu o niedotrzymaniu terminu wskazywał na przyczyny przedłużenia postępowania.
W ocenie Sądu ilość i częstotliwość czynności podejmowanych przez DUKS jest dowodem na prowadzenie postępowania w zgodzie z zasadą szybkości (art. 125 O.p.) oraz zasadą prawdy obiektywnej (art. 122 O.p.) nakazującej organowi podejmowanie wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego. Organ od wszczęcia kontroli, tj. od 17 grudnia 2014 r. do wniesienia skargi poprzedzonego trzema ponagleniami organu podjął liczne czynności zmierzające do ustalenia stanu faktycznego.
W związku z powyższym Sąd pierwszej instancji za bezzasadne uznał stanowisko skarżącej, że zakres działań kontrolujących był bezpodstawny. Uzyskane już na etapie kontroli podatkowej informacje wskazywały na nieprawidłowości na wcześniejszych etapach obrotu towarem. Zasadność zwrotu podatku stronie skarżącej, uzależniona jest od weryfikacji nie tylko poprawności prowadzenia dokumentacji przez samego podatnika, ale dotyczy to również podmiotów uczestniczących w całym łańcuchu transakcji. Istotną kwestią jest bowiem ustalenie, czy zwrot podatku jest należny, czy towar był przedmiotem obrotu, czy wystawione faktury są "puste", czy mamy do czynienia z tzw. "karuzelą podatkową".