Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia NSA Danuta Oleś (sprawozdawca), Sędzia NSA Krystyna Chustecka, Protokolant Anna Rembowska, po rozpoznaniu w dniu 5 grudnia 2013 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 3 sierpnia 2012 r. sygn. akt I SA/Kr 760/12 w sprawie ze skargi A. Sp. z o . o. Oddział w Polsce na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 20 marca 2012 r. nr [...] do [...] w przedmiocie umorzenia postępowania odwoławczego w sprawie określenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za grudzień 2005 r. oraz od stycznia do listopada 2006 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w K. na rzecz A. Sp. z o . o. Oddział w Polsce kwotę 180 zł (słownie: sto osiemdziesiąt złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 3 sierpnia 2012 r., sygn. akt I SA/Kr 760/12, Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylił zaskarżoną przez A. sp. z o.o. Oddział w Polsce decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 20 marca 2012 r., w przedmiocie umorzenia postępowania odwoławczego w sprawie określenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług.
Z uzasadnienia powyższego wyroku wynika, że Naczelnik Urzędu Skarbowego wydał w dniu 17 marca 2011 r. decyzje w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres od grudnia 2005 r. do listopada 2006 r. A. sp. z o.o. Oddział w Polsce (dalej jako "spółka") złożyła od tych decyzji odwołania, w wyniku czego Dyrektor Izby Skarbowej w K. uchylił decyzje organu I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania.
Po ponownym rozpoznaniu sprawy Naczelnik Urzędu Skarbowego wydał w dniu 27 grudnia 2011 r. decyzje określające nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2005 r. do listopada 2006 r. do przeniesienia na następny miesiąc w kwocie 0 zł.
Od powyższych decyzji spółka złożyła odwołania, w których zarzuciła naruszenie art. 123 § 1 i art. 180 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2005 r., nr 8, poz. 60 ze zm., dalej jako "Ordynacja podatkowa") oraz naruszenie art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j.: Dz. U. z 2011 r. nr 177 poz. 1054 ze zm., dalej jako "ustawa o VAT") poprzez jego niezastosowanie.
Dyrektor Izby Skarbowej w K. w decyzji z dnia 20 marca 2012 r. stwierdził, że postępowanie odwoławcze w niniejszych sprawach wymaga umorzenia z uwagi na przedawnienie zobowiązania podatkowego.
Organ odwoławczy wyjaśnił, że decyzje organu I instancji zostały wydane przed upływem terminu przedawnienia - który upływał w dniu 31 grudnia 2011 r. - w związku z czym w tej dacie organ podatkowy był uprawniony do merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy podatku od towarów i usług za wskazane miesiące. Natomiast postępowanie odwoławcze wszczęte zostało odwołaniami z dnia 11 stycznia 2012 r. (data wpływu do organu) wniesionymi już po upływie terminu przedawnienia zobowiązania.
Mając to na względnie organ odwoławczy wskazał, że wobec upływu terminu przedawnienia nie jest możliwe merytoryczne rozpoznanie sprawy, gdyż postępowanie w zakresie podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2005 r. do listopada 2006 r. stało się bezprzedmiotowe. Jeżeli przedawnienie zobowiązania podatkowego stwierdzone zostanie w fazie postępowania odwoławczego, wówczas organ odwoławczy winien na podstawie art. 233 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej wydać decyzję o umorzeniu postępowania odwoławczego przez organ odwoławczy (jako bezprzedmiotowego).
Skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie na ostateczną w administracyjnym toku instancji decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. złożyła spółka domagając się jej uchylenie i zasądzenie kosztów postępowania, w związku z naruszeniem art. 233 § 1 pkt 2 lit. b) Ordynacji podatkowej.