Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia NSA Marek Kołaczek, Sędzia WSA del. Agnieszka Jakimowicz (sprawozdawca), po rozpoznaniu w dniu 5 lutego 2021 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej B. [...] od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 22 czerwca 2020 r. sygn. akt III SA/Wa 1048/20 w sprawie ze skargi B. [...] na interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia 31 grudnia 2015 r. nr IPPP1/4512-1025/15-2/JL w przedmiocie podatku od towarów i usług oddala skargę kasacyjną.
Wyrokiem z dnia 22 czerwca 2020 r., sygn. akt III SA/Wa 1048/20 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, po rozpoznaniu sprawy ze skargi B. [...], uchylił interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia 31 grudnia 2015 r. o nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług i zasądził stosowne koszty postępowania.
Z uzasadnienia wyroku wynika, że we wniosku o wydanie interpretacji B. [...] podała, że wykonuje czynności opodatkowane podatkiem od towarów i usług (między innymi: usługi wynajmu, reprograficzne, konserwatorskie, wypożyczenia międzybiblioteczne, działalność wydawnicza), czynności zwolnione od podatku (usługi kształcenia zawodowego), a także czynności niepodlegające opodatkowaniu (statutowa działalność nieodpłatna). W latach 2011-2014 prowadziła szereg inwestycji sfinansowanych ze środków publicznych, które polegały na modernizacji jej budynków, w których prowadzona jest działalność statutowa (nieodpłatna), a także działalność odpłatna - opodatkowana podatkiem od towarów i usług i zwolniona od tego podatku.
Ponadto umowy o dofinasowanie realizacji inwestycji, zawierane z dysponentami środków publicznych, nie przewidują możliwości dodatkowych rozliczeń oraz uzyskania środków finansowych z tytułu korekty rocznej podatku VAT, wynikającej ze zmian w ostatecznej wartości prewspółczynnika, co odnosi się zwłaszcza do braku możliwości podwyższenia kwoty przyznanego dofinansowania ze względu na konieczność stosowania prewspółczynnika i wynikającego z tego obowiązku skorygowania (zmniejszenia) kwoty podatku naliczonego, który został odliczony na etapie realizowania poszczególnych inwestycji modernizacyjnych. Przyznane dofinansowanie na inwestycje było ustalone w wysokości, która uwzględniała fakt, że B. będzie uprawniona do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z nabywanych towarów i usług, do wysokości określonej wskaźnikiem wyliczonym w oparciu o art. 90 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 z późn. zm.), przy czym B. nie brała pod uwagę faktu wykorzystywania budynków również do działalności spoza zakresu ustawy. W tym zakresie kierowała się wydanymi na jej wniosek indywidualnymi interpretacjami, z których zasadniczo wynikało, że czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług nie powinny być uwzględniane w proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 2 i 3 cyt. ustawy.
Następnie B. zaznaczyła, że jej wątpliwości budzi wykładnia art. 6 ust. 1 i ust. 2 ustawy z dnia 9 kwietnia 2015 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy - Prawo zamówień publicznych (Dz.U. z 2015 r., poz. 605) w zakresie ciążącego na niej obowiązku korekty podatku naliczonego odliczonego z tytułu ponoszenia nakładów na modernizację obiektów B..